单细胞专题（2） | 亚群细化分析并寻找感兴趣的小亚群

       通常情况下，单细胞转录组拿到亚群后会进行更细致的分群，或者看不同样本不同组别的内部的细胞亚群的比例变化。

       这就是个性化分析阶段，这个阶段取决于自己的单细胞转录组项目课题设计情况，我们了解到的各式各样的分析点，并不是通用的。比如如果要比较细胞亚群比例，就必须要有多个样本，如果是单个样本，其分析的内容及方法也会不尽相同，类似的问题以及涉及到的分析很多。

       今天小编带大家来学习下“单细胞个性化分析之细胞亚群继续分群”，相信大多数单细胞转录组的小伙伴都能用到。

细胞亚群进一步划分原则

       理论上细胞亚群是可以无限划分的，因为世界上没有两个一模一样的细胞，关键是要把握一个度，什么样的差异可以判定为不同细胞亚群，什么样的差异是可以容忍的细胞类群内部异质性。有一个策略就是找出主要因素和次要因素。主要因素划分为主要亚群，比如外周血里面的T,B细胞当然是不同亚群，但是T细胞里面还可以继续划分：CD4或者CD8的T细胞，甚至继续划分， 如下图所示：

亚群细化分析实操 

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{
library(Seurat)
library(dplyr)
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theme_set(theme_cowplot())
use_colors <- c(
  Alveolar_Macrophages = "#6bAEd6",
  `Monocyte-derived macrophages`= "#fff500",
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  Plasmacytoid_dendritic_c