MOE 分子动力学模拟操作

MOE 分子动力学模拟操作

对对接后的结构进行分子动力学研究

1、从MOE导入对接后的复合物结构；

2、加溶剂：edit–solvate，周期性边界，选择periodic,shape选择Box，Salt选择NaCl，

Margin一般是cutoff值off值的一半+1（即cutoff=10，得到10/2 + 1=6）cutoff可从力场里查

看。

Solute（溶质）选择all，将center和Axis Align选择上，将溶质（即蛋白）居中（注：蛋白不

能固定在原位置，不管何止方法处理位置都会发生偏移，这是MOE为了计算方便而采取的方

式。做完后可以align查看差异性或者导入xx.0.ps的初始构象。）

3、能量最小化：compute–energy Minimize，Forcefield选择Amber12：EHT，（根据不同

系统选择不同力场）取消constrains对水的限制，对整个体系进行能量最小化。

4、MD：限制性MD（对蛋白受体进行约束），打开SEQ，选中需要不动的蛋白受体，点击

右侧面板Constrain-fix，对蛋白受体进行固定（非限制性MD就是不做选择直接开始后续模

拟），然后开始限制性动力学模拟，点击Compute–Simulations–Dynamics。最下面

的Constrain是对键长的限制，需要选择All-bonds，否则在MD过程中所有键长会发生变化

（如S-S正常为2.03，MD后可能会变成4.02）

5、对MD过程进行编辑，在模拟前指定一个100ps的加热阶段，再进行200ps的NVT平衡，

再进行时间较长的NPT平衡，如下：（纳秒级时候，Sample Time可设置较大值，减少内存

占用）

6、模拟完成后对其计算t-T，t-P，t - Tol_energy等（按自己研究目的选择）。（能量需要对

动能和势能进行加和计算）