《大话脑成像》之Linux基础命令

话说孔乙己时常混迹于磁共振基础班，处理功能数据算是得心应手了。虽然时常拖欠学费，但不出几月，定然还上，从粉板上拭去了孔乙己的名字。因此，DTI班第一天，当他悄悄溜进来的时候，掌柜并未在意。

彼时，寿镜吾老先生正在一板一眼地教授大家Linux基础命令：

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1.Linux命令：

在Windows系统下，我们已经习惯了图形界面操作。而在Linux系统下，许多程序没有图形界面、或者使用命令更为方便。在Linux下执行命令，首先要打开终端：

终端左侧的siying@siying-vbox，意思是在用户siying已经登陆了电脑siying-vbox，而且当前文件夹在~位置下（即个人文件夹下）。在白色方块提示符处输入命令，按回车键即可执行。

Linux命令包括系统自带命令：比如ls、cd、cp等。

第三方软件的程序也可以作为命令执行：比如，如果自己安装了FSL或者Freesurfer等软件，他们也包含了一些命令工具集。如下图中的fslmerge、fslmaths等等。

 

2.       Linux文件管理：

2.1根目录、/home目录的概念

与Windows的C盘D盘E盘不同，Linux系统下的文件都在/目录下边。/，即右斜杠，称之为根目录。

 

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观察一下，上图中即是 Linux根目录中的文件夹和文件，整个Linux系统里的文件（夹）都可以由/出发找到。

/home目录则放置Linux用户的个人文件夹。比如用户siying的个人文件夹的路径是/home/siying；如果新建一个用户zhangsan，该用户的个人文件夹路径是/home/zhangsan。个人文件夹也可以用~来代替。

/目录下的其他文件夹，比如/opt，一般存放自己安装的第三方软件；/bin，一般存放系统的二进制文件，比如我们用的cd等常用命令都在这里；/etc，一般用于存放系统及其他软件的配置文件；/lib，存放系统的库文件；如果插入了移动硬盘，则一般挂载在/media下面。这些了解即可。

2.2基本文件管理命令

（1）列出文件（夹）ls：即列出某个目录下的文件（夹）。命令ls可以跟一个参数，即目录。

输入命令ls  /，可列出根目录下的文件（夹）。

 

输入命令ls  ~，可列出个人文件夹下的文件（夹）。

 

输入命令ls，后边任何参数都不带，可列出当前文件夹下的文件（夹）。比如，当前文件夹在/opt，可列出/opt下的文件（夹）。

 

 

（2）改变路径cd：即改变当前文件夹的意思。命令cd可以跟一个参数，即目录。

比如当前文件夹在~下，执行cd  sharefolder可以把当前文件夹改变到~/sharefolder。

输入命令cd，后边任何参数都不带，则可切换到个人文件夹，即~。

（3）复制文件cp：把文件从一个位置复制到另一个位置。命令cp可以跟两个参数，前一个是源文件，后一个是目标路径。

 

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（4）移动文件mv：把文件从一个位置移动到另一个位置。命令mv可以跟两个参数，前一个是源文件，后一个是目标路径。

 

 

命令mv还可以用以重命名，比如把list.txt重命名为new.txt：

 

 

（5）删除文件rm: 把某（些）文件删除。比如删除list.txt：

 

删除所有sa开头的文件：

 

（6）创建文件夹mkdir: 创建一个文件夹。比如在~下创建test文件夹：

 

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3.  *号的含义：

*代表“任意”的意思。比如*.txt就代表任意以.txt为后缀的文件，sub*则代表任意以sub为开头的文件，sub*.nii代表任意以sub开头.nii结尾的文件，s*i代表任意以s开头i结尾的文件。如果你的文件夹里有sub01.nii，sub02.nii，s03.nii三个文件，sub*.nii会筛选出前两个，s*i则会把三个全筛选出来。

 

4  文件夹简称：~  .  ..

在Linux系统中，~代指用户个人文件夹，比如对于用户siying，~代指/home/siying。.  ，也即一个点，代表当前文件夹；.. ，也即两个点，代表上层文件夹。比如，在终端执行cd  .. 就切换到了上层目录，其他同理。

 

 

5  相对路径和绝对路径：相对路径，指目标文件（夹）相对当前文件夹的路径。比如,~目录下的文件（夹）如图所示：

 

 

切换当前文件夹到~/test。

 

则~/sharefolder相对于~/test的相对路径便是：../sharefolder。也就是上层文件夹下的sharefolder文件夹。

绝对路径，指某个文件（夹）从根目录开始的路径。比如~/sharefolder的绝对路径是/home/siying/sharefolder。

 

6 . Linux系统下的编辑器：

nano编辑器：

终端输入nano 文件名即可，如果文件名存在，则编辑此文件，如果不存在，则新建此文件。

 

在出现的编辑器界面输入内容，按ctrl+x键保存关闭即可。

 

 

Gedit

如果想使用图形界面编辑器，也可使用gedit，在Ubuntu系统左上角搜索gedit点击打开即可启动。或者在终端输入gedit命令也可以打开。

 

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其他编辑器：Emacs/vim 。熟悉了Linux系统后，编辑任务较多时推荐使用其中一个。

 

查看某文件内容则可以使用：cat。

 

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7.常见命令错误

（1）No command ** found。找不到命令，原因多为命令输错了。

 

 

 

如上图，输入一个不存在的命令“catdog”，系统里没有猫猫狗狗命令，故而报错。

 

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又比如，命令大小写输错，系统照样不认，报错。

 

（2）参数输错。比如0和O不分（数字0和OPQ的O），下换线漏输，参数连在了一起。总之，Linux命令及参数的输入，不能有一丁点错误！

 

8.Linux Shell脚本：

Linux脚本即一系列Linux命令的集合。原本在Linux终端里一次可以执行一个命令，使用Linux Shell脚本，可以依次执行多条Linux命令。使用nano新建一个new.sh文件：

 

输入要依次执行的命令，保存。

 

在终端执行bash new.sh即可执行该脚本。对于上图，会在~下创建一个test2文件夹，并且复制~/list.txt到~/sharefoler下。

 

。。。

寿镜吾老先生快要讲完的时候，孔乙己已经溜出去了，怕掌柜的出去要账。掌柜倒并不在意，知道孔乙己这人过一阵想必又补上了，于是只是默默在电脑里记下了账目。

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眼见过了年关，DTI班又开了，掌柜再次结账的时候，关下电脑，忽然说，“孔乙己长久没有来了。还欠五百学费呢！”我才也觉得他的确长久没有来了。一个正在练习Linux的学员说道，“他怎么会来？他打折了腿了。”“这一次，是他自己发昏。蹭了一节培训班，就自告奋勇给丁举人家修电脑去了。丁举人家的东西，碰得了么。”“后来怎么样？”“怎么样？他输错了命令，把丁举人的电脑格式化了。先写服辩，后来是打，打了大半夜，再打折了腿。”“打折了怎样呢？”“怎样。。谁晓得？许是死了。”

 

 

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