Illumina下机数据bcl格式转为fastq

BCL2FASTQ

Illumina刚下机的数据为bcl格式文件（per-cycle BCL basecall file），但是下游的分析一般都需要fastq格式文件，所以在进行下游分析之前，需要使用CASAVA软甲中的configureBclToFastq.pl将bcl格式的文件根据每个样本之前添加的index分出，并转为fastq格式的文件。在看bcl2fastq的说明文档时，会经常碰到一个词：demultiplexing，指的就是将multiplexed的reads根据index从不同或者同一个lane中分出，生成sample对应的fastq文件，这一步就涉及到输入正确的samplesheet.csv。
所有的步骤只使用一行代码就可以解决，首先贴出代码：

#PBS -N bcl2fastq
#PBS -j oe      
#PBS -l walltime=5000:00:00  
#PBS -l nodes=c15:ppn=10
#PBS -q low 
#PBS -j n
nth=${PBS_NUM_PPN}
outdir=/path/to/personaldir/to/store/fastqfile
indir=/path/