lammps 胶体 in 文件

# Big colloid particles and small LJ particles
units lj
atom_style sphere
dimension 2

lattice sq 0.01
region box block 0 30 0 30 -0.5 0.5
create_box 2 box
create_atoms 1 box

set group all type/fraction 2 0.96 23984

set type 1 mass 9
set type 2 mass 1

velocity all create 1.44 87287 loop geom

# multi neighbor and comm for efficiency

neighbor 1 multi
neigh_modify delay 0
comm_modify mode multi

# colloid potential

pair_style colloid 12.5
pair_coeff 1 1 1.0 1.0 5.0 5.0 12.5
pair_coeff 1 2 5.0 1.0 5.0 0.0 7.0
pair_coeff 2 2 10.0 1.0 0.0 0.0 2.5

fix 1 all npt temp 2.0 2.0 1.0 iso 0.0 1.0 10.0 drag 1.0 &
mtk no pchain 0 tchain 1
fix 2 all enforce2d

#dump 1 all atom 1000 dump.colloid

#dump 2 all image 1000 image.*.jpg type type &
# zoom 1.5 center d 0.5 0.5 0.5
#dump_modify 2 pad 5 adiam 1 5.0 adiam 2 1.5

#dump 3 all movie 1000 movie.mpg type type &
# zoom 1.5 center d 0.5 0.5 0.5
#dump_modify 3 pad 5 adiam 1 5.0 adiam 2 1.5

thermo_style custom step temp epair etotal press vol
thermo 1000

timestep 0.005

run 50000
系统定义

1.unit 单位

：lj，real（不知道），nano纳米，micro，mental，SI（国际单位），cgs秒，electran
lj单位：所有的数量都是无单位的。LAMMPS设置基本量质量,σ,ϵ,玻耳兹曼常量kB = 1。你指定的质量，距离，能量是这些基本值的倍数。给出了折算或无单位量(带星号)与相同单位量之间的关系式。

torque 力矩 dipole 偶极子 dynamic viscosity动力粘滞性

2.atom_style 创建原子样式

在通过read data、read restart或create box命令设置模拟之前，必须使用此命令。
style = angle or atomic or body or bond or charge or dipole or dpd or edpd or mdpd or tdpd or electron or ellipsoid or full or line or meso or molecular or peri or smd or sphere or spin or tri or template or hybrid。

3.lattice 创建晶格

lattice style scale keyword values
style = none or sc or bcc or fcc or hcp or diamond or sq or sq2 or hex or custom（自定义基矢量）
keyword = origin or orient or spacing or a1 or a2 or a3 or basis

晶格由单元格、单元内的一组基原子和一组转换参数(刻度、原点、方向)组成，这些参数将单元格映射到仿真框中。create atoms命令在模拟框内的晶格点上创建原子。
注意，在输入脚本中可以多次使用lattice命令。每次调用它时，点阵属性都会被重新定义，并用于所有后续命令(使用点阵属性)。例如，可以多次重复一系列晶格、区域和创建原子的命令，以构建具有不同几何区域的多晶模型，这些几何区域由不同晶格方向的原子填充。

sc，fcc，bcc和Diamond样式的格子是3d晶格，它们定义了边长= 1.0的立方晶胞。 这意味着a1 = 1 0 0，a2 = 0 1 0和a3 = 0 01。样式hcp具有a1 = 1 0 0，a2 = 0 sqrt（3）0和a3 = 0 0 sqrt（8/3）这个sqrt还不知道是什么 。 任何固态物理学教科书都描述了基本原子在晶胞内的位置。 sc晶格在立方体的左下角具有1个基本原子。 一个密件抄送晶格具有2个基本原子，一个在原子的角上，一个在立方体的中心。 一个fcc晶格有4个基本原子，一个在角上，一个在立方面中心上，三个。 hcp晶格具有4个基本原子，两个在z = 0平面中，两个在z = 0.5平面中。 菱形晶格具有8个基本原子。
样式sq和sq2的格是定义边长为1.0的正方形单元格的2d格。这意味着a1 = 1 0 0, a2 = 0 1 0。在正方形的左下角有一个基底原子。一个sq2晶格有两个基原子，一个在正方形的角上，一个在正方形的中心。十六进制样式也是二维晶格，但单元格是矩形的，a1 = 1 0 0, a2 = 0 sqrt(3) 0。它有两个基原子，一个在角落，一个在矩形的中心。

