单细胞数据分析笔记整理

10X, smart-seq中count, tpm等区别联系

细节参看

关于单细胞TPM、Count数据的处理:https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/125730805
10X基于droplet的方法进行测序，smartseq2基于96孔板，二者都属于二代测序，也就是边扩增边测序。
10X: 以10X的3’端测序为例，磁珠上有很多短序列（它们的cellular barcode是一样的，UMI各不相同），在PolyT结合mRNA的3’端PolyA之后，尽管转录本有长有短，但因为测序序列长度有所限制，这些转录本分子会在靠近3’端的地方随机打断（只留下最靠边的序列），所以10X的又叫做3’测序，UMI-based，测序深度较低，每个细胞只有一部分基因可以被探测到，但UMI的计数被认为是基因表达水平的直接体现。所以表达定量的多少和基因长度关系不大。另外，UMI的作用是消除PCR的扩增影响，只要是来源于一个转录本，不管扩增多少次，最后定量值只会加1。

传统二代测序/bulk测序：一个完整的转录本分子会被随机打断，转录本越长࿰