四天后你就是应用分子动力学软件（NAMD、AMBER）的神！

分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使学术研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性等。

一、 培训目录：

专题一：NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题        

2023年8月04日-8月06日  在线直播（授课3天）

专题二：AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题       

2023年7月29日-7月30日  在线直播（授课2天）

2023年8月05日-8月06日  在线直播（授课2天）

二、 培训特色：

1、本次课程采用在线直播的形式，所有专题均建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求；

2、专题一课程以NAMD软件为基础，以实例讲授和练习为主。从MD模拟流程、恒速/恒力拉伸动力学、基于伞形抽样的自由能计算、沿着反应坐标的自由能计算到深层的NAMD在生物技术计算中的应用与材料计算中的应用等。

3、专题二课程从AMBER程序入门学会编译方法，安装自己的AMBER可执行程序开始，依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取，并对经典文献进行复现分析等。

三、 培训讲师：

NAMD专题讲师：来自国家“双一流”建设高校，“211’工程。拥有近10年丰富的NAMD使用经验。以第一/通讯作者在《ACS advanced materials & interface》等国际top期刊发表论文数十篇。擅长领域：蛋白质分子动力学，蛋白质纳米材料相互作用机制，蛋白质测序等。

AMBER专题讲师：山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在国际知名期刊发表SCI论文50余篇。其中以第一作者发表的