接下来讨论了决定如何将理想化的单元单元转换为模拟框中的点阵的参数。（感觉是重点）
scale参数决定在将单元格映射到模拟框中时如何缩放单元格的大小。也就是说，它决定了一个乘性因子应用于单元格，将其转换为一个格，在模拟框中具有所需的大小和距离单元。例如，在实际或金属单位中，如果单元格是边长为1.0的单位立方体，指定scale = 3.52将创建一个间距为3.52埃的立方晶格。以cgs为单位，间距为3.52。
对于单位样式lj，scale参数是Lennard-Jones缩减密度，如果在模拟中使用大小为sigma = 1.0的LJ粒子，则粒子的晶格将处于所需的减小的密度。
origin选项指定在将单元格映射到模拟框时如何移动或转换单元格。x,y,z值是分数值(0.0 <= x,y,z < 1.0)，这意味着在每个维度中晶格间距的一个分数。
orient选项指定在将单元格映射到模拟框时如何旋转单元格。dim参数是模拟框中的三个坐标轴之一。另外3个参数是晶格中的晶体方向你想沿着这个轴定向，指定为整数。orient x 2 1 0 means the x-axis in the simulation box will be the [210] lattice direction, and similarly for y and z. 3晶格方向指定不需要单位向量,但他们必须相互正交,遵循右手法则。

3.region创建区域

region ID style args keyword arg
ID = user-assigned name for the region
style = delete or block（加边界） or cone or cylinder or plane or prism or sphere or union or intersect
如果在创建模拟框之前定义了区域（通过create_box或read_data或read_restart命令），则不能使用EDGE或INF参数。
（圆锥体先不讨论）。

4.create_box

create_box N（原子种类） region-ID（3中的区域ID） keyword value
keyword = bond/types or angle/types or dihedral/types or improper/types or extra/bond/per/atom or extra/angle/per/atom or extra/dihedral/per/atom or extra/improper/per/atom
例子
create_box 2 mybox
create_box 2 mybox bond/types 2 extra/bond/per/atom 1
如果该区域不是棱柱样式，则LAMMPS将区域（块，球体等）用轴对齐的正交边界框包围，该框成为模拟域。
如果该区域是棱柱形样式，则LAMMPS将创建一个非正交的模拟域，其形状为具有三斜对称性的平行六面体。
如果未使用这些关键字，那么create_box命令将创建原子（非分子）模拟，该模拟不允许定义原子对之间的键或指定键势，或者不允许具有特定邻居的分子 通过诸如create_atoms mol，固结或固结之类的命令添加到系统中。

5.create_atoms 1 box

create_atoms type style args keyword values
type = atom type (1-Ntypes) of atoms to create
style = box or region or single or random
keyword = mol or basis or ratio or subset or remap or var or set or rotate or units
例子
create_atoms 1 box
create_atoms 3 region regsphere basis 2 3
create_atoms 3 region regsphere basis 2 3 ratio 0.5 74637
create_atoms 3 single 0 0 5
create_atoms 1 box var v set x xpos set y ypos
如果使用create_box命令创建模拟框，然后使用带有mol选项的create_atoms命令添加分子，则通常需要使用create_box命令允许的可选关键字来实现额外的键（角度等）或其他特殊功能 邻居。 这是因为默认情况下，create_box命令会设置一个不允许添加分子的非分子系统。

