使用DFT/MM分子动力学模拟研究PET降解酶反应机制

Reaction Mechanism of the PET Degrading Enzyme PETase Studied with DFT/MM Molecular Dynamics Simulations

Abstract

• 研究背景：
  • PET广泛用于日常生活，导致废弃物的处理
  • PETase可以将PET水解成单体，开辟了PET生物回收的路径
• 研究内容：
  • 在PBE/MM水平上构建了一个较大的QM区域，描述了原子、热动力学对PETase酶的机理描述
• 研究结论：
  • 两个阶段：酰化和去酰化，每一个阶段经过单独、联合、协调和异步
  • 酰化过程包含质子转移，亲核攻击，四面体过渡态，最后导致MHET的释放
  • 去酰化：活性位点的去质子化，羟基攻击和醚键断裂
  • 限速步骤酰化的自由能势垒是20kcalmol-1, 实验计算18.0-18.7
  • 鉴定变化可能增加酶周转的残基：f Asp83, Asp89, and Asp157等残基可能会降低限速步骤的能垒

Table of figure

Scheme 1 PET合成步骤

Scheme 2 PET降解步骤

Fig.1 PETase结构

Scheme 3 PETase反应机理

Fig.2 模拟采用的系统，右侧代表了QM区域

Table 1 反应物，过渡态，和中间产物的平均距离和角度

Fig.3 酰化过程

Fig.4 去酰化过程

Fig.5 酶催化的限速步骤包括一个系统的实质性转化步骤

Fig.6 残基作用

Insight

酶催化机理包含哪些方面：
（1）步骤：酰化和去酰化
（2）过程定性描述：活性位点，过渡态，去质子化，核攻击
（3）定量描述：能垒、限速步骤