R语言如何绘制Upset图（8）

1.什么是Upset图？

对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的。但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解读出想要的信息了。即便你把它画的很美观，但还是很难直观找到自己需要的信息。可视化的目的不是炫技，而是快速理解数据。而且韦恩图最大只支持7个数据集合。于是这时候就能体会出upset图的优势了。

2.绘图前的数据准备

​ demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/Venn/Venn.rar下载。

该模块支持2种数据格式，下面是详细介绍

2.1 Upset图常用数据格式

第一行为组名，必须要有，会出现在图中。每一列都是一个分组。

​

2.2 定量矩阵表格式

每行是一个基因，每列是个样本。行名和列名都要有，数值是定量值。

3. R语言怎么画Upset图

# 加载R包，没有安装请先安装  install.packages("包名") 
library(UpSetR)         #Upset图（upset 包，适用样本数 2-7）
library(VennDiagram) 

# 读取数据文件
upset_dat <- read.delim('https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/Venn/flower.txt')                      # 这里读取了网络上的demo数据，将此处换成你自己电脑里的文件
upset_list <- list(upset_dat[,1], upset_dat[,2], upset_dat[,3], upset_dat[,4], upset_dat[,5], upset_dat[,6], upset_dat[,7])   # 制作Upset图搜所需要的列表文件
names(upset_list) <- colnames(upset_dat[1:7])    # 把列名赋值给列表的key值

#作图
upset(fromList(upset_list),  # fromList一个函数，用于将列表转换为与UpSetR兼容的数据形式。
      nsets = 100,     # 绘制的最大集合个数
      nintersects = 40, #绘制的最大交集个数，NA则全部绘制
      order.by = "freq", # 矩阵中的交点是如何排列的。 "freq"根据交集个数排序，"degree"根据集合的大小排序。
      keep.order = F, # 保持设置与使用sets参数输入的顺序一致。默认值是FALSE
      mb.ratio = c(0.6,0.4),   # 左侧和上方条形图的比例关系
      text.scale = 2 # 文字标签的大小
      )


# 更多参数 ?upset查看

# 查看交集详情,并导出结果
inter <- get.venn.partitions(upset_list)
for (i in 1:nrow(inter)) inter[i,'values'] <- paste(inter[[i,'..values..']], collapse = '|')
inter <- subset(inter, select = -..values.. )
inter <- subset(inter, select = -..set.. )
write.table(inter, "result.csv", row.names = FALSE, sep = ',', quote = FALSE)

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