模拟设定

set group all type/fraction 2 0.96 23984

（这个地方不懂，标记）
type/fraction values = type fraction seed听说seed瞎按一个正整数就好
set style ID keyword values 设置原子属性
style = atom or type or mol or group or region
ID = atom ID range or type range or mol ID range or group ID or region ID
group all具有ID all的组是预定义的。所有的原子都属于这一组。不能删除此组，也不能使其成为动态组。
type/fraction 2 0.96 23984选定原子里面0.96的部分转换成2原子样式

velocity all create 1.44 87287 loop geom

velocity group-ID style args keyword value
group-ID = ID of group of atoms whose velocity will be changed
style = create or set or scale or ramp or zero
keyword = dist or sum or mom or rot or temp or bias or loop or units
如果loop = geom，则每个处理器仅循环其原子。 根据原子的xyz坐标，为每个原子创建一个唯一的随机数种子。 使用该种子生成速度。 这是一个快速循环，分配给特定原子的速度将是相同的，而与使用多少处理器无关。

neighbor 1 multi

neighbor skin style
skin截止距离等于力的截断距离加缓冲距离的原子都算入邻域列表
style = bin or nsq or multi构建列表的算法
multi 两原子类型间最小截止距离1/2

neigh_modify delay 0

neigh_modify keyword values
keyword = delay or every or check or once or cluster or include or exclude or page or one or binsize
delay将构建延迟到自上次构建以来的这许多步骤
delay 0自上次构建邻域列表后无延迟

comm_modify mode multi

comm_modify keyword value …
keyword = mode or cutoff or cutoff/multi or group or vel
mode value = single or multi = communicate atoms within a single or multiple distances在一个或多个截至距离内通信原子

胶体的势

pair_style colloid 12.5

pair_style style args
设置LAMMPS用于计算成对交互的公式。在LAMMPS中，对电位是在处于截止距离内的原子对之间定义的，并且一组活跃的相互作用通常随时间而变化。一个邻居列表被用来寻找附近的相互作用的原子。
在每对样式列出的公式中，E是被距离r隔开的两个原子之间成对相互作用的能量。原子之间的力是这个表达式的负导数。
如果pair style命令有一个截止参数，它将为所有原子类型对设置全局截止。
colloid 完全的胶体势
12.5胶体相互作用球形的截止距离

pair_coeff 1 1 1.0 1.0 5.0 5.0 12.5

pair_coeff 1 2 5.0 1.0 5.0 0.0 7.0

pair_coeff 2 2 10.0 1.0 0.0 0.0 2.5

pair_coeff I J args I,J = atom types I <= J args一个或多个原子类型对的系数
为一个或多个原子类型对指定成对的力场系数。
请注意，pair coeff命令可以覆盖相同I,J对之前的设置。
系数 A（Hamaker能量速率） sigma（溶剂粒子的大小或胶体粒子的粒子构成） d1 d2 cutoff（截断距离）

fix 1 all npt temp 2.0 2.0 1.0 iso 0.0 1.0 10.0 drag 1.0 &

                                                       mtk no pchain 0 tchain 1

fix 2 all enforce2d

fix ID group-ID style args
设置将应用于一组原子的修复。在LAMMPS中，修复是在时间步进或最小化期间应用于系统的任何操作。例子包括由于时间积分而更新原子位置和速度、控制温度、对原子施加约束力、执行边界条件、计算诊断等等。
修复程序在时间步长的不同阶段执行其操作。如果两个或多个修复程序在timestep的同一阶段操作，则按照在输入脚本中指定的顺序调用它们。可以使用unfix命令删除修复。npt时间常数npt通过Nose/Hoover积分
temp恒温器温度 iso恒压器压强，使用时，drag抑制产生的震动，mtk是否修正包括Martyna，Tuckerman，Klein在内的方程的移动
pchain恒温器的链条数目 tchain恒压器的链条数目
enforce2d范围内原子z轴速率和力清零

dump 1 all atom 1000 dump.colloid输出原子到文件

dump ID group-ID style N file args每n步在一个或多个样式里倾倒一段数量原子到文件

thermo_style custom step temp epair etotal press vol

设定屏幕或日志文件中热力学数据的格式和内容
thermo_style style args
custom格式是最一般的，允许在想打印的每个热力学时间步伐中设定的关键字列表。
内容：时间步伐 温度 相互作用能 总能量 压力 体积

thermo 1000

每1000步输出一次热动力学量结果、

timestep 0.005时间步长

run 50000跑50000下