基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理（成功）

最新推荐文章于 2024-07-13 19:58:46 发布
最新推荐文章于 2024-07-13 19:58:46 发布
阅读量4.2k 收藏 2
点赞数
分类专栏： 基因数据处理 文章标签： BWA_MEM
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/xubo245/article/details/50867952
版权

基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理

环境：ubuntu14.04 6G内存

参考基因：GRCH38 来源请参考【1】



1.fastq数据：SRR003161.fastq 的头20行，即5条reads

操作记录：

hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -20 >SRR003161h20.fastq
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ wc -l SRR003161*
         0 SRR003161a.sam
       350 SRR003161b.sam
^C
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ 
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ wc -l SRR003161h20.fastq 
20 SRR003161h20.fastq
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h20.fastq >SRR003161h20.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 261 ALT contigs
[M::process] read 5 sequences (2691 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 5 reads in 0.283 CPU sec, 30.784 real sec
[main] Version: 0.7.13-r1126
[main] CMD: bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h20.fastq
[main] Real time: 312.605 sec; CPU: 8.826 sec
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ ls
GCA_000001405.15_GRCh38  SRR003161a.sam  SRR003161b.sam  SRR003161.fastq  SRR003161.fastq.gz  SRR003161h20.fastq  SRR003161h20.sam  SRR003161.sai
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161h20.sam 
@SQ	SN:chr1	LN:248956422
@SQ	SN:chr2	LN:242193529
@SQ	SN:chr3	LN:198295559
@SQ	SN:chr4	LN:190214555
@SQ	SN:chr5	LN:181538259
@SQ	SN:chr6	LN:170805979
@SQ	SN:chr7	LN:159345973
@SQ	SN:chr8	LN:145138636
@SQ	SN:chr9	LN:138394717
@SQ	SN:chr10	LN:133797422
@SQ	SN:chr11	LN:135086622
@SQ	SN:chr12	LN:133275309
@SQ	SN:chr13	LN:114364328
@SQ	SN:chr14	LN:107043718
@SQ	SN:chr15	LN:101991189
@SQ	SN:chr16	LN:90338345
@SQ	SN:chr17	LN:83257441
@SQ	SN:chr18	LN:80373285
@SQ	SN:chr19	LN:58617616
@SQ	SN:chr20	LN:64444167
@SQ	SN:chr21	LN:46709983
@SQ	SN:chr22	LN:50818468
@SQ	SN:chrX	LN:156040895
@SQ	SN:chrY	LN:57227415
@SQ	SN:chrM	LN:16569
@SQ	SN:chr1_KI270706v1_random	LN:175055
@SQ	SN:chr1_KI270707v1_random	LN:32032
@SQ	SN:chr1_KI270708v1_random	LN:127682
@SQ	SN:chr1_KI270709v1_random	LN:66860
@SQ	SN:chr1_KI270710v1_random	LN:40176
@SQ	SN:chr1_KI270711v1_random	LN:42210
@SQ	SN:chr1_KI270712v1_random	LN:176043
@SQ	SN:chr1_KI270713v1_random	LN:40745
@SQ	SN:chr1_KI270714v1_random	LN:41717
@SQ	SN:chr2_KI270715v1_random	LN:161471
@SQ	SN:chr2_KI270716v1_random	LN:153799
@SQ	SN:chr3_GL000221v1_random	LN:155397
@SQ	SN:chr4_GL000008v2_random	LN:209709
@SQ	SN:chr5_GL000208v1_random	LN:92689
@SQ	SN:chr9_KI270717v1_random	LN:40062
@SQ	SN:chr9_KI270718v1_random	LN:38054
@SQ	SN:chr9_KI270719v1_random	LN:176845
@SQ	SN:chr9_KI270720v1_random	LN:39050
@SQ	SN:chr11_KI270721v1_random	LN:100316
@SQ	SN:chr14_GL000009v2_random	LN:201709
@SQ	SN:chr14_GL000225v1_random	LN:211173
@SQ	SN:chr14_KI270722v1_random	LN:194050
@SQ	SN:chr14_GL000194v1_random	LN:191469
@SQ	SN:chr14_KI270723v1_random	LN:38115
@SQ	SN:chr14_KI270724v1_random	LN:39555
@SQ	SN:chr14_KI270725v1_random	LN:172810
@SQ	SN:chr14_KI270726v1_random	LN:43739
@SQ	SN:chr15_KI270727v1_random	LN:448248
@SQ	SN:chr16_KI270728v1_random	LN:1872759
@SQ	SN:chr17_GL000205v2_random	LN:185591
@SQ	SN:chr17_KI270729v1_random	LN:280839
@SQ	SN:chr17_KI270730v1_random	LN:112551
@SQ	SN:chr22_KI270731v1_random	LN:150754
@SQ	SN:chr22_KI270732v1_random	LN:41543
@SQ	SN:chr22_KI270733v1_random	LN:179772
@SQ	SN:chr22_KI270734v1_random	LN:165050
@SQ	SN:chr22_KI270735v1_random	LN:42811
@SQ	SN:chr22_KI270736v1_random	LN:181920
@SQ	SN:chr22_KI270737v1_random	LN:103838
@SQ	SN:chr22_KI270738v1_random	LN:99375
@SQ	SN:chr22_KI270739v1_random	LN:73985
@SQ	SN:chrY_KI270740v1_random	LN:37240
@SQ	SN:chrUn_KI270302v1	LN:2274
@SQ	SN:chrUn_KI270304v1	LN:2165
@SQ	SN:chrUn_KI270303v1	LN:1942
@SQ	SN:chrUn_KI270305v1	LN:1472
@SQ	SN:chrUn_KI270322v1	LN:21476
@SQ	SN:chrUn_KI270320v1	LN:4416
@SQ	SN:chrUn_KI270310v1	LN:1201
