Galahad tutorial与虚拟筛选--sybyl

Galahad tutorial与虚拟筛选

来源：

Sybyl说明书

1 打开 ：Sybyl-x2.0;

2 点击：“Options”----“Set”----“Default Directory”,设置保存路径；

3 点击：“Applications”----“Pharmacophore”----“GALAHAD”;

4 在GALAHAD表单里进行以下操作：

4.1 Spreadsheet Source点击“…”，在Single Conformer Input 选择“SLN File”，打开“krystek.hits”,点击“Return”返回GALAHAD表单；

4.2 在krystek表单按住CTRL选择1,3,5,7,9,11,13行;（可全选分子，但计算会耗时较长且创建药效团模型也无需太多分子，因此随机选择7个）

4.3 在GALAHAD表单中间位置点击“Suggest from Data”，然后将Mols.Required ti Hit改为“6”；

4.4 在GALAHAD表单右上角Activity Col选择“PIC50”；

4.5 检查Align Molecules Using是否选择“Features”；

4.6 在Run Name输入文件名“krystek_align7”,然后点击“Compute”，运行大约需要15-20min，直到Command Console出现Done为止；

5 点击“File”----“Import File”----“Files of Type”----“Spreadsheet”----“krystek_align7”----“krystek_align7.tbl”；

5.1 在krystek_align7表单菜单栏点击“PMA”----“Visualize Models” （如果是通过计算，则计算完成后自动打开PMA模型界面，此步骤为手动打开）

5.2 在PMA Visual Analysis表单中Model可选择浏览并检查不同的模型（如果视野没有看到模型，点击General Structure Display(眼镜图标)，在Molecule Area Selection中选中模型，点击Center View即可）；

 5.2.1 cyan for hydrophobes;
  5.2.2 magenta for donor atoms;
  5.2.3 green for acceptor atoms;
  5.2.4 yellow for six-membered rings;
  5.2.5 red for positive nitrogens;
  5.2.6 blue for negative centers;

5.3 如果在检查模型过程中看到配体为紫色，则说明该配体没有很好匹配该药效团模型；

5.4 关闭PMA界面，返回krystek_align7表单，在刚才计算完成后生成了20个MODEL和12列数据，前3列为后处理过程中生成的模型属性，中间5列为来自遗传算法的模型得分组件，最后4列是每个模型中各个配体的得分，因此每个单元包含7个值。（一般较好的模型为MODEL_001，综合参数较好）

 5.4.1 “SPECIFICITY”is a logarithmic indicator of the expected discrimination for each query;
5.4.2  The actual number hit is given in the N_HITS column. Note that several models hit all seven ligands in the dataset;
5.4.3  The values in the FEATS column indicate the total number of features in the model query;
5.4.4  PARETO = the Pareto rank of the each model (see Pareto Ranking). Here, all the models have a Pareto rank of 0. This means none of the models is superior to any other when using all four criteria in columns 5-8 (ENERGY, STERICS, HBOND, and MOL_QRY);
5.4.5  ENERGY = the total energy of the model;
5.4.6  STERICS = the steric overlap for the model;
5.4.7  HBOND = the pharmacophoric concordance;
5.4.8  MOL_QRY = the agreement between the query tuplet and the pharmacophoric tuplets for the ligands as a group;

5.5 观察MODEL_11和MODEL_14的ENERGY，MODEL_11特别高,而MODEL_14也明显比其他模型高（High energy is often due to steric clashes）;

5.6 按住CTRL键选择MODEL_11和MODEL_14,然后点击菜单栏“Invert Row Selection”进行反选；

5.7 点击“Scatter plot”打开散点图；

 5.7.1 X Axis 选择“ENERGY”，Range改为10 to 50；
  5.7.2 Y Axis选择“STERICS”；
  5.7.3 Color Axis选择“MOL_QRY”；
  5.7.4 Title输入“pareto”；
  5.7.5 点击“OK”；

5.8 较好的模型一般在左上角，ENERGY较小而STERICS较大；

5.9 可随机挑选几个点点击菜单栏“3D”来查看模型；
以下为GALAHAD与虚拟筛选连用

6 返回krystek_align7表单，选中“MODEL_001”，点击菜单栏“PMA”----“Create UNITY Query from Model”,在Molecule Area选中M1行，点击“OK”，此时SYBYL界面会出现所生成的药效团模型；

7 点击SYBYL界面菜单栏“UNITY”----“Start UNITY Search”；

7.1 Query选择“Flex Search”；

7.2 Option选择“Specify”，点击旁边的“Options”，把“Use Lipinski’s rule of 5”选择“No”，点击“OK”；（初筛可关闭类药5原则，否则可能得到hits）

7.3 Search Datasourse选择“SLN File”，打开需要筛选的数
据库“VSdatabase”（共114个分子，其中包含krystek.hits中的36个化合物）

7.4 Job输入名字“VSsearch”，点击“OK”；

7.5 点击Sybyl界面的“UNITY”----“Search Management”可查看进度，点击“Refresh”刷新进度条，当“%Complete”为100.00时则完成筛选，点击“Load into Spreadsheet”可查看Hits的分子；

8 完毕。