bwa-mem2和samtools：去宿主

bwa-mem2安装

https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases

tar -xvjf bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2
（完整路径）/bwa-mem2

 

 构建宿主index

bwa-mem2 index Host_genome_assembly.fasta(gz文件不行)

 

 

新增 5个文件

bwa-mem2比对去宿主

bwa-mem2 mem #看看各种参数
#看不太懂，看看教程用了什么参数
./bwa-mem2 mem -t 56 human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d2_align.sam

非常的快呀 

Samtools安装

Releases · samtools/samtools · GitHub

tar -xvjf samtools-1.19.tar.bz2
./configure --prefix=（解压出的文件夹路径）
#把错误的东西补齐
make
make install
vim ~/.bashrc
#添加下述
export PATH=$PATH:绝对路径/samtools-1.19/bin
#保存退出
source ~/.bashrc
#完成
samtools

 使用samtools将宿主外的序列提取出来

#sam转bam
samtools view -Sb -@180 aligen.sam > aligen.bam
#sort
samtools sort -n -@180 aligen.bam -o aligen_sort.bam
#提取没比对到参考基因组的序列
samtools view -b -f 4 -@180 aligen_sort.bam > unmapped.bam
#转换为fastq
samtools bam2fq -1 unmapped_1.fastq -2 unmapped_2.fastq unmapped.bam
#bbtools的repair工具修复一下
bash repair.sh in=unmapped_1.fastq in2=unmapped_2.fastq out=unmapped_1_repaired.fastq out2=unmapped_2_repaired.fastq