@SQ	SN:chrUn_KI270316v1	LN:1444
@SQ	SN:chrUn_KI270315v1	LN:2276
@SQ	SN:chrUn_KI270312v1	LN:998
@SQ	SN:chrUn_KI270311v1	LN:12399
@SQ	SN:chrUn_KI270317v1	LN:37690
@SQ	SN:chrUn_KI270412v1	LN:1179
@SQ	SN:chrUn_KI270411v1	LN:2646
@SQ	SN:chrUn_KI270414v1	LN:2489
@SQ	SN:chrUn_KI270419v1	LN:1029
@SQ	SN:chrUn_KI270418v1	LN:2145
@SQ	SN:chrUn_KI270420v1	LN:2321
@SQ	SN:chrUn_KI270424v1	LN:2140
@SQ	SN:chrUn_KI270417v1	LN:2043
@SQ	SN:chrUn_KI270422v1	LN:1445
@SQ	SN:chrUn_KI270423v1	LN:981
@SQ	SN:chrUn_KI270425v1	LN:1884
@SQ	SN:chrUn_KI270429v1	LN:1361
@SQ	SN:chrUn_KI270442v1	LN:392061
@SQ	SN:chrUn_KI270466v1	LN:1233
@SQ	SN:chrUn_KI270465v1	LN:1774
@SQ	SN:chrUn_KI270467v1	LN:3920
@SQ	SN:chrUn_KI270435v1	LN:92983
@SQ	SN:chrUn_KI270438v1	LN:112505
@SQ	SN:chrUn_KI270468v1	LN:4055
@SQ	SN:chrUn_KI270510v1	LN:2415
@SQ	SN:chrUn_KI270509v1	LN:2318
@SQ	SN:chrUn_KI270518v1	LN:2186
@SQ	SN:chrUn_KI270508v1	LN:1951
@SQ	SN:chrUn_KI270516v1	LN:1300
@SQ	SN:chrUn_KI270512v1	LN:22689
@SQ	SN:chrUn_KI270519v1	LN:138126
@SQ	SN:chrUn_KI270522v1	LN:5674
@SQ	SN:chrUn_KI270511v1	LN:8127
@SQ	SN:chrUn_KI270515v1	LN:6361
@SQ	SN:chrUn_KI270507v1	LN:5353
@SQ	SN:chrUn_KI270517v1	LN:3253
@SQ	SN:chrUn_KI270529v1	LN:1899
@SQ	SN:chrUn_KI270528v1	LN:2983
@SQ	SN:chrUn_KI270530v1	LN:2168
@SQ	SN:chrUn_KI270539v1	LN:993
@SQ	SN:chrUn_KI270538v1	LN:91309
@SQ	SN:chrUn_KI270544v1	LN:1202
@SQ	SN:chrUn_KI270548v1	LN:1599
@SQ	SN:chrUn_KI270583v1	LN:1400
@SQ	SN:chrUn_KI270587v1	LN:2969
@SQ	SN:chrUn_KI270580v1	LN:1553
@SQ	SN:chrUn_KI270581v1	LN:7046
@SQ	SN:chrUn_KI270579v1	LN:31033
@SQ	SN:chrUn_KI270589v1	LN:44474
@SQ	SN:chrUn_KI270590v1	LN:4685
@SQ	SN:chrUn_KI270584v1	LN:4513
@SQ	SN:chrUn_KI270582v1	LN:6504
@SQ	SN:chrUn_KI270588v1	LN:6158
@SQ	SN:chrUn_KI270593v1	LN:3041
@SQ	SN:chrUn_KI270591v1	LN:5796
@SQ	SN:chrUn_KI270330v1	LN:1652
@SQ	SN:chrUn_KI270329v1	LN:1040
@SQ	SN:chrUn_KI270334v1	LN:1368
@SQ	SN:chrUn_KI270333v1	LN:2699
@SQ	SN:chrUn_KI270335v1	LN:1048
@SQ	SN:chrUn_KI270338v1	LN:1428
@SQ	SN:chrUn_KI270340v1	LN:1428
@SQ	SN:chrUn_KI270336v1	LN:1026
@SQ	SN:chrUn_KI270337v1	LN:1121
@SQ	SN:chrUn_KI270363v1	LN:1803
@SQ	SN:chrUn_KI270364v1	LN:2855
@SQ	SN:chrUn_KI270362v1	LN:3530
@SQ	SN:chrUn_KI270366v1	LN:8320
@SQ	SN:chrUn_KI270378v1	LN:1048
@SQ	SN:chrUn_KI270379v1	LN:1045
@SQ	SN:chrUn_KI270389v1	LN:1298
@SQ	SN:chrUn_KI270390v1	LN:2387
@SQ	SN:chrUn_KI270387v1	LN:1537
@SQ	SN:chrUn_KI270395v1	LN:1143
@SQ	SN:chrUn_KI270396v1	LN:1880
@SQ	SN:chrUn_KI270388v1	LN:1216
@SQ	SN:chrUn_KI270394v1	LN:970
@SQ	SN:chrUn_KI270386v1	LN:1788
@SQ	SN:chrUn_KI270391v1	LN:1484
@SQ	SN:chrUn_KI270383v1	LN:1750
@SQ	SN:chrUn_KI270393v1	LN:1308
@SQ	SN:chrUn_KI270384v1	LN:1658
@SQ	SN:chrUn_KI270392v1	LN:971
@SQ	SN:chrUn_KI270381v1	LN:1930
@SQ	SN:chrUn_KI270385v1	LN:990
@SQ	SN:chrUn_KI270382v1	LN:4215
@SQ	SN:chrUn_KI270376v1	LN:1136
@SQ	SN:chrUn_KI270374v1	LN:2656
@SQ	SN:chrUn_KI270372v1	LN:1650
@SQ	SN:chrUn_KI270373v1	LN:1451
@SQ	SN:chrUn_KI270375v1	LN:2378
@SQ	SN:chrUn_KI270371v1	LN:2805
@SQ	SN:chrUn_KI270448v1	LN:7992
@SQ	SN:chrUn_KI270521v1	LN:7642
@SQ	SN:chrUn_GL000195v1	LN:182896
@SQ	SN:chrUn_GL000219v1	LN:179198
@SQ	SN:chrUn_GL000220v1	LN:161802
@SQ	SN:chrUn_GL000224v1	LN:179693
@SQ	SN:chrUn_KI270741v1	LN:157432
@SQ	SN:chrUn_GL000226v1	LN:15008
@SQ	SN:chrUn_GL000213v1	LN:164239
@SQ	SN:chrUn_KI270743v1	LN:210658
@SQ	SN:chrUn_KI270744v1	LN:168472
@SQ	SN:chrUn_KI270745v1	LN:41891
@SQ	SN:chrUn_KI270746v1	LN:66486
@SQ	SN:chrUn_KI270747v1	LN:198735
@SQ	SN:chrUn_KI270748v1	LN:93321
@SQ	SN:chrUn_KI270749v1	LN:158759
@SQ	SN:chrUn_KI270750v1	LN:148850
@SQ	SN:chrUn_KI270751v1	LN:150742
@SQ	SN:chrUn_KI270752v1	LN:27745
@SQ	SN:chrUn_KI270753v1	LN:62944
@SQ	SN:chrUn_KI270754v1	LN:40191
@SQ	SN:chrUn_KI270755v1	LN:36723
@SQ	SN:chrUn_KI270756v1	LN:79590
@SQ	SN:chrUn_KI270757v1	LN:71251
@SQ	SN:chrUn_GL000214v1	LN:137718
@SQ	SN:chrUn_KI270742v1	LN:186739
@SQ	SN:chrUn_GL000216v2	LN:176608
@SQ	SN:chrUn_GL000218v1	LN:161147
@SQ	SN:chr1_KI270762v1_alt	LN:354444
@SQ	SN:chr1_KI270766v1_alt	LN:256271
@SQ	SN:chr1_KI270760v1_alt	LN:109528
