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RSS订阅原创 Amber参数
amber参数imin =0，默认，运行MD不再进行MM=1，进行MM，=2，读入轨迹进行分析ntx 从inpcrd文件读取初始坐标、速度和盒子大小=1，默认，只读入坐标，不读入速度，=5，同时读入速度和坐标信息，当ntb>0时，读入盒子信息，当irest=1时，速度 信息才有效读入，irest 重启模拟标志=0，默认，不需要重启模拟，相反的启动新的模拟。如有速度信息则被忽略，同样 的时间步...
2021-07-14 10:13:30
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原创 无法进入桌面-报错0xc000007b
无法进入桌面-报错0xc000007bWIN7在安装Oracle VM VirtualBox虚拟机后打算安装ubantu系统，但是在虚拟机中安装ubantu过程出现报错，内存不能written之类的错误，搜寻了一遍原因为三个dll文件被破解了，需要修复。(可能由于山寨版win7吧）三个文件为themeservice.dll，themeui.dll，uxtheme.dll。下载UniversalThemePathcher进行修复。但发现themeservice.dll显示已破解，恢复按钮为灰色无法
2021-01-27 15:30:20
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原创 岛津LC20-AR更换氘灯流程
岛津LC20-AR更换氘灯流程1、打开顶盖板两个螺丝；2、拧开散热片四个角的螺丝，把散热片取出并除尘；3、拔掉氘灯连接电源线；4、拧开氘灯上面的两个螺丝（注意带螺母的螺丝不要改变螺母位置）；5、取出新氘灯，按原来氘灯位置重新放置（注意需带手套）；6、重新把螺丝上完后即可完成；7、设置：开机，等SPD仪器自检完成后按VP键直至屏幕显示MAINTENANCE后，按FUNC键直至屏幕显示D2 LAMP USED，此时显示为旧氘灯使用时长，记录数值后输入0，将氘灯用时重置为0，然后按Enter复
2021-01-19 13:42:17
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原创 岛津LC-20AR打开Sample energy和Reference energy方法
岛津LC-20AR打开Sample energy和Reference energy方法1、关闭双波长，双击detector，把Daul Decter前面的“√”去掉；2、设置波长为250nM，接两通（柱子换成两通），通甲醇或者纯水（可进一针空白）；3、打开View----Instr monitor,查看Sample energy和Reference energy。...
2021-01-19 13:40:21
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原创 不同网段下连接共享打印机方法
不同网段下连接共享打印机方法1、假设公司有2台打印机，型号分别为Brother xxx 和Canon xxx，百度搜“Brother打印机驱动”或者“佳能打印机驱动”选择“XX-打印机驱动网”一栏进入，输入打印机型号，下载相应的打印机驱动（自行查看自己是32位系统还是64位系统）。（如有驱动忽略该步骤）2、共享打印机的IP为192.168.1.105，名称为ABC。（查看IP方法，cmd-ipconfig）3、其他需要连接共享打印机的电脑，进入以下目录C盘\WINDOWS\system32\
2021-01-19 13:37:26
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原创 SYBYL原子类型及其含义
SYBYL原子类型及其含义原子类型含义中文翻译C.3sp3 carbonsp3杂化碳原子C.2sp2 carbonsp2杂化碳原子C.1sp carbonsp杂化碳原子C.araromatic carbon芳香碳原子C.catcarbocation,used only in a guadinium group碳正离子化，仅在胍基团中使用N.4sp3 positively charged nitrogensp3带正电荷氮原子N
2021-01-15 17:09:33
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原创 各数据库化合物数量信息
各数据库化合物数量信息数据更新201702101.naturl product library（天然产物库）（共10634个化合物）子库名称化合物数量Analytion4827chemdiv525IBscreen1385Micro source800Target Mol623Top science24742.Chembridge（共778021个化合物）子库名称化合物数量chembridge CoRE Lib
2021-01-15 16:06:54
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原创 Gromacs的文件、程序、命令介绍
Gromacs的文件、程序、命令介绍2017收集，来源于网络，整理如下：1、文件格式(1).pdb PDB数据库使用的文件格式；(2).top 拓扑文件，包含所有力场参数；(3).gro 分子结构文件，包含残基数据，残基名称，原子名称，原子数目，xyz坐标（nm），xyz速率（nm/ps）；(4).tpr 包含仿真起始构象，分子拓扑文件和所有仿真参数，二进制格式；(5).trr 包含仿真路径数据，二进制格式，包括所有的坐标，速率，以及描述mdp文件的力场和能量；(6).edr 包含
2021-01-15 11:25:11
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原创 Sybyl安装无法启动解决方法
Sybyl安装无法启动解决方法系统：ubantu15.04双击sybyl一闪而过，Terminal出现如下错误：error while loading shared libraries:libtiff.so.3:cannot open shared object file : No Such file or directory.运行：sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5 /usr/lib/libtiff.so.3（将so.5和so.3链
