FSL图像计算基础命令：fslmaths, fslstats, fslmeants

一、fslmaths

fslmaths是一个功能非常强大的图像计算器，可以用来执行各种各样的图像处理。

# Usage: fslmaths [-dt <datatype>] <first_input> [operations and inputs] <output> [-odt <datatype>]

-dt 设置用于计算的数据类型（除double图像外，默认为浮点）。
-odt设置输出的数据类型（默认为浮点）。
可设置的数据类型有：char,short,int,float,double,input
"input "就是输入图像是什么数据类型就是什么类型

Binary operations:
-add : 将图像/数值添加到当前图像中
-sub :从当前图像中减去下面的输入图像/数值
-mul : 用当前图像乘以下面的输入图像/数值
-div : 前图像除以下面的输入图像/数值
-rem : 当前图像除以输入图像/数值并取余数
-mas : 用(输入的图像>0)来掩盖当前的图像
-thr : 用下面的数字作为当前图像的阈值（低于该数字的部分为零）。
-thrp : 使用以下ROBUST RANGE的百分比(0-100)对当前图像进行阈值设置(低于该数字的部分为零)
-thrP : 这个P是大写的，use following percentage (0-100) of ROBUST RANGE of non-zero voxels and threshold below
-uthr : 使用以下数字作为当前图像的阈值上限（超过该数字的部分为零）。
-uthrp : 使用以下ROBUST RANGE的百分比(0-100)对当前图像进行上限值处理(高于该数字的部分为零)
-uthrP : 这个P是大写的，use following percentage (0-100) of ROBUST RANGE of non-zero voxels and threshold above
-max : 取以下输入和当前图像的最大值
-min : 取以下输入和当前图像的最小值
-seed : seed random number generator with following number
-restart : replace the current image with input for future processing operations
-save : save the current working image to the input filename

Basic unary operations：
-exp : 指数
-log：自然对数
-sin : 正弦函数
-cos : 余弦函数
-tan : 正切函数
-asin : 正弦弧函数
-acos : 弧形余弦函数
-atan : 弧正切函数
-sqr : 平方
-sqrt：平方根
-recip : 倒数(1/current image)
-abs：绝对值
-bin : 使用（当前图像>0）进行二值化处理
-binv：二值化和反转（二值化和逻辑反转）。
-fillh : 填补二进制遮罩中的孔洞（孔洞是内部的，即不接触FOV的边缘）。
-fillh26：使用26个connectivity来填充孔。
-index : 用一个唯一的索引号替换每个非零体素
-grid : 添加一个强度为的三维网格，网格间距为。
-edge : 边强度
-tfce : 用TFCE增强，例如： -tfce 2 0.5 6 (