@SQ	SN:chr1_KI270765v1_alt	LN:185285
@SQ	SN:chr1_GL383518v1_alt	LN:182439
@SQ	SN:chr1_GL383519v1_alt	LN:110268
@SQ	SN:chr1_GL383520v2_alt	LN:366580
@SQ	SN:chr1_KI270764v1_alt	LN:50258
@SQ	SN:chr1_KI270763v1_alt	LN:911658
@SQ	SN:chr1_KI270759v1_alt	LN:425601
@SQ	SN:chr1_KI270761v1_alt	LN:165834
@SQ	SN:chr2_KI270770v1_alt	LN:136240
@SQ	SN:chr2_KI270773v1_alt	LN:70887
@SQ	SN:chr2_KI270774v1_alt	LN:223625
@SQ	SN:chr2_KI270769v1_alt	LN:120616
@SQ	SN:chr2_GL383521v1_alt	LN:143390
@SQ	SN:chr2_KI270772v1_alt	LN:133041
@SQ	SN:chr2_KI270775v1_alt	LN:138019
@SQ	SN:chr2_KI270771v1_alt	LN:110395
@SQ	SN:chr2_KI270768v1_alt	LN:110099
@SQ	SN:chr2_GL582966v2_alt	LN:96131
@SQ	SN:chr2_GL383522v1_alt	LN:123821
@SQ	SN:chr2_KI270776v1_alt	LN:174166
@SQ	SN:chr2_KI270767v1_alt	LN:161578
@SQ	SN:chr3_JH636055v2_alt	LN:173151
@SQ	SN:chr3_KI270783v1_alt	LN:109187
@SQ	SN:chr3_KI270780v1_alt	LN:224108
@SQ	SN:chr3_GL383526v1_alt	LN:180671
@SQ	SN:chr3_KI270777v1_alt	LN:173649
@SQ	SN:chr3_KI270778v1_alt	LN:248252
@SQ	SN:chr3_KI270781v1_alt	LN:113034
@SQ	SN:chr3_KI270779v1_alt	LN:205312
@SQ	SN:chr3_KI270782v1_alt	LN:162429
@SQ	SN:chr3_KI270784v1_alt	LN:184404
@SQ	SN:chr4_KI270790v1_alt	LN:220246
@SQ	SN:chr4_GL383528v1_alt	LN:376187
@SQ	SN:chr4_KI270787v1_alt	LN:111943
@SQ	SN:chr4_GL000257v2_alt	LN:586476
@SQ	SN:chr4_KI270788v1_alt	LN:158965
@SQ	SN:chr4_GL383527v1_alt	LN:164536
@SQ	SN:chr4_KI270785v1_alt	LN:119912
@SQ	SN:chr4_KI270789v1_alt	LN:205944
@SQ	SN:chr4_KI270786v1_alt	LN:244096
@SQ	SN:chr5_KI270793v1_alt	LN:126136
@SQ	SN:chr5_KI270792v1_alt	LN:179043
@SQ	SN:chr5_KI270791v1_alt	LN:195710
@SQ	SN:chr5_GL383532v1_alt	LN:82728
@SQ	SN:chr5_GL949742v1_alt	LN:226852
@SQ	SN:chr5_KI270794v1_alt	LN:164558
@SQ	SN:chr5_GL339449v2_alt	LN:1612928
@SQ	SN:chr5_GL383530v1_alt	LN:101241
@SQ	SN:chr5_KI270796v1_alt	LN:172708
@SQ	SN:chr5_GL383531v1_alt	LN:173459
@SQ	SN:chr5_KI270795v1_alt	LN:131892
@SQ	SN:chr6_GL000250v2_alt	LN:4672374
@SQ	SN:chr6_KI270800v1_alt	LN:175808
@SQ	SN:chr6_KI270799v1_alt	LN:152148
@SQ	SN:chr6_GL383533v1_alt	LN:124736
@SQ	SN:chr6_KI270801v1_alt	LN:870480
@SQ	SN:chr6_KI270802v1_alt	LN:75005
@SQ	SN:chr6_KB021644v2_alt	LN:185823
@SQ	SN:chr6_KI270797v1_alt	LN:197536
@SQ	SN:chr6_KI270798v1_alt	LN:271782
@SQ	SN:chr7_KI270804v1_alt	LN:157952
@SQ	SN:chr7_KI270809v1_alt	LN:209586
@SQ	SN:chr7_KI270806v1_alt	LN:158166
@SQ	SN:chr7_GL383534v2_alt	LN:119183
@SQ	SN:chr7_KI270803v1_alt	LN:1111570
@SQ	SN:chr7_KI270808v1_alt	LN:271455
@SQ	SN:chr7_KI270807v1_alt	LN:126434
@SQ	SN:chr7_KI270805v1_alt	LN:209988
@SQ	SN:chr8_KI270818v1_alt	LN:145606
@SQ	SN:chr8_KI270812v1_alt	LN:282736
@SQ	SN:chr8_KI270811v1_alt	LN:292436
@SQ	SN:chr8_KI270821v1_alt	LN:985506
@SQ	SN:chr8_KI270813v1_alt	LN:300230
@SQ	SN:chr8_KI270822v1_alt	LN:624492
@SQ	SN:chr8_KI270814v1_alt	LN:141812
@SQ	SN:chr8_KI270810v1_alt	LN:374415
@SQ	SN:chr8_KI270819v1_alt	LN:133535
@SQ	SN:chr8_KI270820v1_alt	LN:36640
@SQ	SN:chr8_KI270817v1_alt	LN:158983
@SQ	SN:chr8_KI270816v1_alt	LN:305841
@SQ	SN:chr8_KI270815v1_alt	LN:132244
@SQ	SN:chr9_GL383539v1_alt	LN:162988
@SQ	SN:chr9_GL383540v1_alt	LN:71551
@SQ	SN:chr9_GL383541v1_alt	LN:171286
@SQ	SN:chr9_GL383542v1_alt	LN:60032
@SQ	SN:chr9_KI270823v1_alt	LN:439082
@SQ	SN:chr10_GL383545v1_alt	LN:179254
@SQ	SN:chr10_KI270824v1_alt	LN:181496
@SQ	SN:chr10_GL383546v1_alt	LN:309802
@SQ	SN:chr10_KI270825v1_alt	LN:188315
@SQ	SN:chr11_KI270832v1_alt	LN:210133
@SQ	SN:chr11_KI270830v1_alt	LN:177092
@SQ	SN:chr11_KI270831v1_alt	LN:296895
@SQ	SN:chr11_KI270829v1_alt	LN:204059
@SQ	SN:chr11_GL383547v1_alt	LN:154407
@SQ	SN:chr11_JH159136v1_alt	LN:200998
@SQ	SN:chr11_JH159137v1_alt	LN:191409
@SQ	SN:chr11_KI270827v1_alt	LN:67707
@SQ	SN:chr11_KI270826v1_alt	LN:186169
@SQ	SN:chr12_GL877875v1_alt	LN:167313
@SQ	SN:chr12_GL877876v1_alt	LN:408271
@SQ	SN:chr12_KI270837v1_alt	LN:40090
@SQ	SN:chr12_GL383549v1_alt	LN:120804
@SQ	SN:chr12_KI270835v1_alt	LN:238139
@SQ	SN:chr12_GL383550v2_alt	LN:169178
@SQ	SN:chr12_GL383552v1_alt	LN:138655
@SQ	SN:chr12_GL383553v2_alt	LN:152874