2021-01-14 17:37:59
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原创 Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程
Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程win7，原创Step1: 导入蛋白结构蛋白结构使用sybyl进行加H加电荷，去掉水分子，将共价残基处理成反应态（一般需将反应原子所连接的H原子删除）step2: 定义对接口袋如已有配体，可直接使用配体来定义口袋，默认选取配体6埃范围内的蛋白结构作为口袋，选取配体可直接在主界面使用file>open，口袋设置后，口袋内的残基展示为灰色。Step3: 选取打分函数Step4：选取对接配体此处可导入单个的配体分子
2021-01-11 16:11:13
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转载 Amber分子动力学简例1NPO
Amber分子动力学简例1NPO引用：https://blog.csdn.net/rogerzhanglijie/article/details/8084187?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachi
2021-01-08 09:31:10
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转载 ambertools20--1FKO复合物分子动力学研究
1FKO复合物分子动力学研究http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/1.PDB官网下载1FKO，用sybyl打开，将蛋白和配体分别保存为1FKO_pro.pdb（蛋白）和sustiva.pdb（配体）。2.加氢：(1)pdb4amber -i sustiva.pdb -o sustiva_h.pdb --reduce(2)（注：通过reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb 加氢再后续tleap处理会报错，通过
2021-01-08 09:30:14
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原创 Openbabel批量转换的步骤
Openbabel批量转换的步骤系统win7 20160516下载并安装Open Babel，然后Windows键+R键，再输入cmd进入命令提示符进行操作，然后输入操作命令。首先进入你需要转换文件的路径，不能有中文。然后输入命令Obabel *.input format –ooutput format –O file .output format –m --gen3dInput format是要进行转换的文件的格式output format是输出文件的格式-m是让转换的
2021-01-07 15:57:31
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原创 创建autodock4.2桌面快捷方式
创建autodock4.2桌面快捷方式系统：ubantu16.04， 来源：网络+亲测针对在/usr/share/applications下没有快捷方式的，以ADT为例。打开Terminal，输入sudo vim /usr/share/applications/autodock 4.2.desktop在vim下输入以下内容（按i进行输入）[Desktop Entry]Encoding = UTF-8Name = autodock 4.2Comment = A Dockin
2021-01-07 15:44:46
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原创 双系统误删Grub，无法启动linux的解决方法
双系统误删Grub，无法启动linux的解决方法一、 重新安装grub，用live CD进入linux系统；运行sudo -i 获取权限；mount /dev/sda1 /meida/boot/grub -install -root-directory=/media/ /dev/sda二、grub的简单配置：sudo gedit /etc/default/grub #打开grub文件；修改完输入sudo update-grub重新生成一份grub.cfg文件...
2021-01-07 15:32:50
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原创 虚拟机屏幕分辨率修改
虚拟机屏幕分辨率修改#系统ubantu16.041、 查询支持的分辨率：xrandr -q2、设置分辨率：xrandr -s 1920*1080 （如果不成功进行3）3、创建一个新的分辨率：xrandr --newmode "1920*1080_60.00" 173.00 1920 2048 2248 2576 1080 1083 1120 --hsync + vsync4、加入新的分辨率：xrandr --addmode Virtual 1 "1920*1080_60.00"5、设置显
2021-01-07 15:03:49
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原创 无法识别CPU多核心问题
无法识别CPU多核心问题#ubantu16.04，多核心CPU1、安装系统后，查看cpu信息cat /proc/cpuinfo，显示cpu只有1个核1个线程；2、打开 /etc/defult/grub文件；3、GRUB_CMDLINE_LINUX=" ",这行文字为空或删除里面含有“noapic nolapic”字符；4、更新grub文件：sudo update-grub5、reboot生效注：不能含有“acpi=off”，否则开机无法进入系统或卡在登录界面无反应。...
