常用软件
chen_amiao
这个作者很懒,什么都没留下…
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samtools命令大全
samtools是一个用于操作sam和bam文件(通常是序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的)的工具合集,包含有许多命令,以下是常用命令的介绍。转载 2016-10-30 22:13:31 · 4334 阅读 · 0 评论 -
Illumina下机数据bcl格式转为fastq
BCL2FASTQIllumina刚下机的数据为bcl格式文件(per-cycle BCL basecall file),但是下游的分析一般都需要fastq格式文件,所以在进行下游分析之前,需要使用CASAVA软甲中的configureBclToFastq.pl将bcl格式的文件根据每个样本之前添加的index分出,并转为fastq格式的文件。原创 2016-10-22 10:12:29 · 19070 阅读 · 1 评论 -
featurecount 实现
featurecount原创 2017-03-02 08:59:51 · 3977 阅读 · 0 评论 -
cufflinks suit
包含的函数 各自的功能 目的 输入 输出 结果的解读 cuffcompare.tracking http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffcompare/ 使用过程中出现的问题 cuffcompare output无 strand记录如何处理已实践过的功能 计算差异 得到新转录本定量 (后接rsem)原创 2017-03-20 16:13:24 · 557 阅读 · 0 评论 -
MEME从安装到使用
一、MEME安装 最新版本的MEME依赖perl 5.10.1版本及以上,所以需要安装perl。 1. 下载perl并安装 download URL 安装follow:tar zxvf perl.tar.gzcd /path/to/your/perl./Configure -des -Dprefix=/path/to/your/perl -Dusethreadsmake ##tak原创 2017-05-10 09:53:55 · 12264 阅读 · 0 评论