@SQ	SN:chr12_KI270834v1_alt	LN:119498
@SQ	SN:chr12_GL383551v1_alt	LN:184319
@SQ	SN:chr12_KI270833v1_alt	LN:76061
@SQ	SN:chr12_KI270836v1_alt	LN:56134
@SQ	SN:chr13_KI270840v1_alt	LN:191684
@SQ	SN:chr13_KI270839v1_alt	LN:180306
@SQ	SN:chr13_KI270843v1_alt	LN:103832
@SQ	SN:chr13_KI270841v1_alt	LN:169134
@SQ	SN:chr13_KI270838v1_alt	LN:306913
@SQ	SN:chr13_KI270842v1_alt	LN:37287
@SQ	SN:chr14_KI270844v1_alt	LN:322166
@SQ	SN:chr14_KI270847v1_alt	LN:1511111
@SQ	SN:chr14_KI270845v1_alt	LN:180703
@SQ	SN:chr14_KI270846v1_alt	LN:1351393
@SQ	SN:chr15_KI270852v1_alt	LN:478999
@SQ	SN:chr15_KI270851v1_alt	LN:263054
@SQ	SN:chr15_KI270848v1_alt	LN:327382
@SQ	SN:chr15_GL383554v1_alt	LN:296527
@SQ	SN:chr15_KI270849v1_alt	LN:244917
@SQ	SN:chr15_GL383555v2_alt	LN:388773
@SQ	SN:chr15_KI270850v1_alt	LN:430880
@SQ	SN:chr16_KI270854v1_alt	LN:134193
@SQ	SN:chr16_KI270856v1_alt	LN:63982
@SQ	SN:chr16_KI270855v1_alt	LN:232857
@SQ	SN:chr16_KI270853v1_alt	LN:2659700
@SQ	SN:chr16_GL383556v1_alt	LN:192462
@SQ	SN:chr16_GL383557v1_alt	LN:89672
@SQ	SN:chr17_GL383563v3_alt	LN:375691
@SQ	SN:chr17_KI270862v1_alt	LN:391357
@SQ	SN:chr17_KI270861v1_alt	LN:196688
@SQ	SN:chr17_KI270857v1_alt	LN:2877074
@SQ	SN:chr17_JH159146v1_alt	LN:278131
@SQ	SN:chr17_JH159147v1_alt	LN:70345
@SQ	SN:chr17_GL383564v2_alt	LN:133151
@SQ	SN:chr17_GL000258v2_alt	LN:1821992
@SQ	SN:chr17_GL383565v1_alt	LN:223995
@SQ	SN:chr17_KI270858v1_alt	LN:235827
@SQ	SN:chr17_KI270859v1_alt	LN:108763
@SQ	SN:chr17_GL383566v1_alt	LN:90219
@SQ	SN:chr17_KI270860v1_alt	LN:178921
@SQ	SN:chr18_KI270864v1_alt	LN:111737
@SQ	SN:chr18_GL383567v1_alt	LN:289831
@SQ	SN:chr18_GL383570v1_alt	LN:164789
@SQ	SN:chr18_GL383571v1_alt	LN:198278
@SQ	SN:chr18_GL383568v1_alt	LN:104552
@SQ	SN:chr18_GL383569v1_alt	LN:167950
@SQ	SN:chr18_GL383572v1_alt	LN:159547
@SQ	SN:chr18_KI270863v1_alt	LN:167999
@SQ	SN:chr19_KI270868v1_alt	LN:61734
@SQ	SN:chr19_KI270865v1_alt	LN:52969
@SQ	SN:chr19_GL383573v1_alt	LN:385657
@SQ	SN:chr19_GL383575v2_alt	LN:170222
@SQ	SN:chr19_GL383576v1_alt	LN:188024
@SQ	SN:chr19_GL383574v1_alt	LN:155864
@SQ	SN:chr19_KI270866v1_alt	LN:43156
@SQ	SN:chr19_KI270867v1_alt	LN:233762
@SQ	SN:chr19_GL949746v1_alt	LN:987716
@SQ	SN:chr20_GL383577v2_alt	LN:128386
@SQ	SN:chr20_KI270869v1_alt	LN:118774
@SQ	SN:chr20_KI270871v1_alt	LN:58661
@SQ	SN:chr20_KI270870v1_alt	LN:183433
@SQ	SN:chr21_GL383578v2_alt	LN:63917
@SQ	SN:chr21_KI270874v1_alt	LN:166743
@SQ	SN:chr21_KI270873v1_alt	LN:143900
@SQ	SN:chr21_GL383579v2_alt	LN:201197
@SQ	SN:chr21_GL383580v2_alt	LN:74653
@SQ	SN:chr21_GL383581v2_alt	LN:116689
@SQ	SN:chr21_KI270872v1_alt	LN:82692
@SQ	SN:chr22_KI270875v1_alt	LN:259914
@SQ	SN:chr22_KI270878v1_alt	LN:186262
@SQ	SN:chr22_KI270879v1_alt	LN:304135
@SQ	SN:chr22_KI270876v1_alt	LN:263666
@SQ	SN:chr22_KI270877v1_alt	LN:101331
@SQ	SN:chr22_GL383583v2_alt	LN:96924
@SQ	SN:chr22_GL383582v2_alt	LN:162811
@SQ	SN:chrX_KI270880v1_alt	LN:284869
@SQ	SN:chrX_KI270881v1_alt	LN:144206
@SQ	SN:chr19_KI270882v1_alt	LN:248807
@SQ	SN:chr19_KI270883v1_alt	LN:170399
@SQ	SN:chr19_KI270884v1_alt	LN:157053
@SQ	SN:chr19_KI270885v1_alt	LN:171027
@SQ	SN:chr19_KI270886v1_alt	LN:204239
@SQ	SN:chr19_KI270887v1_alt	LN:209512
@SQ	SN:chr19_KI270888v1_alt	LN:155532
@SQ	SN:chr19_KI270889v1_alt	LN:170698
@SQ	SN:chr19_KI270890v1_alt	LN:184499
@SQ	SN:chr19_KI270891v1_alt	LN:170680
@SQ	SN:chr1_KI270892v1_alt	LN:162212
@SQ	SN:chr2_KI270894v1_alt	LN:214158
@SQ	SN:chr2_KI270893v1_alt	LN:161218
@SQ	SN:chr3_KI270895v1_alt	LN:162896
@SQ	SN:chr4_KI270896v1_alt	LN:378547
@SQ	SN:chr5_KI270897v1_alt	LN:1144418
@SQ	SN:chr5_KI270898v1_alt	LN:130957
@SQ	SN:chr6_GL000251v2_alt	LN:4795265
@SQ	SN:chr7_KI270899v1_alt	LN:190869
@SQ	SN:chr8_KI270901v1_alt	LN:136959
@SQ	SN:chr8_KI270900v1_alt	LN:318687
@SQ	SN:chr11_KI270902v1_alt	LN:106711
@SQ	SN:chr11_KI270903v1_alt	LN:214625
@SQ	SN:chr12_KI270904v1_alt	LN:572349
@SQ	SN:chr15_KI270906v1_alt	LN:196384
@SQ	SN:chr15_KI270905v1_alt	LN:5161414
@SQ	SN:chr17_KI270907v1_alt	LN:137721
@SQ	SN:chr17_KI270910v1_alt	LN:157099
@SQ	SN:chr17_KI270909v1_alt	LN:325800
