clancy_wu的博客

The R package ‘brainGraph’ is much convenient to compute graph indicators than GRETNA, but no one compare the results between them.Here is the comparison test between them, and the results show that their computations are equal.(1) Density in brainGraph =

对于任务态数据，一般常规用SPM12软件去拟合计算。而nilearn中也有GLM和first level model。于是我对比了下两者计算的结果。

具体包括画出病灶，生成二值mask，然后使用命令 (fslswapdim LV_R -x y z LV_L，注意-x代表在x上翻转)翻转二值mask，就得到了对侧legion mask，然后把对侧图象剪切下来再翻转回来，这就是同源信号。然后将根据修复的T1到MNI152的转换矩阵，将legion mask 转换到MNI空间，要注意，这里转化的时候选择邻近值插入，而不是差值/线性插入。第二是把仅仅把病灶翻转，即把对侧正常组织映射到病灶处，然后扣掉对侧正常组织，也就是说仅病灶翻转，全部脑组织不翻转。

介绍图论中的GLM模型

Diffusion weighted 学习笔记

之前分析皮层数据，基于freesurferformats构建了一套自己的脚本，后来偶然间发现了fsbrain，把这些都封装好了，并且还包括可视化。因此，就抽空来学习学习。

假设我们有一个p长度的时间序列，横跨N个被试。在不丧失一般性的情况下（without loss of generality），假设所有被试的边缘的时间序列都被减少了（the marginal time series across all subjects have been detrended）。为了估计FC强度，我们计算了所有被试每个ROI边缘时间序列的样本相关性，这样的话，每个被试就有q=p(p−1)/2q=p(p-1)/2q=p(p−1)/2。

功能像的学习已经差不多了，对功能连接、图论、机器学习方面的知识感觉已经掌握的差不多了，这段时间准备把DTI像给捡起来学习学习。图片引用自FSL官网学习DTI，不能逾越的软件当推FSL，我的学习笔记及部分博文图片也来自于FSL官网教程，仅供学习谈论。概述分析DTI像，主要就是集中于构建白质纤维束，要理解白质纤维束的构建过程，追源溯流，最开始的理论起源于分子的布朗运动。大家都知道，分子处于不断的随机运动中，这种运动被称为布朗运动，也讲作弥散（diffussion）。Diffusion = t

introduce the first level analysis and second level analysis in GLM (genereal linear model )

NBR：Network-Based R-Statistics using Mixed Effects Models基于Zalesky在2010年发表的文献，文献地址：doi:10.1016/j.neuroimage.2010.06.041NBR一共包括6个函数，如下：frontal2D是一个预设的数据集，如下：

USAGE: make_average_surfaceRequired Arguments–subjects … : or declare subjects in SUBJECTS env var–fsgd fsgdfile : get subject list from fsgdOptional Arguments–out : default name is ‘average’–sdir <SUBJECTS_DIR to use instead of the one in

皮层地图常见的就是fsaverage系列，这个系列包含好多个版本，他们的区别如下：‘fsaverage3’：低分辨率 fsaverage3 网格（642 个节点）‘fsaverage4’：低分辨率 fsaverage4 网格（2562 个节点）‘fsaverage5’：低分辨率 fsaverage5 网格（10242 个节点）‘fsaverage6’：中等分辨率的 fsaverage6 网格（40962 个节点）“fsaverage7”：高分辨率 fsaverage7 网格（163842 个节点

总的来说，做完DPABISurf，就会生成一堆文件夹，然后开始做统计。做统计需要选择ResultsS下的文件，S是平滑，这样更容易出结果，smooth kernel是[6 6 6]。选择ResutlsS -》 AnatSurfLH -》Thickness -》 fsaverage下的XXthickness.gii文件，进行皮层厚度的对比。AnatSurf是结构像皮层，fsaverage是结构像皮层空间的标准坐标，而功能空间就需要fsaverage5这个标准坐标。也可以选择ResultsS -》