2021-01-07 14:54:57
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原创 安装nvidia驱动----两种安装方法
安装nvidia驱动----两种安装方法一、 从官网下载nvidia驱动；1、从官网下载的nvidia驱动xxx.run文件；2、运行xxx.run文件；3、安装过程会出现报错，提示需关闭X-Service，因此需要先关闭图形界面sudo service lightdm stop,4、关闭后再运行xxx.run文件；5、安装完成后重新打开图形界面sudo service lightdm strat。二、通过命令安装----从源下载注：安装nvidia驱动，需要先把nouveau加入黑名单；
2021-01-07 14:44:42
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原创 禁用X-Service
禁用X-Service来源：网络+亲测1、 sudo service lightdm stop #关闭图形界面；2、sudo service lightdm start #开启图形界面；关闭图形后可在CTRL+ALT+F1进入tty1，再输入开启命令，开启后CTRL+ALT+F7返回。
2021-01-07 14:31:17
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原创 禁用noeveau驱动
禁用noeveau驱动来源：网络+亲测1、sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist.conf #打开blacklist.conf文件；2、在末尾添加2行，如下:blacklist nouveauoptions nouveau modeset =03、执行sudo update-initramfs -u #使其生效；4、重启后，执行lsmod|grep nouveau查看，如果没有屏幕输出，说明禁用nouveau成功。...
2021-01-07 14:27:24
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原创 Sybyl分子对接操作流程
Sybyl分子对接操作流程20160817 win71、打开sybyl-x 2.0；2、点击“applications”----“Docking Suite”----“Dock Ligand”；3、“Docking Mode”：Surflex-Dock（SFXC）；(1)“Filename”栏点击“Define”----“Protein Structure”选择“mol2”右边的“…”打开蛋白分子（如处理好导入mol2，没处理可选pdb）(2)“Protomol Generation
2021-01-07 14:12:50
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原创 基于对虚拟筛选结果挑选的规则----Sybyl
基于对虚拟筛选结果挑选的规则----Sybyl20161230 win7根据对接打分Total Score，挑选TS>8.0分的化合物；基于TS>8.0,从对接得到的构像（默认20个）中挑选Cscore≥4的化合物；2.1 统计TS>8.0,CS≥4的构型所占的比例，如7/20；2.2 计算这些构型的平均分；2.3 统计这些构型在各个分段下的分布，如10-11分3个；2.4 统计这些构型的RMSD值；观察并记录这些构型与蛋白之间的相互作用，挑
2021-01-07 10:30:41
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原创 Autodock 4.2 操作流程
Autodock 4.2 操作流程#版本 autogrid 4.2，autodock 4.2，win7系统。201509141、打开AutodockTools 4.2 应用程序；2、点击“File”----“Read Molecular”或“Import”----“Fetch From Web”打开蛋白分子；3、对蛋白分子进行除水，除盐，加氢，加电，改变原子类型的处理；(1)点击“Edit”----“Delect Water”；(2)点击左边界面蛋白分子下拉菜单，找出水分子或盐进行删除；(
2021-01-06 14:24:49
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原创 #Amber 安装----with Conda
Amber 安装----with Condaconda create --name amber --no-default-packagesconda activate amberconda install -c conda-forge ambertoolsecho $AMBERHOME安装了Conda后，Terminal前面会多出（bash）字样，不影响使用。如需运行amber，需要先用conda激活，输入conda activate amber，bash字样会变为amber。...
2020-12-30 11:01:59
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原创 MUSE简单教程
MUSE简单教程#来源-muse tutorial or bookshelf3.1 Quick Invention Experiment TutorialThis tutorial shows how to use the Invention Editor in Muse to do a lead expansion experiment involving Estrogen Receptor (ER) agonists.If you would prefer to watch a demo o
2020-12-30 10:57:20
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转载 Amber20教程1----丙氨酸二肽（李继存博文）
Amber20教程1----丙氨酸二肽1、启动tleap；tleap2、加载力场；source leaprc.protein.ff14SB3、建立丙氨酸二肽foo = sequence {ACE ALA NME}可通过软件查看是否正确；4、溶剂化：Source leaprc.water.tip3pSolvatebox foo TIP3PBOX 10.0 #TIP3PBOX指定溶剂化的水盒子类型，10.0表示分子在丙氨酸二肽和周期性盒壁之间应该具有至少10A的距离。5、保存拓扑文件和
2020-12-30 10:56:53
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原创 VMD的安装