@SQ	SN:chr17_JH159148v1_alt	LN:88070
@SQ	SN:chr17_KI270908v1_alt	LN:1423190
@SQ	SN:chr18_KI270912v1_alt	LN:174061
@SQ	SN:chr18_KI270911v1_alt	LN:157710
@SQ	SN:chr19_GL949747v2_alt	LN:729520
@SQ	SN:chr22_KB663609v1_alt	LN:74013
@SQ	SN:chrX_KI270913v1_alt	LN:274009
@SQ	SN:chr19_KI270914v1_alt	LN:205194
@SQ	SN:chr19_KI270915v1_alt	LN:170665
@SQ	SN:chr19_KI270916v1_alt	LN:184516
@SQ	SN:chr19_KI270917v1_alt	LN:190932
@SQ	SN:chr19_KI270918v1_alt	LN:123111
@SQ	SN:chr19_KI270919v1_alt	LN:170701
@SQ	SN:chr19_KI270920v1_alt	LN:198005
@SQ	SN:chr19_KI270921v1_alt	LN:282224
@SQ	SN:chr19_KI270922v1_alt	LN:187935
@SQ	SN:chr19_KI270923v1_alt	LN:189352
@SQ	SN:chr3_KI270924v1_alt	LN:166540
@SQ	SN:chr4_KI270925v1_alt	LN:555799
@SQ	SN:chr6_GL000252v2_alt	LN:4604811
@SQ	SN:chr8_KI270926v1_alt	LN:229282
@SQ	SN:chr11_KI270927v1_alt	LN:218612
@SQ	SN:chr19_GL949748v2_alt	LN:1064304
@SQ	SN:chr22_KI270928v1_alt	LN:176103
@SQ	SN:chr19_KI270929v1_alt	LN:186203
@SQ	SN:chr19_KI270930v1_alt	LN:200773
@SQ	SN:chr19_KI270931v1_alt	LN:170148
@SQ	SN:chr19_KI270932v1_alt	LN:215732
@SQ	SN:chr19_KI270933v1_alt	LN:170537
@SQ	SN:chr19_GL000209v2_alt	LN:177381
@SQ	SN:chr3_KI270934v1_alt	LN:163458
@SQ	SN:chr6_GL000253v2_alt	LN:4677643
@SQ	SN:chr19_GL949749v2_alt	LN:1091841
@SQ	SN:chr3_KI270935v1_alt	LN:197351
@SQ	SN:chr6_GL000254v2_alt	LN:4827813
@SQ	SN:chr19_GL949750v2_alt	LN:1066390
@SQ	SN:chr3_KI270936v1_alt	LN:164170
@SQ	SN:chr6_GL000255v2_alt	LN:4606388
@SQ	SN:chr19_GL949751v2_alt	LN:1002683
@SQ	SN:chr3_KI270937v1_alt	LN:165607
@SQ	SN:chr6_GL000256v2_alt	LN:4929269
@SQ	SN:chr19_GL949752v1_alt	LN:987100
@SQ	SN:chr6_KI270758v1_alt	LN:76752
@SQ	SN:chr19_GL949753v2_alt	LN:796479
@SQ	SN:chr19_KI270938v1_alt	LN:1066800
@SQ	SN:chrEBV	LN:171823
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.13-r1126	CL:bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h20.fastq
SRR003161.1	0	chr1	143217889	0	4S35M85S	*	0	0	TCAGATGCAATCATCGAATGGTCTCGAATGGAATCNTCTANAGAGATGGAATGTATCNCTCGCCANACGACACNCGAACAGGGNAAGGCAAGCAGNAGGNAGNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNN	AAAAAAAAAAAAAAAA:::BAAFAABAAB?>>=44!39=<!:866699888220862!08:8002!0200000!022200800!20660000600!000!06!!!6!!!!!!!!!!!!!!!!!!	NM:i:1	MD:Z:31A3	AS:i:3XS:i:33	XA:Z:chr10,+42092546,4S35M85S,1;chr1,+143217421,4S35M85S,1;chr1,+143239587,4S35M85S,1;chr1,-143252938,85S35M4S,1;chr1,+143220601,4S35M85S,1;chr1,+143219665,4S35M85S,1;chr1,-143210830,85S35M4S,1;chr10,+42075371,4S35M85S,1;chr10,+42101425,4S35M85S,1;chr1,+143272381,4S35M85S,1;chr1,-143204112,85S35M4S,1;chr1,+143189975,4S35M85S,1;chr10,+42080829,4S35M85S,1;chr10,+42067652,4S35M85S,1;chr1,+143236600,4S35M85S,1;chr10,+42071261,4S35M85S,1;chr1,+143202568,4S35M85S,1;chr1,+143262016,4S35M85S,1;chr10,+42094445,4S35M85S,1;chr1,+143229991,4S35M85S,1;chr1,+143194906,4S35M85S,1;chr10,+42098197,4S35M85S,1;chr1,+143229325,4S35M85S,1;chr1,+143273144,4S35M85S,1;chr1,+143236132,4S35M85S,1;chr3,-196898795,85S35M4S,1;chr1,-125173710,85S35M4S,1;chr10,+42074903,4S35M85S,1;chr1,+143193143,4S35M85S,1;chr1,+143190443,4S35M85S,1;chr10,+42085796,4S35M85S,1;chr1,+143224622,4S35M85S,1;chr1,+143267943,4S35M85S,1;chr10,+42103854,4S35M85S,1;chr1,+143225093,4S35M85S,1;chr1,-143249828,85S35M4S,1;chr1,+143231300,4S35M85S,1;chr1,-143256486,85S35M4S,1;chr1,-143209440,85S35M4S,1;chr1,+143228021,4S35M85S,1;chr1,+143185063,4S35M85S,1;chr10,-41852367,85S35M4S,1;chr1,-143251629,85S35M4S,1;chr1,+143233540,4S35M85S,1;chr10,+42093977,4S35M85S,1;chr1,+143200517,4S35M85S,1;chr1,+143194441,4S35M85S,1;chr10,+42070793,4S35M85S,1;chr1,+143206914,4S35M85S,1;chr1,+143237811,4S35M85S,1;chr1,+143227553,4S35M85S,1;chr1,-143255189,85S35M4S,1;chr1,+143231768,4S35M85S,1;chr1,+143271341,4S35M85S,1;chr10,+42080361,4S35M85S,1;chr1,+143213870,4S35M85S,1;chr10,+42074435,4S35M85S,1;chr1,+143263324,4S35M85S,1;chr10,+42097745,4S35M85S,1;chr10,+42090276,4S35M85S,1;chr1,-125180284,85S35M4S,1;chr1,+143240055,4S35M85S,1;chr1,+143265756,4S35M85S,1;chr1,+143216113,4S35M85S,1;chr1,-125169985,85S35M4S,1;chr1,+143219197