lammps建模_LAMMPS命令建模的一个小BUG

最新推荐文章于 2023-07-17 20:19:25 发布
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文章标签： lammps建模
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_36477752/article/details/112358345
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昨天根据一篇文献的描述构建了一个Ni的111表面模型，采用的是LAMMPS内置的命令建模，但是建出来的模型是这样的： 210ececd99da5377d2d351edea726faa.png 与文献里的256个原子模型的描述少了两个原子，只有254个，in文件的内容如下： 
##初始化units                 metalboundary              p p patom_style            atomic##定义并构建金属Ni模型lattice               fcc 3.52 orient x -1 1 0 orient y -1 -1 2 orient z 1 1 1region                box block 0 4 0 3 0 2create_box            1 boxregion                Ni block 0 4 0 3 0 1create_atoms          1 region Ni##最后把模型输出来mass                  1 58.69write_data            Ni2.lmp
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lammps代码实例分享
qq_44963682的博客
07-19 3492
分享在分子动力学模拟中常用的网站，以及简单的lammps代码实例。
lammps_interface:自动生成LAMMPS输入文件，用于MOF的分子动力学模拟
05-03
LAMMPS接口 作者 彼得·博伊德 穆罕默德·莫萨维（Mohamad Moosavi） 马修·威特曼 描述 这项计划的目的是为晶体信息文件（之间简单的界面 ）和大型原子分子大规模并行仿真器（ ）。 安装 只需从安装： pip install lammps-interface 出于开发目的，请克隆存储库并从源代码安装它： pip install -e . 注意：在这两种情况下，这都会将lammps-interface添加到您的PATH 。 用法 命令行界面 要查看可选参数类型： lammps-interface --help 要为给定的cif文件类型创建模拟文件，请执行以下操作： lammps-interface cif_file.cif 这将创建带有UFF参数的仿真文件。 Jupyter笔记本 为了将lammps-interface集成到您的项目中，请查看提供的Jupyter
lammps教程：1D正弦粗糙界面建模建模教程
lammps_jiayou的博客
02-24 1886
大家好，我是小马老师。 本文以一篇论文为例，介绍lammps粗糙界面建模方法。粗糙界面在流体、摩擦和吸附模拟中用的较多，建模方法也多种多样。本文参考Xin He发表的一篇论文《The evolution of configuration and final state of graphene on rough iron surface》。论文下载地址： https://doi.org/10.1016/j.apsusc. 2020.147084 论文中模拟了四种粗糙界面：一维正弦粗糙面、二维正弦粗糙面、伪随
lammps学习记录（一）CG（粗粒化）模型建模
Jasonkun
08-12 9875
以下均在wsl 1-Ubuntu 20.04中操作 一、建模部分 软件安装及准备 所用软件： moltemplate http://www.moltemplate.org/visual_examples.html packmol http://sobereva.com/473 安装软件： moltemplate： a. 安装pip https://linux.cn/article-10110-1.html python2 –version # 查看python版本 sudo apt install
python与lammps_Python lammps-interface包_程序模块 - PyPI - Python中文网
weixin_39600400的博客
11-28 562
LAMMPS接口作者彼得·博伊德穆罕默德·穆萨维马修·维特曼说明这个程序是为方便晶体学之间的接口而设计的。信息文件（.cif）与大规模原子分子并行模拟器（Lammps）。安装只需从PyPI：安装pip install lammps-interface出于开发目的，克隆存储库并从源代码安装它：pip install -e .注意：在这两种情况下，这都会将lammps-interface添加到您的PA...
lammps建模_LAMMPS之Moltemplate建模教程
weixin_36337502的博客
02-06 2752
无论是对于新手还是有经验的操作者，LAMMPS输入文件的构建都是很费脑筋的计算环节。这是由于LAMMPS的数据格式比较特殊，与其他软件的接口差异大，不能直接导出或者导出文件的错误率高。在建模软件中，moltemplate是LAMMPS官方支持的建模工具之一。它是一个通用的分子构建器和力场数据库系统，适用于LAMMPS建模。该程序创建了一种简单的文件格式来存储分子定义和力场，即模板LT。LT文件包含...
LAMMPS常用建模方法总结.rar_lammps_lammps 建模_lammps如何建模_lammps建模_lammps怎么
09-23
2. **晶格构造**：对于晶体材料，可以使用LAMMPS的`create_box`命令创建一个具有特定晶格参数的三维空间，然后利用`lattice`命令设置不同的晶格类型，如立方、六方等。 3. **原子放置**：通过`read_data`或`create_...
多晶建模_lammps_多晶_matlab_多晶matlab
09-10
在IT领域，尤其是在材料科学和分子动力学模拟中，"多晶建模"是一个重要的研究方向。LAMMPS（大型分子多体动力学系统）是一个广泛应用的开源软件，用于模拟原子、分子以及更大尺度的多体系统。MATLAB则是一种强大的...
lammps学习friction程序_Fortran编程建模_lammps_
10-01
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于物理、化学、材料科学以及生物科学等领域。这份资料详细介绍了如何利用LAMMPs进行摩擦力计算，...
