保存彩色dcm的时候踩了好多坑,没有找到相应教程,自己记录一下各种问题和解决方法:
def dcm_process(filepath, new_array, scale, out_path):
#彩色的dcm归一化到255,太简单了就不加了,归一化0-1 再*255
new_array = map_to_0_255(new_array)
#第一个坑,一定要注意处理后转化成uint8
new_array = new_array.astype(np.uint8)
#读取原dcm的 信息
ds=pydicom.dcmread(filepath)
#坑2此字段应设置为3,表示每个像素包含3个样本(红、绿、蓝)。
ds.SamplesPerPixel=3
#坑3
ds.PhotometricInterpretation = 'RGB' # 或 'YBR_PARTIAL_422'
#坑4 ,这样才能rgb不分开
ds.PlanarConfiguration=0 # RGB RGB RGB ...
ds.PixelData=new_array.tobytes()
#坑5 如果你看到结果是一篇漆黑,没错,可能他至少缩成了一条线或者一个点
ds.Rows=new_array.shape[0]
ds.Columns=new_array.shape[1]
#坑6 我也不知道为什么会这样,但是有的就是得加采样点
ds.PixelSpacing=[1.0, 1.0]
ds.save_as(out_path)