,4S35M85S,1;chr1,+143192675,4S35M85S,1;chr10,+42095848,4S35M85S,1;chr1,+143195374,4S35M85S,1;chr1,+143214338,4S35M85S,1;chr1,+143270772,4S35M85S,1;chr1,-125166285,85S35M4S,1;chr1,+143275099,4S35M85S,1;chr1,+143226451,4S35M85S,1;chr10,+42104319,4S35M85S,1;chr1,+143232233,4S35M85S,1;chr1,+143211626,4S35M85S,1;chr1,+143220133,4S35M85S,1;chr1,+143215645,4S35M85S,1;chr10,+42100036,4S35M85S,1;chr10,-41846998,85S35M4S,1;chr1,-125168084,85S35M4S,1;chr1,-125179816,85S35M4S,1;chr1,+143240523,4S35M85S,1;chr1,+143264771,4S35M85S,1;chr1,+143212094,4S34M86S,1;chr10,-41845898,86S34M4S,1;chr1,+143191375,4S31M89S,0;chr1,-125182919,89S31M4S,0;chr1,+143221908,4S31M89S,0;chr1,+143190911,4S31M89S,0;chr10,-41843753,89S31M4S,0;chr10_KI270824v1_alt,+1080,4S35M85S,1;chr10_KI270824v1_alt,+615,4S35M85S,1;
SRR003161.2	0	chr7	41381016	60	4S153M1D132M1D5M1D28M1D73M3I12M1I40M54S	*	0	0	TCAGTTTGAGATGGAGTTTCATTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACAGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCATCACGCCCAGCTAATTTGCATTTTTTATTAGAGATGGGGTTTCTCCACATTGGTCAGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCTGAGCCCAACCTATTTACTTTCAATCCATCTTTTCAATAACTTAAATACAAGTGTCAATATATACAATCTTTTCCTCCCTGGTTATCAAGCTTTCTAATATATATGGATGTATCTTCCAAGGTTTTTGATCCCATTTTACTTTACAGGCTCACTGCTGTGGAACCCAGAGAGCAGTCTCTTTTCAAGGNGGGCTGAGACNCGCAACAGGGGATTAGGCCAAGGCNCAGG	CCCCCCCCCCCCCCCC@@@CCCFEEEFEEG888EEEFFEEEEFGGGGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCA<777@@CCCBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC:93339@A>77//39AC666666C22CAAAA93333///7-0017>9999>>A???ACCCCCCC2239322>9977<?????CCCCCCCCC877777777111111::::5555:555:::::::::;:555:;;::::0040-----***--467::::;;;;;;:::511155555:555:::;::::::7777744-------///245::;;;::::::;;;;;;;;:55554774----------44-----064---------6---522451115247644255-----,4---24464422---------!,,,4464224!11:::7:::111111--7777---!----	NM:i:1MD:Z:153^T40T91^T5^T28^G73G23C0G26	AS:i:379	XS:i:88
SRR003161.3	0	chr7	59292897	0	4S28M1I35M577S	*	0	0	TCAGCATGCTAGACAGAAGAATTCTCAGTAACTTTCTTTGTGCTGTGTGTATTCAACTCACAGAGTTGGAACCGTTCCTTTGTCAACAGAGCTAGAATTTGAAACCNCTCTTGAGGACTACGCGAAANAGGGGANAAGGTCCAAAGGCCAGTANAGGGNTCGGANGTANAAGATNCTNAAAATAAAACNGANAGAATCATTCTNAAGAAACTTNTTGNATGTNTGCCCTTTCAAACTCAACAGGAGTTTACCAAACCTTTTCTTTTCTAAAGGAGACTAAGGTTTTAAGAAAACCACTTACTCGGTCTTTGGTTAATGTCTGCAAAGGTGGATTATTGGACCTTCTTGAGGTCCCTTTCGTTGCGTAAAACCGGGGTTTCTTCCTTTCACTTAGTCGTACGTAACGTAAACGTAAAAGGTAAAGGTTACGTTACGTTAACGTTTAAACGTTTTTTTAACGTTTTGGTTTGGTTTGGTTGTTAGTTTACTTAACCTTAACCTAACCTAAACGTAAAGGTTTAACGGTTAAACCGTTAACGTTACGTTTAACGTTAAGGTAAGGAAGGACGAGTAAGTTAAGTTAAACTAAACTACTAGTAGACGACGACAACGAAGGAGAGAGAGACGACACGAGGAGGAGNGNNN	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAIFAABA?7792222.,,:3<<<<:0222276:220::20020028662222022000002,220006666=9000669600000!0699788...4877873...!,.333.!......4447........!....!....4!...!..66.!..!....4+++*.!..!.33333686--!---------!--3!332,!,,,,,,,,*,,,,2,,,,,,,,,2,,,,,,,,,,,,.,,((((,(,,,,,),,,,,,,,,,..000----,,(,,,,,,,,,,,,,,,,)),,,,,10,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,),,,1..,,,,,,,,,,,,)),,,,,,,,,,,,,,,,,,,03330,,,,,,,)))),,0(((,,,,,100,,,,,,,,0,,,,,,-03,----)))),,'''',,(((,,))),,)),,,,,,,,,,))00,,,,,,,,000,,,,,,,,,))),,,,,)),,,)),,,,,0,,)),,11133-,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,-,,))),,),,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,10000,,,,,,,,,,!,!!!	NM:i:1	MD:Z:63	AS:i:56	XS:i:56
SRR003161.4	0	chr6	71805157	60	4S88M495S	*	0	0	TCAGGTTTGGAATGTGGGCTCTGAAGCCATACAACACAGTTTCTACTCTTTATCTTACACCTCCTGACTTTGTGACATTGGTTAAATATTTTATTTATTATNNCATAACTTACTACTTTGTTAAATTAGAAGTACGACTGTCTACACTCTTAGGTAGTTGGTCTGTTGAAATTAAATAATAGNACTTTAACTTACTTAAATAGANATACACACGACTTAGTTAGTTGTTGGCTGGAAATTAGGTATNTGTTTTAGTTCCTACACCTTACTTAACCCTAACCTACCATNTAATACTTTTACTTGTTCTCNGANANATNATAGTNTCTACGTTGAGTATATTACTTATATTACACGGTACGACGGACCGACGTCGTACACGTCTCGTCTTCTNCNANNATGTAGTGAGTCTNTTTATTNTTTCTTAACTACTACTACTCGTTGTAGTAAGTAATAATAANTNNTCTACACCTACGACTGTATTGTAAGTACAAGAAGGACCGACGTTTCGTTACCTTTCTTCTTCGTCCTCTACTTAACCTGTTACTACGTACGCGAACACGGACGTAGGAGGAGGAGGACACGAACGG	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAIEEAIIIIIIAAIIIA:666AAE???