LAMMPS切削自动建模_lammps切削_lammps_切削
09-11
1. **系统构建**：首先，需要建立一个代表材料的原子模型，这可能包括单晶或多晶结构。单晶建模通常涉及到选择适当的晶格类型（如面心立方、体心立方等），并定义晶格常数。原子坐标可以通过各种方法生成，如随机...
defect_lammps_lammps计算缺陷形成能_缺陷能_
10-02
本程序为LAMMPS程序，用于计算缺陷形成能
lammps实例_熔化与凝固_lammps教程_lammps_熔化_
09-30
“lammps实例_熔化与凝固_lammps教程_lammps_熔化_”这个标题表明，这是一个关于使用LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件进行分子动力学模拟研究熔化与凝固过程的教学资料。...
lammps建模_LAMMPS常用建模方法总结
weixin_42498909的博客
02-06 3781
建模是进行材料模拟的第一步，这里对LAMMPS常用的建模方法进行总结(我平时用到的，难免不全面)。概况来说，建模方法有两种：内部建模和外部建模。内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中...
lammps建模_lammps建模专题（5）
weixin_34193397的博客
01-05 5293
LAMMPS构建晶界模型1. 系统晶体取向我们以构建铝(Al)的sigma3 (112)，方向为X = [111]，Y = [112]，Z= [110]的晶界为例：首先利用lattice orient 命令定义出初始完美晶体的坐标轴取向，再将完美晶体定义为upper和lower两个部分，并将两部分各自沿轴旋转一定的角度(即改变坐标轴取向)，即可得到想要的晶界模型。...
lammps教程：润湿吸附等粗糙界面建模技巧
lammps_jiayou的博客
01-30 973
粗糙界面建模方法有很多，在之前的推文中也介绍过几种方法，本文介绍另外一种方法。
lammps教程：TIP5P水分子模拟
最新发布
lammps_jiayou的博客
07-17 883
通过调整模型的参数，可以研究不同条件下水的行为，如温度、压力和溶质浓度等，揭示其在各种环境条件下的性质变化。在模拟过程中，需要使用刚体命令来保证TIP5P水分子结构的稳定性，因此，在TIP5P分子模板中，不需要设置键角参数，仅需给出5个原子的坐标即可。TIP5P水分子是在TIP3P模型基础上添加了两个额外的虚原子L，通常这两个虚原子质量忽略不计，其中氧原子的电荷被放置在这两个虚原子L上。在lammps模拟中，常见的水分子结构为SPC/E、TIP3P和TIP4P，本文介绍另外一种水分子结构：TIP5P。
LAMMPS甲烷全原子(CH4)模型的分子模板问题
Rockyoung
04-17 2583
分享一个甲烷全原子模型的分子模板 对于分子模板有疑问的朋友关注博客： https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/104443175 # CH4 molecule template 5 atoms ---> 分子中的总原子数 4 bonds ---> 分子中的总键数 6 angles ---> 分子中的总键角数 Coords ---> 原子坐标信息 # atom-ID X Y Z 1 -6.72883 .
lammps软件_LAMMPS学习系列（24）
weixin_39719077的博客
12-03 615
一个剪切（shear）模拟例子的学习（1） 自从前段时间给出了一个拉伸的例子后，一直有人留言问我剪切模拟方面的问题，很疑惑，在此声明一下，我没专门研究过力学方面的模拟，做拉伸只是爱好LAMMPS，试着做了下，不过模拟效果似乎还不错。既然很多人对shear模拟（希望我没弄错）感兴趣，那么我们今天开始聊一下这个模拟，正好LAMMPS的example文件里面给了一个shear模拟的例子（应该是开发...
全原子力场中各参数的含义及其在LAMMPS中的应用
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lisa25496的博客
01-11 1万+
全原子力场中各参数的含义及其在LAMMPS中的应用 OPLSAA力场参数是分子动力学中广泛应用的力场。但有些同学对力场中的参数含义不是很了解。下面就OPLSAA力场参数如何应用于LAMMPS做一个简单的介绍。 PART 1 力场定义 这一部分是OPLSAA的介绍，已经在上一篇博客中有介绍，这里不再赘述。 PART 2 原子类型定义 第二部分主要是原子类型的定义，第二列是原子编号，第五列是对该原子的一个归类，第三四列分别是原子类型编号和原子类型的简称，第六列是该原子的元素周期表编号，第七列是相对原子质量，第
lammps建模_[转载]建模:MS为lammps建模[转]
06-02
你需要准备一个数据文件，其中包含了模拟系统的所有信息。 2. 定义力场 LAMMPS中的模拟需要使用力场来描述原子之间的相互作用。你需要选择适当的力场，并在输入文件中定义它。 3. 设置模拟条件 你需要设置模拟所...
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