lammps教程：推荐一个LJ力场参数查询及参数转换网站

最新推荐文章于 2024-09-01 16:59:37 发布
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分类专栏： lammps教程 文章标签： lammps 分子动力学模拟
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本文链接：https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/116586148
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使用lammps模拟时经常会用到LJ力场参数，这些参数可从已发表的文献中查到，但是查找起来相对麻烦，可能需要查阅很多篇论文才能找到需要的参数。

推荐一个LJ参数查询网站：

http://lammpstube.com/mdpotentials/

在这里插入图片描述

直接点击元素名称即可查得该元素对应的LJ力场参数，点击Download可以下载对应的参考文献，如Fe的LJ参数为：

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lammps教程：官方自带eam_database程序拟合EAM势方法介绍
lammps_jiayou的博客
05-16 3862
使用lammps模拟金属体系，最常用的势函数为eam、meam势。 对于大多数金属或者合金来说，可以从网上下载相对应的eam或meam势力场文件。 而对于一些新的合金材料，可能就找不到相对应的力场文件。 解决的方法有两种，一是采用混合势（pair_style hybrid），第二种方法是自己拟合势函数文件。 混合势的写法在前面文章中已经介绍过，本文介绍一种拟合EAM势的方法。 该方法是运行Xiaowang Zhou编写的一个拟合程序，该程序可自动生成所需要的合金势。 这个程序能够拟合的合金元素有： Cu,
纳米尺度仿真软件：LAMMPS_（6）.力场与相互作用模型
最新发布
kkchenjj的博客
03-28 584
力场是一组数学表达式和参数，用于描述原子之间的相互作用力。键伸缩力：描述两个原子之间键的伸缩。键角弯曲力：描述三个原子之间键角的弯曲。二面角扭转力：描述四个原子之间二面角的扭转。范德瓦尔斯力：描述非键原子之间的长程吸引力。库仑力：描述带电原子之间的静电相互作用。相互作用势：描述原子之间的势能函数。# 选择键伸缩力的类型# 设置键伸缩力的参数# 选择键角弯曲力的类型# 设置键角弯曲力的参数# 选择二面角扭转力的类型# 设置二面角扭转力的参数LAMMPS允许用户自定义力场，以适应特定的研究需求。
【LAMMPS系列】如何获取适合目标系统的反应力场ReaxFF
liushuosha的博客
01-03 5178
大家好，我是粥粥。反应力场（reactive force field，ReaxFF），是一种基于键级的分子力场，常用于分子动力学模拟，由Adri van Duin、William A. Goddard和加利福尼亚理工学院的合作者提出。通过分子动力学或蒙特卡洛，模拟介观尺度下，可能发生的化学反应，以及有关的热力学与动力学性质。能够用于高温热解、燃烧、催化、溶液环境、界面、金属和金属氧化物表面分子反应的模拟。LAMMPS模拟中首先要获得反应力场文本文件，才可进行模拟，但目标文献或最相关文献中一般不会直接给出此文
[分子动力学模拟资料]几种常用力场参数网站及LJ参数计算
m0_60787307的博客
04-10 2万+
原创一直陪着你的LAMMPS交流站 我们在使用分子动力学模拟时，常常需要力场参数或势函数文件，本文就推荐几个常用的EAM势＼MEAM势及LJ势的力场参数网站，欢迎大家补充。 力场参数常用网站 EAM势及MEAM势: 1.lammps官网: https://www.lammps.org/ lammps官网的GitHub是时常更新的,比我们安装目录下的势文件要多,在这里可能会找到我们需要的势文件 2.Interatomic Potentials Reposit...
Lammps模拟时金属原子的L-J势参数提取方法
weixin_44873868的博客
10-10 5089
模拟计算程序LAMMPS 简介 LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是“大规模原子分子并行模拟器”的简称，主要应用于与分子动力学相关的计算模拟工作。由美国Sandia 国家实验室开发，所以任何人都可以免费得到并使用。可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供多种势函数支持。LAMMPS 的另一个优点是具有良好的并行扩展性。是当下一款非常
lammps教程：lj/cut力场使用方法
lammps_jiayou的博客
02-18 1万+
lammps模拟设置中，力场的设置非常重要，力场设置合理才能准确的描述原子之间的受力。 如果两种原子之间没有键连接，可以使用pair_style命令设置这两种原子的力场。 pair_style能够设置的力场类型比较多，比如LJ、MORSE、EMA、MEAM等。 本文主要介绍最常用的力场：lj/cut。 lj/cut力场公式比较简单： 在lammps使用lj/cut只需要设置3个参数：epsilon、sigma、cutoff。 lj/cut有两种写法，第一种是写到in文件中，另一种是写到data文件中，两种
lammps教程：Compass力场设置方法
lammps_jiayou的博客
07-22 1797
上式中的compass_published对应lammps自带的力场文件compass_published.frc，windows版本的lammps中，这个文件在lammps安装目录的frc_files文件夹，ubuntu版本的lammps中，这个文件在安装目录的tools/msi2lmp/frc_files,如果以上命令不能用，先查找一下这个文件是否存在。compass力场在ms中用的比较多，但是在lammps中用的较少，因为很多参数不是公开的，限制了这个力场的应用范围。大家好，我是小马老师。
lammps教程：cvff势函数参数设置方法
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大家好，我是小马老师。 本文介绍lammps模拟中cvff势设置方法。 cvff势由pair、bond、angle、dihedral、improper等势组成，在ms中直接设置cvff势即可，但是在lammps中，需要分别设置以上各部分势。 在lammps中，cvff势没有势文件，只要设置对应的势类型和参数即可。一般情况下，cvff势不需要自己找参数。 最简单的方式是在ms中建立模型，设置cvff势后，导出为car文件。 使用免费的msi2lmp转换工具，把car文件转换为lammps可识别的data文件。
