R语言中使用UpSet包绘制多集合Venn图

集合的交集一帮采用Venn图进行展示，但当集合数目超过3时，使用Venn图直接展示会显得比较杂乱，我们倾向于使用UpSet展示。 这里，我们介绍UpSet的概念，并展示如何使用UpSet package绘制图.

Venn图绘制

直接在Rstudio窗口显示：

library(VennDiagram)
library(RColorBrewer)
grid.newpage()
venn_plot <- venn.diagram(
        x = list(smps_clin,smps_mrna,smps_mirna,smps_cnv,smps_meth_cg),
        category.name=c('clin','mrna','mirna','cnv','meth_cg'),
        filename = NULL,
)
grid.draw(venn_plot)

UpSet 元素解读

三个条形图表示A，B，C三个集合大小；第一行三个空白⚪表示不存在与A，B, C三个集合的元素，第2-4行表示仅存在于其中一个集合的元素，以此类推. 如下所示

UpSet 包使用

UpSet提供两个转换函数fromList and fromExpression用于格式化数据

• fromList接受一个命名list，每个元素表示一个集合.

listInput <- list(
        one = c(1, 2, 3, 5, 7