MRI图像预处理流程

最近在学习医学影像处理，主要是基于sMRI，记录一下一些预处理过程，希望对一些人有帮助。

首先是ACPC校准：

前连合(anterior commissure, AC)后缘中点 至 后连合(posterior commissure, PC)前缘中点 的连线，又称AC-PC线。脑立体定向手术和X-刀、Y-刀治疗多以此线为准，故脑立体定位断层解剖研究多以此线为基线。

选用的MATLAB下的SPM12工具，在网上找的批处理代码：参考文章——ACPC

看一下效果，原图为：

ACPC校准：

接下来应该是进行颅骨剥离，但这里我在这一步之前进行了一次配准，模板选择的是Colin27模板，在mricron软件的模板文件夹里就有，名字叫ch2.nii.gz，分为未剥离颅骨和剥离颅骨版本。

配准还是使用MATLAB的扩展包SPM，在选择fMRI按钮后，按下面步骤：

完成后点击左上角的小三角就会自动开始配准。看一下配准之后的效果：

之后就是进行颅骨剥离，环境是Ubuntu下使用FSL包，进行bet操作，有GUI界面进行操作，这里放出批处理的代码帮助有需要批处理的人，批处理需要先进到自己放数据的文件夹下：

for i in *;do bet $i bet_$i -f 0.5 -g 0;done

FLIRT操作的批处理同理，我这里是建立一个New文件夹存放FLIRT后的数据：

for i in *;do flirt -in $i -ref /usr/local/fsl/data/standard/ch2bet -out New/flirt_$i -omat New/$i.mat;done

记住在对应文件夹放入配准的模板，我这里是ch2bet.nii。

看一下BET和FLIRT操作对应的效果：

 

这就是目前我进行的预处理流程，感觉还差一点的就是偏置场的矫正，本来想用ANTs，但无奈我的虚拟机一直安装不上，先搁置。

希望本篇文章对你有所帮助！！！如果有问题评论留言。

全文完。