geom_signif 函数自己的错误 ——Warning message:

被两个错误搞了，一天---------以此纪念傻逼的自己，，气死了

第一个很傻逼的错误

**Computation failed in `stat_signif()`:not enough 'y' observations**

这个告诉“Y”那不对，，，，，，，，这个错误最傻逼
这个错误就是找不同，，，，，，
这是我的错误，也许报错相同但是错误不同

compaired <- list(c("A主枝","A侧枝"),
                           c("B主枝","B侧枝"),
                           c("C主枝","C测枝"),
                           c("D主枝","D侧枝"),
                           c("E主枝","E侧枝"),
                           c("F主枝","F侧枝"))

第二个错误

Warning message:Removed 12 rows containing missing values (geom_signif).

我这个错误的原因是y轴的范围写错了，虽然所有y值都在这个范围内，但是当你设置对比时

geom_signif(comparisons = compaired,map_signif_level = T,test =t.test,step_increase = 0.0)

step_increase = 0.0当它不为0时，其也会占据一定y轴范围，所以需要将y扩大

**

第三个-——geom_signif函数不可以直接画柱状图组间差异分析

**
——当然目前的了解是不可以，但愿知道的告知一下，当然如果用函数后添加显著性是可以的，直接画图，好像，，，，，，
所以还是选择了箱线图，也是不错的

**目的：**比较各LABLE下组内的两个数据是否存在显著性差异
附代码

数据的读取

##install.packages("ggplot2")
library("ggplot2")
##install.packages("ggsignif")
library(ggsignif)
##读取数据
data <- read.table("clipboard",sep="\t",header = T,check.names=F)
dim(data)
data[1:5,1:3]

lable分为5类 group分为2类，进行每个A、B、C、D内的差异显著性比较

数据类型的转换

###转化因子
data$group <-factor(data$group,levels = unique(data$group),ordered = T)
data$lable <-factor(data$lable,levels = unique(data$lable),ordered = T)
##转换数值
data$range <- as.numeric(data$range)

进行比较的组的划分

compaired <- list(c("A主枝","A侧枝"),
                  c("B主枝","B侧枝"),
                  c("C主枝","C测枝"),
                  c("D主枝","D侧枝"),
                  c("E主枝","E侧枝"),
                  c("F主枝","F侧枝"))

此处只进行，不同lable下的主枝和测枝的比较

前面加A、B是为了更好的对比

画图

p <- ggplot(data, aes(group, range,fill =lable)) +
      ###设置坐标，和分组
     geom_boxplot(show.legend = FALSE) +
     ###show.legend = FALSE  去除图例
     ylim(10, 40) +        
     ##设置坐标轴Y的范围                                  
     geom_signif(comparisons = compaired,map_signif_level = T,test =t.test,step_increase = 0.0)+
     ##geom_signif标注显著性——具体含义可以百度此函数
      ## wilcox.test——两种T测验根据正太检验决定
     theme_classic()+                                                                         
     theme(axis.text.x=element_text(angle = 0,vjust =0.5,size=10.5),axis.text.y=element_text(size=10.5))+
     theme(axis.title.x =element_text(size=10.5), axis.title.y=element_text(size=10.5))
     ###设置刻度和标签字体等
p

###由于图有用——sorry

————今天是见证自己极度不细心的一天，啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