2020年03月_爱笑的小牙

原创 notepad++ 正则表达式的简单应用

1.对于日常需要把如下一列数据转换为'A','B','C','D'的方法为：在正则表达式的循环查找模式下，输入查找目标为([\w\W]+?)\r\n ,替换为 '\1',ABCD2.对于ACE，ADA，BAX，CAPS转换为如下模式，输入查找目标为([\w\W]+?)\，，替换为\1\r\n 。1表示找到的目标ACEADABAXCAPS...

2020-03-25 09:29:58 228

原创 R-一些小技巧

library() install.packages()ls() list.files()rm(list=ls(all=TRUE))Esc中断当前命令的执行 tab 补全Ctrl+L清楚当前屏幕 Ctrl+up弹出历史命令框getwd() setwd()head() tail()?function()help(function)a...

2020-03-12 12:54:35 196

原创 perl 小练习

1.以scaffold.fasta作为输入文件，计算GC含量以及N50和N902.根据给定的基因组scaffold.fasta文件和相对用的基因注释gff文件提取基因的cds区域，并以每行60个碱基的格式输出到cds.fasta文件中3.以cds.fasta作为输出文件，将其翻译成蛋白质序列并以每行60个氨基酸的格式输出到pep.fasta文件...

2020-03-12 10:14:38 1001

原创 perl -常用正则表达式笔记

① 替换：s$string = ~s/<pattern>/<replacement>/; #返回值为替换次数s/ / /i; #不区分大小写s/ / /g; #全局替换s# # #g; #可以用其他界定符代替“/”my $str = 'My heart will go on,';$str = ~s/go/went/; #将go替换成went...

2020-03-12 09:49:37 452

原创在vim 编辑器中进行文件内容的复制

在vim 模式对文件中的内容进行复制，除了常规的复制粘贴外，其实还可以进行命令操作，简单快捷如：1.vim name.txt # 进入name文件2 假如内容只有11行，在insert 模式下，可以往下添加行号，然后按Esc键退出3.shift+: 模式后，要复制的第一行号 ,复制的最后一行号 co 要存放复制内容的行号（一般这行会空，在下一行复制）。:4,6 co 12 ...

2020-03-12 09:25:07 1745

原创 perl学习笔记 - 输入与输出

钻石操作符 <> ：从用户指定的位置读取输入（一般用于读取用户的输入文件）注意：1，<>会处理所有的输入，直到所有输入的结尾为止一般在一个程序中只有一个<>，若出现多次则可能发生错误。2，调用参数@ARGV @ARGV 是一个装着调用参数的数组标准输入输出1，读取从键盘输入的值 <STDIN>注意：<STDIN...

2020-03-11 17:21:37 432

原创通过哈希的键来去掉数组中的重复值

通过哈希键不存在重复值的属性，可以去掉数组中的重复值#!/usr/bin/perl use strict;my %hash = ();my @array = (2,3,4,6,89,56,35,38,4,6,89);foreach my $e (@array){ $hash{$e} +=1; }my @keys = keys %hash;foreach my $k...

2020-03-11 13:57:54 301

Cassiel60的博客