bwa-mem2和samtools：去宿主

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已于 2024-01-01 17:17:08 修改

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文章标签： linux

于 2023-12-31 22:32:48 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/135317476

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本文介绍了如何安装和使用BWA-MEM2进行基因组比对，包括构建宿主索引、bwa-mem2mem命令参数以及利用samtools处理比对结果，提取未匹配到参考基因组的序列并修复。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

bwa-mem2安装

https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases

tar -xvjf bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2
（完整路径）/bwa-mem2

构建宿主index

bwa-mem2 index Host_genome_assembly.fasta(gz文件不行)

新增 5个文件

bwa-mem2比对去宿主

bwa-mem2 mem #看看各种参数
#看不太懂，看看教程用了什么参数
./bwa-mem2 mem -t 56 human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d2_align.sam

非常的快呀

Samtools安装

Releases · samtools/samtools · GitHub

tar -xvjf samtools-1.19.tar.bz2
./configure --prefix=（解压出的文件夹路径）
#把错误的东西补齐
make
make install
vim ~/.bashrc
#添加下述
export PATH=$PATH:绝对路径/samtools-1.19/bin
#保存退出
source ~/.bashrc
#完成
samtools

使用samtools将宿主外的序列提取出来

#sam转bam
samtools view -Sb -@180 aligen.sam > aligen.bam
#sort
samtools sort -n -@180 aligen.bam -o aligen_sort.bam
#提取没比对到参考基因组的序列
samtools view -b -f 4 -@180 aligen_sort.bam > unmapped.bam
#转换为fastq
samtools bam2fq -1 unmapped_1.fastq -2 unmapped_2.fastq unmapped.bam
#bbtools的repair工具修复一下
bash repair.sh in=unmapped_1.fastq in2=unmapped_2.fastq out=unmapped_1_repaired.fastq out2=unmapped_2_repaired.fastq