极限四十八小时，我用“Rosetta”开了外挂~

第一天：

9：00—9：50 从蛋白质折叠到蛋白质设计

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。

1 蛋白质折叠与结构预测简介
1.1 主链二面角与二级结构
1.2 侧链堆积与三级结构
2 蛋白质设计简介
2.1 蛋白质设计的分类及应用

10：00—10：50 Rosetta基础

11：00—12：00 蛋白质结构viewer、Linux和Python基础

教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。

3 POSE/MOVER/SCOREFUNCTION
4 LINUX 入门命令
4.1 用户属组及权限 目录文件属性
4.2 LINUX基础命令 环境变量
4.3 shell常用命令练习
4.4 conda介绍

14：00—17：00 结构扰动与结构优化

                            序列设计PackRotamer和FastDesign

教学目标：了解Rosetta封装好的应用和（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。

5 Minmover, MC Mover,Fastrelax mover
5.1 Movemap
6 RosettaScript组成和要素
6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover

第二天：

9：00—9：50 蛋白-蛋白对接基础

教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。

7 Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精细调整
7.3 FoldTree

10：00—12：00 抗体设计

教学目标：熟悉抗体模型预处理流程，掌握RAbD常用命令。

8 抗体结构文件的处理
8.1 PyIgClassify
8.2抗体抗原对接模型
8.3CDR区优化
8.4Framework区优化
案例实践：SSD和MSD设计任务

14：00—17：00 CartisenDDG 突变扫描

                            RosettaScript应用

9 序列与结构设计
9.1Input和Output flags控制输入输出
9.2CleanAtom结构预处理
9.3ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons
9.4ResFile等辅助文件
9.5小改中改与大改
9.6练习答疑
案例实践：FastDesign设计任务

课程以Rosetta软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。

培训时间：

专题二：Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题  

2023年5月12日-5月14日  线下北京（第1天报到，授课2天）

增值服务：

1. 凡报名学员将获得所学专题的培训书本（或电子）教材以便提前预习及随堂电子资料；

2. 凡报名学员将获得课程相关Windows版本软件安装指导（一年有效期）；

3. 学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的解答与指导；

4. 参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《从头蛋白抗体设计及在药物研发中的应用工程师》专业技能结业证书；

培训讲师：

Rosetta专题讲师：由国家双一流、985高校特聘研究员、博士生导师讲授。近五年发表SCI研究论文20余篇，获国际生物设计会议奖励(The International BioDesign Research Conference)。主持基金委蛋白质设计相关项目和科技部重点研发计划课题多项。主要擅长分子设计、分子模拟方法研究。