希望找一些小伙伴,共同研究nnunetv2版代码,有意者请私聊。!!!!!!
以下实操步骤请在linux系统下操作,bilibili相关地址:【nnunetV2实操分享和代码精读倡议】https://www.bilibili.com/video/BV1Xw411z7E7?vd_source=a4bd8a5276d0156f1f19e2e9eb9d9519
1、下载源码:https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet和数据集
2、配置环境
注意:cuda版本:11.7 torch版本>=2.0
3、修改框架路径
D:\Codes\python\nnUNet-master\nnunetv2\path.py
base = r'D:\Codes\python\nnUNet-master\DATASET\nnUNet_raw'
preprocessing_output_dir = r'D:\Codes\python\nnUNet-master\DATASET\nnUNet_preprocessed'
network_training_output_dir_base = r'D:\Codes\python\nnUNet-master\DATASET\nnUNet_result'
3、制作数据集--将nnunetv1版本的dataset格式转换为nnunetv2版本所需要的格式
cd D:\Codes\python\nnUNet-master\nnunetv2\dataset_conversion
python convert_raw_dataset_from_old_nnunet_format.py
D:\Codes\python\nnUNet-nnunetv1\DATASET\nnUNet_raw\nnUNet_raw_data\Task08_HepaticVessel
Dataset008_HepaticVessel
4、检查数据集
cd D:\Codes\python\nnUNet-master\nnunetv2\experiment_planning\
修改代码:
import sys
sys.path.append(r'D:\Codes\python\nnUNet-master')
修改:example_folder = join(nnUNet_raw, 'Dataset008_HepaticVessel')
执行命令:python verify_dataset_integrity.py
5、预处理
cd D:\Codes\python\nnUNet-master\nnunetv2\experiment_planning\
修改代码:
import sys
sys.path.append(r'D:\Codes\python\nnUNet-master')
修改:np = {default_np[c] if c in default_np.keys() else 4 for c in args.c} ===> np = [default_np[c] if c in default_np.keys() else 4 for c in args.c]
执行命令:python plan_and_preprocess_entrypoints.py -d 8 ---> 生成相关文件
6、训练网络
cd D:\Codes\python\nnUNet-master\nnunetv2\run\
修改代码:
import sys
sys.path.append(r'D:\Codes\python\nnUNet-master')
执行命令:python run_training.py Dataset008_HepaticVessel 3d_lowres 4 ---> 生成相关文件
7、预测
cd D:\Codes\python\nnUNet-master\nnunetv2\inference\
修改代码:
import sys
sys.path.append(r'D:\Codes\python\nnUNet-master')
修改:Dataset003_Liver
use_folds=(0, ), ----> use_folds=(4, ),
执行命令:python predict_from_raw_data.py ---> 生成相关文件