Sybyl分子对接操作流程

Sybyl分子对接操作流程

20160817 win7

1、打开sybyl-x 2.0；

2、点击“applications”----“Docking Suite”----“Dock Ligand”；

3、“Docking Mode”：Surflex-Dock（SFXC）；

(1)“Filename”栏点击“Define”----“Protein Structure”选择“mol2”右边的“…”打开蛋白分子（如

处理好导入mol2，没处理可选pdb）

(2)“Protomol Generation”的选择有四种，如有配体分子信息选择“Ligand”并导入，如知道残

基可选“Residue”并输入，剩余的两种均为自动；

(3)“Automatic”自动找到活性口袋（一个或多个）；

(4)“Muti-channel Surface”为多通道表面；

(5)“Threhold”默认为0.50，增加这个数目将减少体积，一般默认设置；

(6)“Bloat”可以用来使protomol和包含附近的裂缝膨胀，默认为0；

(7)完成后点击“Generate”生成活性口袋表面。点击“OK”回到“Docking”Dialog；

4、“Ligand Source”选择对接文件的格式并导入，完毕后点击“OK”

5、完毕会弹出对接后的结果“Result Browser”，可通过打分Total Score，Crash，Cscore等

打分来判断结果的好坏；

6、点击“Result Browser”下的“View”，选择蛋白分子，中间点击配体，可浏览对接的实际情

况；

7、浏览完毕后点击“Save Results”保存结果并退出。