NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

bioyigene

已于 2022-10-27 14:30:08 修改

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分类专栏：转录组测序数据上传 NCBI 文章标签：大数据

于 2022-10-27 14:02:41 首次发布

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继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!

1. 注册及登录账号

1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。

2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Log in，然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，点击图中Submit按钮进入提交数据页面。

2. 生成Biosample编号

1）进入Submit界面之后，选择My submissions。（提交数据前必须先把样品信息录入生成Biosample编号）

2）在下一个界面中选择BioSample，进入新的页面，点击蓝色按钮New submission，。

3）进入如下页面，根据实际情况填写提交者的信息：包括姓名，邮箱（需要填写一个以单位后缀邮箱），学校学院，单位地址，填写完成点击Continue。

4）接下来填写数据释放的时间，可选择立即释放，也可选择指定日期；下一个选项选择batch/Multiple Biosamples，然后点击Continue即可。

5）接下来选择样品类型Sample Type，通常的转录组样品选择比较多：原核转录组可选前两个，真核的根据样品可以选择：Pathogen affecting public health, Model organism or animal sample, Plant sample等等。然后点击最下方的Continue。

6）接下来填写样品信息Attributes，在线填写和上传excel文件都可，小编习惯下载他们的模板填写后上传的方式：点击第二个选项，然后Download Excel。

7）打开该Excel，文件如下，以本次提交的3个样品为例，其中绿色的栏目为必填项，如果不知道具体信息就填写“not collected”，填的越详细NCBI审核的速度会越快，如果都填“not collected”也可以，不过NCBI反馈给你Biosample编号会慢一些，大约需要2-3天，样品名称建议使用唯一的名称。上传之后就可以点击Continue进入下一个关卡了。

8）接下来就是生成BioSample的最后一步，确认信息后点Submit即可。

9）最后就是坐等NCBI的邮件，第一封邮件是点击Submit后自动发送的，可以忽略。我们需要等的邮件是包含Biosample编号的邮件，如下图所示。这封邮件里会详细说明您的每个样品跟Biosample accession号的对应关系，后续上传raw data需要用到。

10）Bioproject编号申请与BioSample编号申请步骤一致，在以下页面点击Bioproject，按照提示填写相关信息即可。

3. raw data上传

1）待收到BioSample编号之后，我们要再次登录NCBI，进入Submit界面，这次我们选择Sequence Read Archive(SRA)，然后点击New submission进入最后的数据上传关卡。

2）填写个人信息。

3）第二步填写通用信息，如果提前注册好了Bioproject号。Biosample这里选择yes，Release date根据需要选择即可。点击Continue。

4）接下来，根据实际项目内容填写项目的摘要，简单的几个词描述一下就可以了。后边的几个选项没有特殊情况的话第一个选择No，其他的不填即可。然后Continue。

5）跟Biosample差不多，也需要填写一个表格，在线填写和下载模板填写再上传一样的，小编以下载Excel表格填写为例。

6）这个表格是这个样子的：biosample accession编号就是邮件里的编号，library_ID这里可以自行命名只要不重复即可。剩下的选项如图所示，通常情况是这样填写，在filename那里，请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致，并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号，如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是：library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。（至于后边的测序仪型号什么的可以咨询给您做项目的销售）。

7）接下来就是最后一步了，上传数据。在这里，我们可以安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输（下载地址：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list，下载安装即可，推荐使用360浏览器，与Aspera关联比较方便。