成功案例|全基因组测序+GWAS联合分析揭示不同种族帕金森病的遗传同质性和异质性

发表期刊：npj Parkinson’s Disease

影响因子：8.7

测序方式：WGS

研究对象：人

1   研究背景

帕金森病（PD）是一种常见的与年龄相关的神经退行性疾病，其特征是运动迟缓、姿势不稳定、僵硬和静息性震颤。临床表现包括非运动症状，如认知功能障碍、自主神经功能障碍、睡眠障碍、抑郁和睡眠功能减退。在中国，到2030年，PD患者的人数预计将达到494万人，占全球病例的一半。帕金森病的确切病因尚不清楚，但遗传因素、环境因素和衰老在帕金森病的发病机制中起着重要作用。

全基因组关联研究（GWASs）已经确定了许多帕金森病（PD）的易感位点，但其遗传结构在非欧洲血统的人群中仍未得到充分的探索。为了鉴定中国人群中与PD相关的遗传变异，作者对1972例PD患者和2478例对照进行了全基因组测序（WGS）的GWAS分析，并在8209例PD患者和9454例对照中进行了重复研究。作者还比较了PD的全基因组显著变异（主要报道于欧洲血统人群）与该研究在中国人群中的结果，最后估计了PD的遗传度，评估了其与其他性状的遗传相关性，并建立了一个预测模型来评估中国人群中的高危个体。

2   研究思路

图一 技术路线

3   研究结论

在本研究中，作者确定了一个新的风险变异rs61204179低等位基因频率，四个先前报道的风险变异（NUCKS1/RAB29-rs11557080 SNCA-rs356182，FYN-rs997368，VPS13C-rs2251086），以及三个风险变异LRRK2编码区（R1628V，G2385R）。此外，在已报道的主要存在于欧洲血统人群的全基因组显著性风险变异中，数据集之间的效应量相关系数（rb）为0.91，中国人群中63.6%达到P < 0.05。因此，作者估计帕金森病的遗传力为0.14-0.18，欧洲血统与中国群体之间存在中度遗传相关性（rg = 0.47，se = 0.21）。多基因风险评分（PRS）分析显示，PRS值在最高四分位数的个体发生PD的风险比最低四分位数的个体高3.9倍。综上所述，本GWAS在中国群体中发现了PD相关变异，以及远距离种群中共享的遗传因素。该研究结果揭示了不同种族帕金森病的遗传同质性和异质性，并提示WGS可能继续提高对帕金森病遗传结构的理解。