系统:ubantu16.04vmd版本:1.9.4官网下载VMD,解压文件修改installbindir和install_bin_dir和installbindir和install_library_dir,打开终端,运行以下命令:./configure LINUXAMD64./configurecd srcmake install配置环境变量export PATH =/home/bob/Downloads/vmd-1.9.4a43/bin:$PAT
2020-12-30 10:54:28
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原创 autodock实际操作演示
autodock实际操作演示一．大分子处理读取大分子，可以把文件放在file打开时候的默认位置或者是在联网的情况下使用read>read from web出现了一下的选项：输入相应的PDB ID即可自动读取大分子处理的时候主要是除盐除水、加电荷、极性氢等。主要使用的选项是ADT的Edit和Select两个大选项的操作：读取分子：在Select中选择select from string除水和除盐主要使用的是Residue和Atom，模式是residue：HOH* 和Atom：*
2020-12-30 10:50:43
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原创 Gromacs 中文手册目录
Gromacs 中文手册目录#翻译英文手册目录20190423引言 1谢辞 2译宣言 3-4译后计 5第一章 简介 61.1 计算化学与分子建模 61.2 分子动力学模拟 7-91.3 能力最小化和搜索方法 9-10第二章 定义与单位 112.1 符号标记 112.2 MD单位 11-132.3 约化单位 13第三章 算法 143.1 简介143.2 周期性边界条件14-153.2.1 一些有用的盒子类型163.2.2 截断限制 163.3 组
2020-12-28 14:35:11
4813
3
原创 MOE 分子动力学模拟操作
MOE 分子动力学模拟操作对对接后的结构进行分子动力学研究1、从MOE导入对接后的复合物结构；2、加溶剂：edit–solvate，周期性边界，选择periodic,shape选择Box，Salt选择NaCl，Margin一般是cutoff值off值的一半+1（即cutoff=10，得到10/2 + 1=6）cutoff可从力场里查看。Solute（溶质）选择all，将center和Axis Align选择上，将溶质（即蛋白）居中（注：蛋白不能固定在原位置，不管何止方法处理位置都会发生偏移，这是MO
2020-12-28 14:12:47
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原创 Sybyl动力学模拟操作
Sybyl动力学模拟操作1、Option----Tailor，Subject选择SOLVENT，可按需修改参数，最后一行增大可减少水分子数量，降低计算量，默认0.8，可设置1.0或者1.2。2、File-get framment，拉至最后，选择WATER，添加水分子。3、点击Edit-Solvent，将水分子添加到体系。4、对加入的水分子进行能量优化（如蛋白配体之前已经平衡好了，可只对水分子MM，若没平衡好，需对整个体系进行能量优化）5、对体系先进行NVT平衡，然后再进行NPT平衡（需要设置压力
2020-12-28 14:07:17
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原创 用Sybyl对3个天然产物库处理
用Sybyl对3个天然产物库处理•包括简单的去重复分子和3D构象生成（没有对Bad group进行去除）•1、 Chemdiv 得到8124个分子，重复分子2510个分子 •2、 Zinc得到96991个分子，重复分子70513个分子 •3、 J&K得到84712个分子，重复分子8788个分子 •将3个库合并得到189827个分子，去重后得到144564个分子由于表单过大，导致SYBYL对接过程中断及无法打开等情况，采取将数据库拆分及其他的方法重新进行操作；用Sybyl进行二次处理1
2020-12-28 13:21:43
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原创 计算机模拟虚拟筛选操作流程
计算机模拟虚拟筛选操作流程：1、寻找同一靶点的不同小分子活性药物；2、对得到的小分子药物进行聚类分析；3、对分类得到的同一类小分子药物进行药效团的创建；4、对不同类的药效团进行share（可选）；5、对创建的药效团进行验证；5.1 利用active化合物在DUDe中生成decoys化合物；5.2 用active化合物和decoys化合物对创建的药效团进行ROC曲线的绘制，ROC曲线越靠近左上角，说明创建的药效团越好，一般大于0.5，可考虑用来进行下一步的大规模虚拟筛选；6、对虚拟筛选得到的结
2020-12-28 12:57:16
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原创 Galahad tutorial与虚拟筛选--sybyl
Galahad tutorial与虚拟筛选来源：Sybyl说明书1 打开 ：Sybyl-x2.0;2 点击：“Options”----“Set”----“Default Directory”,设置保存路径；3 点击：“Applications”----“Pharmacophore”----“GALAHAD”;4 在GALAHAD表单里进行以下操作：4.1 Spreadsheet Source点击“…”，在Single Conformer Input 选择“SLN File”，打开
2020-12-28 10:52:11
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原创 COMFA tutorial--Sybyl
COMFA tutorial来源：sybyl说明书1 打开 ：Sybyl-x2.0;2 点击：“Options”----“Set”----“Default Directory”,设置保存路径；3 点击：“Flie”----“Import File” 选择需要做COMFA的所有小分子导入Sybyl；4 点击： “File”----“Database”----“New”，创建数据库，输入数据库名称“XXX.mdb”；5 点击：“File”----“Database”----“Open”
2020-12-28 10:44:01
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5
subprocess传递参数和组合键
2023-09-21
subprocess传递Ctrl+D组合键
2023-09-21
字符串拼接后 如何与直接运行命令一致？
2023-02-08
JS实现表格的折叠与展开
2022-04-06
Django HTML 多个变量传参问题
2022-03-31
python爬虫爬取不到数据，如何分析定位？
2021-11-27
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