单细胞转录组之肿瘤免疫微环境篇-2篇高分文章研究思路独家奉上！

案例1

文章信息

文章题目：胃袖状切除术引发的小鼠肝细胞再生可改善非酒精性脂肪肝的研究

发表期刊：International Journal of Surgery

影响因子：12.5

技术路线

结果展示

图1.单细胞转录组揭示SG后肝细胞群的变化。A）PCA分析；B）降维聚类分析；C）细胞群注释；D）细胞亚群聚类统计；E）各亚群功能分析；F）Marker基因通路分析；G）基因表达定量集分析；H）实时定量PCR检测

研究结论

本研究通过单细胞转录组、空间转录组测序发现SG手术能增强饮食肥胖小鼠的肝脏再生能力，改善肝脏代谢，并且证明这种肝脏再生能力的增强与肝脏脂肪变性的改善无关。这项研究为更好地理解SG手术诱导代谢改善的机制提供了依据。

案例2

文章信息

文章题目：单细胞转录组学揭示了不同垂体神经内分泌肿瘤谱系中不同的免疫浸润表型和巨噬细胞-肿瘤相互作用轴

发表期刊：Genome medicine

影响因子：10.4

技术路线

结果展示

图2.三种不同PitNETs谱系中肿瘤相关巨噬细胞的三种不同亚型。A）降维聚类分析；B）不同亚型巨噬细胞Marker基因气泡图；C）三种不同谱系中五种巨噬细胞亚型占比；D，E）Marker基因小提琴图；F-H）免疫荧光；I）流式细胞术分析；J）拟时序分析；K）基因及相关通路热图。

研究结论

本研究采用多组学技术，结合大样本数据，揭示了不同PitNET谱系肿瘤异质性，并详细阐述了PitNET的免疫全景图。scRNA-seq和365样本例bulk RNA-seq的分析结果显示，三种谱系PitNETs可分为6个亚型，且不同谱系具有高、中、低三型肿瘤免疫微环境。通过分析免疫细胞中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的亚群，识别出五群TAM，分别为LYVE1+、ISG15+、GPNMB+、C1Q+、CX3CR1+ TAM。最后，作者通过空间转录组等实验方法验证了CX3CR1+TAM的配体受体对，并在体内与体外验证CX3CR1+TAM通过INHBA-ACVR1B轴调节SF1谱系肿瘤细胞凋亡，有望作为PitNETs后续治疗的靶点。