lammps教程：real和metal单位下能量转换公式
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03-14 8785
进行lammps模拟时，首先要确定模拟体系的单位，使用的是units命令。 同一个变量在不同的units单位下的数值和单位均不相同。 如能量E在units real下的单位为Kcal/mole，在units metal下的单位为eV。 在设置力场参数时，一定要注意所用的单位是否有当前模拟体系的单位一致。 例如，LJ力场参数在有些论文中的单位为Kcal/mol，而在其他论文中单位可能就是meV或者eV。 如果单位不一致，要进行单位转换后再使用，否则会造成参数设置错误，影响模拟结果。 real和metal单位相
lammps：pcff势函数参数设置方法
lammps_jiayou的博客
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大家好，我是小马老师。 本文介绍lammps模拟中pcff势设置方法。 cvff、pcff是ms文件转换为lammps data文件最常用的两种势。 相比于cvff势，pcff势参数更多，但在设置方式上和cvff势过程是一样的。 本文以沥青材料为例，介绍pcff势设置方法。 (1) 建模并转换为data文件 在ms中使用AC模块建立沥青模型，使用forcite模块设置pcff力场，导出为asphalt.car。 使用msi2lmp转换为data文件： msi2lmp asphalt -class II -f
LAMMPS—units命令解析
hdpai2018的博客
09-16 9149
文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/4BIOPWJw-pCjCw_v9GGqDA units命令用来定义模拟过程中使用的单位类型，它决定了所有输入脚本、数据文件和所有输出到屏幕、日志文件以及dump文件中物理量的单位。 使用语法 units style style可取：lj/real/metal/si/cgs/electron 使用举例 units metal units lj 使用介绍 该命令用来设置模拟中使用的单位类型。它决定了所有输入脚本、数据文
lammps实例
12-08
关于一些lammps资源的实例，可以对lammps有一个了解。
科学编程系列之 03 什么是Lennard-Jones Force field伦纳德-琼斯力场？使用JAX基于python进行分子动力学展示（教程含源码）
iCloudEnd的博客
06-24 197
描述一对原子之间相互作用的一个简单力场是Lennard-Jones (LJ)。它对于模拟弱分子间吸引力和排斥力特别有用。让我们定义一个势能类，用于计算给定输入结构的总 Lennard-Jones 势能和力分量。
lammps中默认的速度单位
weixin_45192240的博客
09-01 988
LAMMPS中的速度单位取决于你在脚本中选择的单位系统。不同的单位系统有不同的速度单位。每种单位系统都有一套固定的单位，用于表示长度、能量、时间等物理量。
lammps代码实例分享
qq_44963682的博客
07-19 4863
分享在分子动力学模拟中常用的网站，以及简单的lammps代码实例。
在lammps模拟过程中的常用势函数设置
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qq_44963682的博客
09-25 4万+
在lammps模拟中，势函数的使用必不可少。如何选择合适的势函数？如何设置势函数？这对初学者来说较为困难，本文介绍在lammps模拟中常用的势函数如何使用，希望能够帮助初学者加深对势函数的了解。
分子动力学单位转换网站及力场查找网站
weixin_45896923的博客
04-13 5049
分子动力学单位转换网站及力场查找网站一、单位转换网站1、[能量单位转换网站](https://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html)2、国内某大神的[在线计算兼单位转换器](https://jerkwin.github.io/gmxtools/calc/calc.html)二、力场查询网站1、[LJ力场查找网站](https://lammpstube.com/mdpotentials/)2、[中科大（USTB）的力场资源网站](http://apot.mged
lammps 胶体 in 文件
bjmflkl的博客
04-15 3180
# Big colloid particles and small LJ particles units lj atom_style sphere dimension 2 lattice sq 0.01 region box block 0 30 0 30 -0.5 0.5 create_box 2 box create_atoms 1 box set group all type/fra...
Lammps 初学者——in 文件中文解析
weixin_44873868的博客
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1.初始化 Units： Units 命令是用来设定模拟的原子类型。 Units style（lammps 现在提供的有 style=LJ、real、metal、si、cgs、electron） LJ 是硬球模型 Real 是真实的原子模型 Metal 是金属原子模型Si 是硅（半导体）原子模型Cgs Electron 是电子模型 Dimension： Dimension 命令是用来定义模拟的维度，默认情况为三维。 Dimension N （N=2，3） Boundary： Boun
LAMMPS模拟教程：深入解析输入文件设置
在进行LAMMPS模拟时，用户需要创建一个输入文件（通常命名为`in`文件），它包含了模拟的所有指令和参数设置。下面将对LAMMPS输入文件中的关键部分进行详细解释。 ### 单位系统（Units） `units lj`这条命令指定了...
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