<<<@AA===A=>>AAAAAAAAAAAAA?@???980000040....0/**04490!!00000600.........,,.....,.....74..............33.....7.....4..............++664!.000000.135855----*--!3------------33,,,,,,,,,2222222,,,,*,,,,,!,,,,,,3,((,,,,00,,,,,,,,,,,,,1,,)),,,,01!333001,,,,03((,,,,,,!,,!,!,,!,,3,,!,1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,3,,,,,433,,,,,,,,13,,,,,,,,,04,,,,,,,,,,,!,!,!!,,,,10,,,311,!,,,1))!,,,,)),,30,,,0330,,,,,,003333,,,,,0003,,!,!!,,01,,,033,,,,,1,,,,,,,,00,,,,,,,,,1331313/.,,,)),,,,,,,)),,,,,,,,,,010,,,,,,,,,,3303,,,,0000000,,,,03,,,,,0,,,,,,,,34333,,,,,	NM:i:0	MD:Z:88	AS:i:88	XS:i:20
SRR003161.5	4	*	0	0	*	*	0	0	TCAGATGAATGGAGTGGATGGAGTTGAGTGGAATGGAATGGAATGGATGGAGTGGAATTGGAAGTAGTANAGGTNTTGAATGGATGGAATGGATATAGAGGAATGGATGGATGATGGANGTAGNGAGTGAGTAGGAGTACGNGTAGGTACCGTGGAGTTGGGAAGTGTTANAGAGTAAGGNTTGGAGGTAGGTTTGTTAGGTAAAGNGTTACCGGTAAGGTAGGTGGTAAAGTAGGGGGAAAATTTGGGTAAAGGGGTGGGTAAACCGTAGTGGAAAAACCCTTACGGGCGTAAAACGNGGGGGGGAAAATTTAGGGGGGGGTACCCTAAAAGGGGGGGTAACGTAACGGGAAAAACTAGGGGGGGGGTAAATTAAAGGGGGAGAGGAGGTGGGTAAGTAGGTAAAAGTAGGGAGGTGTAAAGTAGGGAGTGGGTAGTAGGGAAATGGGGTAAAAGTGGGGGGTAAAAAGTTTAGGAGGTTTTTAAGGTAGGGAAGGTAAGTAAAAGTAGGGGTAAAAGTAGGGTAGGGTAGGGAAAGTGGGGTAAATTTAGGGGTAGTAGGGGTAAAAGTAGGGTATTTAGGGGGTATAACGGGGTTAGGGGAAGGGTTAGGGTAAGTAAGGTAAGTAGGGAAGTAGGGTAGGTAGGTAGGTTAGGGTAAGTAGGGTAAGGAAGAAGGTAGGGTAAAGTAGGGTAAAGTAGGTAAAGGGTAAGGGTAGTAGGGTAGGTAGGGTAGGTTTTTAGGTAGGTAGGGTAAAAAAAGGTGGTAAAGGTAGGGTAAAGTGGGTAGGGTAGGTAAAAAAAGGGTGTAAGTTTTTAGTAGTTTTAGG	AAAAAAAAAAAAAAA446=BAA????B?E????@@BB@B::::?A=<93220;::22222288:85666!0222!00222<<<<96666690000000000009:999777;666;;;!4483!34...............!.............4744.....,....4!3433.....!..44........---*.3-------!-33------3855,,,,,,,,,,252,,,,,,,,00,,,,,8.333444470003/.,11-3,,,,,,,,,,,,,33),,,,0.65565..!//222,,,,--,,,(,,,,,,,,),,,,,,,,,,,,,,,,,((,',,0,,,,,,,,,,,(,,/..33.,,,-,,,,,,,)(,000101,,,,,,),,,,,,,,,,,(,,,,,,1,,,,,,0,.,,,),,,,,,),,,,,,,,,,,,,,,,,,(,,,,,,,,-22,,(,,,(,,,,,,,,,,,,,,(,,,,,,)),,,00----33)...,,,,,,(,),,,33,,,33-)),,,)1...,,,,,,,.,..,,),(30----0,,,,(,(,,,,,,,/0--2,,),,,,,,,,,,,,((((,,)))110,)),,,),,,,,,,,030/..00,10.,,,,)),0)),,,,,,,,,,,,,,30,,,,,,)),,,,,,,,,,,/32,,)0,,,,,,,,),),,,,,,,,,,))))),,)0,,,,,,))0,,,,00,,,,,,,0,,(300,,,,,,,,,,,,,))30,,,,,,,3,,,,3/,,),,./,,))),,,,3----------0),,,,,,,,,00)30,,,,,,,	AS:i:0	XS:i:0
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161h20.sam |wc -l
462
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161h20.sam


2.fastq数据：SRR003161.fastq 的头1000行，即250条reads

hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -1000 >SRR003161h1000.fastq
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h1000.fastq >SRR003161h1000.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 261 ALT contigs
[M::process] read 250 sequences (161179 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 250 reads in 10.963 CPU sec, 1525.205 real sec
[main] Version: 0.7.13-r1126
[main] CMD: bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h1000.fastq
[main] Real time: 1805.888 sec; CPU: 18.755 sec
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ wc -l SRR003161h1000.*
  1000 SRR003161h1000.fastq
   734 SRR003161h1000.sam
  1734 total
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161h1000.sam |head -10
@SQ	SN:chr1	LN:248956422
@SQ	SN:chr2	LN:242193529
@SQ	SN:chr3	LN:198295559
@SQ	SN:chr4	LN:190214555
@SQ	SN:chr5	LN:181538259
@SQ	SN:chr6	LN:170805979
@SQ	SN:chr7	LN:159345973
@SQ	SN:chr8	LN:145138636
@SQ	SN:chr9	LN:138394717
@SQ	SN:chr10	LN:133797422

3.fastq数据：SRR003161.fastq 的头10000行，即2500条reads


hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -10000 >SRR003161h10000.fastq
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h10000.fastq >SRR003161h10000.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 261 ALT contigs
[M::process] read 2500 sequences (1499370 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 2500 reads in 55.162 CPU sec, 6750.093 real sec
