基础应用
chen_amiao
这个作者很懒,什么都没留下…
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R basic use —用R管理目录文件 (转自conan大神,纯手打,帮助记忆,可作为索引)
相比于sell,R语言在管理文件与目录方面确实稍显繁琐,不过为了方便直接在R的环境中管理自己的目录与文件,这方面的学习还是必不可少的,这一章可以作为索引,以便需要的时候查找。转载 2016-10-14 20:38:12 · 624 阅读 · 0 评论 -
cufflinks suit
包含的函数 各自的功能 目的 输入 输出 结果的解读 cuffcompare.tracking http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffcompare/ 使用过程中出现的问题 cuffcompare output无 strand记录如何处理已实践过的功能 计算差异 得到新转录本定量 (后接rsem)原创 2017-03-20 16:13:24 · 556 阅读 · 0 评论 -
快速获取多物种间的同源基因
http://www.ensembl.info/blog/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/ follow the tutorial原创 2017-02-23 14:22:25 · 7709 阅读 · 0 评论 -
featurecount 实现
featurecount原创 2017-03-02 08:59:51 · 3973 阅读 · 0 评论 -
快速获取想要的基因序列(批量)+后续blast
total steps of getting fasta file you need & blast原创 2017-02-28 16:11:21 · 7496 阅读 · 0 评论 -
压缩格式 以及 对应解压代码 总结
回头总结 压缩格式 以及对应批量解压代码总结原创 2017-02-08 10:47:04 · 497 阅读 · 0 评论 -
multi-format of sequencing
想总结这个是因为,看到群里有人在问如何将fastq转为sra格式文件。觉得可以写篇博客,后期有时间将各种格式的转换专门放到这篇博客里,慢慢积累。测序数据格式 (找找网上总结好的)如果你是从NCBI上下载的公共数据,则在使用前必须要将sra格式转为fastq,sratoolkit可以完成,代码如下:/public/users/***/software/sratoolkit.2.7.0-centos_原创 2017-02-08 10:25:35 · 402 阅读 · 0 评论 -
R之基本统计分析
此博客主要评述用于生成基本的描述性统计量和推断统计量的R函数。描述性统计分析:关注对连续型变量的中心趋势、变化性和分布形状的分析。 1.用summary()函数来获取描述性统计变量 将得到最小值,最大值,四分位数和数值型变量的均值,以及因子向量和逻辑型向量的频数统计,结合apply()和sapply()函数计算所选择的任一描述性统计量。 扩展: Hmisc包中的describe()函数可返原创 2016-11-13 14:32:26 · 601 阅读 · 0 评论 -
samtools命令大全
samtools是一个用于操作sam和bam文件(通常是序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的)的工具合集,包含有许多命令,以下是常用命令的介绍。转载 2016-10-30 22:13:31 · 4328 阅读 · 0 评论 -
文章标题
R语言实战精髓原创 2016-11-02 23:20:15 · 361 阅读 · 0 评论 -
R中的控制流
R基础应用之控制流语句原创 2016-11-11 21:45:34 · 473 阅读 · 0 评论 -
使用R处理数据难题的一套解决方案
使用R处理数据难题的一套方案原创 2016-11-11 21:04:00 · 672 阅读 · 0 评论 -
MEME从安装到使用
一、MEME安装 最新版本的MEME依赖perl 5.10.1版本及以上,所以需要安装perl。 1. 下载perl并安装 download URL 安装follow:tar zxvf perl.tar.gzcd /path/to/your/perl./Configure -des -Dprefix=/path/to/your/perl -Dusethreadsmake ##tak原创 2017-05-10 09:53:55 · 12239 阅读 · 0 评论