COMFA tutorial--Sybyl

COMFA tutorial

来源：sybyl说明书

1 打开 ：Sybyl-x2.0;

2 点击：“Options”----“Set”----“Default Directory”,设置保存路径；

3 点击：“Flie”----“Import File” 选择需要做COMFA的所有小分子导入Sybyl；

4 点击： “File”----“Database”----“New”，创建数据库，输入数据库名称“XXX.mdb”；

5 点击：“File”----“Database”----“Open”，打开刚才创建的数据库，然后选择“Update”；

6 点击：“File”----“Database”----“Put Molecular”，全选小分子输入到数据库中；

7 点击：“Delect Selected”----“Delect everything”;
（3,4,5,6,7步骤为自己操作时需要做的，目的是创建mdb数据库）
以下为教程中例子操作步骤：

8 点击： “File”----“Get Fragment”，在Fragment库中选择“TETRAHYDROPYRAN”----“OK”；

9 点击：“Edit”----“Hydrogens”----“Delete All Hydrogens”；

10 点击：“File”----“Export File”----“Save”；

11 点击： “File”----“Database”----“Align Database”（注：叠合好坏将影响后面模型及预测准确性）；

11.1 “Database to Align”选择“ryanoids.mdb”；

11.2 “Template Molecular”选择模板分子“RYANODINE_1”（最后一个）；

11.3“Common Substructure”已经存在，为刚才导入的fragment；

11.4 点击“Apply”，此时所有小分子将根据公共骨架进行叠合，完成后输入新生成的数据名称“align_my_ryanoids”；

12 点击：“Delect Selected”----“Delect everything”;

13 点击：“Flie”----“Import File”----“Files of Type”----“Database”，选择叠合后的数据库“align_my_ryanoids”,打开MSS表单；

14 在my_ryanoids表单下点击“Import File”----“Files of Type”----“Delimited file”,选择“ryanoids.cvs”；

15 在Add Records and Fields下：

15.1 在How to Handle Records----“Merge by Match”----“Name”；

15.2 在How to Handle Fields----“Append（no merge）”

15.3 点击“Merge”；

16 在空白列表头右键“Calculate Properties”----“QSAR”----“CoMFA”----“Calculate”；

17 按住CTRL选中“CoMFA”和“pKD_rabbit”两列，点击菜单栏“QSAR”----“Partial Least Squares”;

17.1 在左边Validation选择“Leave-One-Out”;

17.2  在右边Componets 输入 “10”；

17.3  点击“Do PLS”;

17.4  观察Sybyl界面下commad Console里面的“- -optimum”行，为2 components；

17.5  返回Partial Least Squares Analysis表单，将“Leave-One-Out”改成“No Validation”，“Components”改成刚才的optimum components, “2”，点击“Do PLS”；

17.6 观察Command Console中的”R squared”为0.782“Standard Error of Estimate”为0.512，“F values”为26.855。（理论上R squared大于0.6说明该模型可信）

17.7 完毕，点击“End”关闭“PLS Analysis”；

18 点击菜单栏“QSAR”----“View QSAR”----“CoMFA”----“Show”查看色块图（立体场，静电场）（若单独查看一个场，在View CoMFA表单中间位置“Show Sterics(Bulk)”，“Show Electrostatics（H+）选择其中一个”）

18.1 立体场图示：绿色区域表示该区域增加取代基的体积有利于化合物的分离；黄色区域表示增加取代基的体积不利于化合物的分离；

18.2  静电场图示：红色区域表示增加取代基的负电荷有利于提高化合物的分离效果；蓝色区域表示增加取代基的正电性对分离有利。

18.3  查看完毕，关闭窗口返回View CoMFA，全部完毕后，点击“Quit”；

19 返回MSS表单右键表头空白位置，选择“Add A Comptued Column”----“PREDICT”，在Option表单选择“ALIGN_MY_RYANOIDS”和“ALIGN_MY_RYANOIDS_1.pls”，对空白列命名“predict”，得到预测的Pkd_rabbit值，与原来的“Pkd_rabbit”值比较，对比预测的准确性；

20 点击“File”----“Import File”----“Files of type”----“Database”,选择“ryanoids2.mdb”，打开NEW_RYANOIDS表单，菜单栏选择“Select All Rows”，点击左边序列号栏右键“Put Structures into Mol Area”；
（也可将原来的小分子导入到Sybyl窗口对其进行结构修饰，在MSS表单下选中某一列，在左边序列号位置右键，选择“Put Structures into Mol Area”，点击菜单栏“Sketch”（图标是苯环带只笔），结构修改完成后对小分子重命名；（可根据色块图提示来做修改）

21 返回原来的my_ryanoids表单，在菜单栏点击“QSAR”----“Predict Property”，选择全部分子或单独点击某个分子，点击“OK”，得到的预测值在Command Console中显示。

22 完毕。