lammps分子动力学实战视频

2- 分子模拟软件和模拟步骤

2.1 Lammps特点：

• 多尺度、集成很多、适合物化过程
• NAMD和VMD结合可以对轨迹、大体系很适合

2.2 分子动力学学习

• 了解基础
• 基本流程
• 手册
• FAQ论坛

2.3 分子动力学的一般步骤

• 确定好初始条件后，使体系初始状态能量最小化，使其初始状态达到平衡状态；接着确定好势函数参数
• 预处理：使体系到达预期温度以后的稳态之后，也就是弛豫（使温度达到预期温度后转成NPT，减少热力学量的涨落，使温度更容易达到目标的压强和温度），才能开始抽样
• 抽样：既是统计平均，进行足够长时间的模拟，计算相关物理量。要抽样够足够的样品点，一般大于5000个点；要计算关联函数，能表征弛豫时间，抽样的点要跨越100t的时间间隔，就是不在关联时间才能计算体系的量
• 结果分析和评估

3 lammps简介

3.1 特点：

• 建模比较弱小
• 后期数据处理 pizza软件包可以处理数据
• 可扩展性好，稍微懂C语言比较好

3.2 如何学习？

• 概览手册，并大概了解框架。重点1.2，有哪些特点，可以做哪些研究对象（全原子，粗粒度，联合力场），哪些力场，系综
• 需要时直接查询
• in文件格式：直接找例子上手
• 命令主要分四类：
  • 初始化：单位，维度，边界，原子类型，相互作用（看参考文献，看lammps里支持吗）
  • 建模：data格式
  • 设定：势函数参数，建立邻近列表，时间步长和设定，能量最小化
  • 计算方法：
  • 输入输出设定：
• 补充基础知识，不断积累经验

3.3 手册

• 可以处理的对象
• 处理的势函数类型
• 系综（主要是fix命令）
• 诊断方法
• 断点处理

4 案例讲解

4.1 建议

• 不要自己想当然写
• 用小系统测试
• 看命令和看手册要连贯看，看how to discussion
• 多看别人写的例子，先follow别人的文章（介绍方法比较详细）

4.2 复刻文献基本信息

• 聚合物N=20/ -e
• 反离子 Nc=Np/

4.3 in 文件撰写

• 软件：Ultra data
• 第一步注释 in文件目标

# BD simulation of polyelectrolyto polymer in counterion ion
echo screen # 调试，往in文件和屏幕输出到log文件中
# 初始化-物理模型
units 		lj #用相关领域的单位
dimension 	3 #定义维度，要在定义盒子之前定义
newton 		on #可写可不写，如果体系很大结构复杂，体系通讯不是很迅速，可以关掉
boundary 	p p p #边界条件
atom_style 	full #原子类型 不同类型的原子需要下载相应的包，要仔细阅读手册，在建模前用

# 初始化-相互作用 成键相互作用和非成键相互作用
bond_type    harmonic
angle_style  harmonic
pair_style   lj/cut/coul/long 10.0 8.0

# 建模，把data文件中的分子信息读入；如果系统很大，先做小系统进入平衡态以后再replicate
read_data #data文件要严格按照例子来写，依次写好各种大致介绍、原子信息，键长信息、键角信息

# 相互作用参数
bond_coeff    1 5000.0 1.0
angle_coeff   1 300.0  180
pair_coeff    1 1 1.0 1.0 # 原子 参数 截断距离
pair_coeff 	  1 2  1.0 0.8 0.898
pair_coeff 	  2 2  1.0 0.6 0.673
pair_modify   shift yes   #保证截断点的力为0
#库仑力一般用pppm算法
kspace_style  pppm 1.0e-4
kspace_modify order

#开始计算
# 体系能量最小化，保证初始构型达到合理构象，排除非常不合理的初始构象，使求导得到的力非常大；跑完之后一定要测试一下初始结构
dump           1 all atom 2 dump.lammpstrij #输出能量最小化的轨迹， 第一个参数是ID，输出类型，几步，输出文件名
min_style      cg                         #一般默认就可以，共轭梯度下降法
minimize	   1.0e-4 1.0e-6 10000 100000 #不支持刚体结构，有很多方式可以选择,跑完之后得到初始结构以后再跑一遍 
# 除了能量最小化得到初始构象，命令在pair_style soft
# 1. 把相互作用是改成软势,直接跑分子动力学
# 2. fix nve/limit 0.1 

# 写fix语句，实现分子动力学模拟-郎之万动力学
neighbor        0.3bin   #要保证邻近列表的r为r+0.3bin，只要没跑到这个距离外就不用更新类别
# 朗之王是NVT系综
velocity all create 1.2 4928459 dist gaussian #通过随机粒子速度，使温度达到目标温度1.2
fix 10 all nve #nve其实就是用力和势函数不断的去更新粒子的位置
fix 20 all langevin 1.2 1.2 1000.0 0.699411 zero yes#增加两个额外力，实现langevin动力学控温 zero yes保证动量不漂移
thermo           1000#输出热力学信息
#弛豫和跑平衡，使初始构型达到平衡态，然后取样计算热力学量，进行收集
# 弛豫过程 做热力学平衡态模拟之前，需要先使初始构型达到平衡态，这个过程就称之为弛豫；达到平衡态以后再收集数据.如何确定平衡态呢？找一个特征物理量来标定（一般是rg）
dump   1 all atom 1000 dump.lammpstrj         
run    10000000
# data collection 收集数据点跨越的时间最好跨越1000个tau,tau是弛豫时间
undump  1
dump    2 all custiom 1000 dump.lammpstrj  id
run     10000000000 

5 如何学习lammps

5.1 整体流程

5.5.1 建模

• 研究对象
• 体系组成
• 边界条件
• 维度
• 单位
• 相互作用
• data文件一定要认真检查，并做能量最小化，把overlap的原子排开

5.5.2 系综

• 先NVT，把温度达到目标温度
• 再控制压强使其达到平衡态

5.2 命令分类

• 建模
• 相互作用（pair bond angle 二面角）势函数形式、参数设置 搞懂自己领域即可
• fix（用什么方法实现温度和压力控制）
• compute（计算输出结果，建议自己敲代码算）
• 输出（热力学，x,v）

建模、相互作用、输出会用即可
fix要学理解算法，源代码

5.3 学习重点

• 搞清楚研究体系的模型，要去理解如何操作模型，理解分子原子之间的拓扑结构，去了解背后的有机或无机知识
• 认真读in文件，知道每一条命令的作用，为什么设置参数，去看手册，如果换成我我怎么做
• 拿小系统做测试是十分必要的

6.如何处理错误

6.1 特别难的问题

• 官网 mail list 搜索之前的问题

6.2 出现错误

• 官网手册 Errors部分 有常规问题，可以直接搜索，或者再看一下手册中这个命令
• 根据警告信息和log文件中的信息，自己先排错
• 关注能量和温度涨落，如果变化太大，可能是初始结构不好或者步长太大
• 在论坛和官网邮箱提问

7. 结构数据分析

7.1 RDF

7.2 近邻数

7.3 序参量

7.4 Rg A

8 reax反应力场

8.1 包的安装和工具介绍

cd lmps/src #反应力场的安装包
make package-status #反应力场安装包分Reax 和USER-Reax
cd USER-REAXC/
less README #看反应力场介绍
cd tools/ #tools里可以分析reax键的工具
cd lib/ #看怎么安装库，一般是 make -f Makefile.gfortran 对lib进行编译
make yes-USER-REAXC #安装反应力场库
cd examples #可以看粒子里面的in和data文件