AI4S - 蛋白质数据库: RCSB PDB 的多维度信息统计 (1) 教程

本文介绍了OpenFold,这是一个开源的深度学习框架,用于预测蛋白质的三维结构。OpenFold利用AlphaFold2的算法,实现了高精度的结构预测,为生物信息学研究提供了强大的工具。通过详细的步骤和实例,读者可以了解如何使用OpenFold进行蛋白质结构预测。

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RCSB PDB 数据集是一个收集了蛋白质的三维结构信息的数据库,是世界蛋白质数据库(wwPDB) 的成员之一,也是生物学和医学领域第一个开放访问的数字数据资源库。RCSB PDB 数据集不仅提供了来自蛋白质数据银行(PDB)档案的实验确定的3D结构,还提供了来自 AlphaFold DB 和 ModelArchive 的计算结构模型(CSM)。用户可以利用 RCSB PDB 数据集提供的各种工具和资源,根据序列、结构和功能的注释进行简单和高级搜索,可视化、下载和分析这些分子,并且在外部注释的背景下,探索生物学的结构视角。

PDB 三大数据集的多维度分析与整理:

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