[main] Version: 0.7.13-r1126
[main] CMD: bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161h10000.fastq
[main] Real time: 7224.315 sec; CPU: 69.348 sec
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161h1000* |wc -l
14798
hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ wc -l SRR003161h1000* 
  10000 SRR003161h10000.fastq
   3064 SRR003161h10000.sam
   1000 SRR003161h1000.fastq
    734 SRR003161h1000.sam
  14798 total


参考：

【1】 http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/50858334

KeepLearningBigData
关注
专栏目录
2020.8.5丨细菌基因组二代测序组装流程梳理
08-05 5533
应老板要求，重复一个之前由其他团队完成的质粒组装项目，为之后内部消化项目打下基础。研究了几天，昨天把结果提交上去还算满意，故特此整理。
【bioinfo】bwa mem 比对分值参数测试
lillianqdzpw
06-08 7620
测试bwa BWA mem -M -k10 -T10 ./ref/ref.fa tst1.fq > tst1.sam mem命令比对： 比对分值阈值默认是[30]，即read比对得分值>=30，输出比对结果。 参数 默认 比对情况 分值 说明 -A [1] Match 1 1bp比对得1分 -B [4] Mismatch -4 1bp错配扣4分 -O [6,6] gap(ins,del) -6,-6 1bp的ins扣6分，del扣6分 -E [1] gap e
生信软件26 - BWA-MEM比对算法性能更好的bwa-mem2
最新发布
LittleComputerRobot的博客
07-13 1017
bwa-mem算法的下一个版本， 英特尔并行计算实验室的Vasimuddin Md和Sanchit Misra开发完成的，相比于bwa-mem速度快1.3-3.1倍。
bwa-mem2和samtools：去宿主
m0_53945548的博客
12-31 943
【代码】bwa-mem2：去宿主。
链接：https://pan.baidu.com/s/1U-UlYoranUvpfj97XLrHvQ 提取码：ZMTD
热门推荐
09-04 39万+
链接：https://pan.baidu.com/s/1nhbnRcs1DrJW4WdOOEyx-w 提取码：ZMTD
BWA-MEM原始论文算法部分翻译
weixin_34309435的博客
11-23 722
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> ...
用于处理fastafastqtable格式数据的工具集。通常它们是perl脚本。_Perl_R_下载.zip
04-26
2. **比对**：将reads比对到参考基因组，如使用BWA-MEM或Bowtie2。 3. **排序和指数化**：使用SAMtools对比对结果进行排序并创建索引，便于后续分析。 4. **变异检测**：通过GATK或FreeBayes进行单核苷酸变异（SNV）...
grcScripts2:爱达荷大学基因组学资源核心 HTS 处理脚本作为 R 包
06-21
《grcScripts2：爱达荷大学基因组学资源核心的高通量测序数据处理脚本集》 grcScripts2 是一款基于 R 语言的软件包，由爱达荷大学基因组学资源核心（University of Idaho Genomics Resources Core, GRC）开发并维护...
SatelliteDNA_Pipeline：有关该文章的常规数据
02-15
首先，了解数据处理的常规流程至关重要。在生物信息学领域，这通常包括以下几个阶段： 1. **数据预处理**：此阶段涉及到从测序仪器接收原始数据（通常是FastQ格式），并进行质量控制。这可能包括使用软件如FastQC来...
George-Mason-University-Internship:宏基因组学研究
07-12
此外，Java还可以用于构建分布式计算框架，如Apache Hadoop，以处理大规模的基因组数据集。 "School Stuff/"目录则包含正式的结果，这可能包括统计报告、可视化图表、注释后的基因功能分类以及基于这些数据的科学...
BWA mem比对的 Secondary ,Supplementary alignment 和 -M -Y参数
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
03-14 280
作者：青萍，你好出处：https://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/8856888.html1.supplementary alignmentsupplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功，另一部分和参考区域2比对成功，参考区域1和参考区域2没有交集（或很少），那么一条read就会产生两条sam文件，将其中的一条...
速度更快、适用于批量运行的bwa-mem
friendxuan的专栏
05-10 1376
我们在bwa-mem2的基础上，利用共享内存技术，实现了速度的略微提升和进程占用的物理内存的极其明显优化，使得批量运行时，内存不再是需要过多考量的因素。
基因数据处理14之BWA三种方式bwa、BWA_SW、BWA_MEM使用
Keep Learning
03-13 1万+
1.构建索引： bwa index ref.fa 或者从ftp下载，请参考【1】 2.BWA： bwa.sh为脚本文件 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/bwa3sh$ cat bwa.sh #!/bin/bash bwa aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.
BWA比对及Samtools提取目标序列
weixin_56827666的博客
05-13 5154
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backtrack、SW和MEM，第一种只支持短序列比对（<100bp），后两种支持长序列比对(70bp~1M)，并支持分割比对（split alignment）。MEM算法是最新的也是官方推荐的。BWA-MEM 是一种新的比对算法，用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组，例如人参考基因组。它会自动选择局部比
字典保存用户名和密码_渗透测试路径字典，爆破字典[用户名密码字典]
weixin_31029019的博客
12-25 1万+
用户名：admin testid adminroot test01 kefuadmin system test admin1 root administrator ceshi zhangsan gly manage user manager super superadmin chenlin yuanfang bchen binchen bingli bingliu bingwang binli b...
js获取用户使用的设备类型及平台
SHALLNY
07-23 1万+
在项目中需要统计用户使用的设备信息 1.见html代码如下，将结果信息打印在控制台 index.html &lt;!DOCTYPE html&gt; &lt;html&gt; &lt;head&gt; &lt;meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /&gt; &lt;meta nam
基因数据处理5之GRCH38数据源和查看信息
Keep Learning
03-11 1万+
数据源： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz 可以用ftp或者wget 解压： gzip -d GCA_000001405.15
生命科学大数据：10EB量级基因数据的处理与精准医学
"10EB量级的基因大数据处理技术" 基因大数据处理技术是近年来随着生物信息学和精准医学发展而迅速崛起的一个重要领域。在这个领域中，数据量达到了惊人的10EB（艾字节）级别，这相当于极大规模的数据集合，对存储、...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值