Volume空间的功能连接基本都明白了。ROI to brain定义一个ROI，做它与全脑的功能连接，那么取这个ROI的时间序列平均值，然后把这个平均值和全脑 体素做FC，这个ROI的值是1，其他体素的值就是相关性系数的值。这样我们就得到了全脑的R值。统计的时候，把多个被试的全脑R值放进去，两组进行对比，每个体素的R值就会有多个被试那么多，所以经过统计，就能得到每个体素的t值。如下图：（未完待续）ROI与ROI的对比就更简单了。取ROI_1的平均时间序列，取ROI_2的平均时间序列，把他们进行

前面学习完带ROI的mask的预测（入门教程），以及group mask的预测（anova-SVM），把这些前置内容融汇贯通后，就可以开始看我下面的个人理解了。首先回顾下前面的内容：对于机器学习的基础：机器学习，说白了，就是用模型去拟合X和Y。作为医学生，我们没必要去弄明白这些模型内部的实现原理，只需要记住分类和回归中，最经典的几个模型，反正有skitlearn，API全部统一太方便了。因此，机器学习就是沟通X和Y的桥梁，这么去理解。Y好说，要么是离散数据，比如脸、猫，用来分类；要么是连续数据，比如1，

上次介绍了有mask的nilearn计算方法。独特的mask（或者又称为ROI，种子点）是论文的亮点，但是其实有一半的情况下，尤其是对我们学生来说，没有充足的文献积累和前瞻，只是为了能发文章毕业，因此这种时候不要mask的anova-SVM方法更适合些。方法原理官方解释：如果我们不从相关区域的掩码开始，就会有大量的体素，并不是所有的体素都对人脸与猫的预测有用。因此，我们添加了一个特征选择程序。这个想法是通过一个简单的基于 F 分数的特征选择（又名 Anova）来选择与任务最相关的k% 体素。介绍如下

在这里记录下我的台式机跑DPABISurf做功能脑网络分析的流程。cpu：i7-11700k，内存：64g，平台：Linux20.04LSTDPABIV6.0_210501，DPABISurf1.6这次跑的数据不多，20个被试。一、运行时间开始时间：2021年10月10日16点46分结束时间：2021年10月11日，23点59分运行选项：DPABISurf Pipeline默认的所有参数，包括数据预处理，alff，reho，dc等等，没有Functional Connectivity。

我们常规扫描完核磁，会有T1像，西门子3.0扫描仪的T1像是176个dicom文件，用MRIcron进行格式转换后，会生成2个nii文件，一个是t1_mpr_ns_sagxx.nii，和t1_mpr_ns_sag_Cropxx.nii。第一个文件 t1_mpr_ns_sagxx.nii，是头颈部全部都有的图像。第二个文件 t1_mpr_ns_sagxx_Cropxx.nii，是把颈部给去掉啊，以枕骨大孔为界，只剩头颅。...

1.如何处理对比全局指标？2.如何处理局部节点指标？检验方法T检验—参数检验置换检验—非参数检验，多重校正方法FWETFCEFDRBonferroni多重校正可以用于参数或者非参数检验，没有明确要求。大样本严格计算推荐使用置换检验的TFCE法。3.如何处理inf和0?一般不会有inf或者0，建议重新检查原始数据，有没有肿瘤，或者图片糊了，或者什么原因导致信号丢失。推荐丢弃被试，或者把inf变成0.4.正则化选择标准化还是最大

matlab 运行报错含有 file2mat 字样原因：matlab的路径设置有错误。点开matlab的设置路径，要满足以下条件：删除掉REST文件夹，SPM需要添加文件夹（非文件夹及子文件夹），DPABISurf需要添加文件夹及子文件夹。2.matlab 运行报错 error detected during running fmriprep, please check !原因：docker没有打开或者image文件未正常运行。3.matlab报错字样 copyfile …error原因：do.

ubuntu最近更新到了20.04长期版，挺感兴趣，就自己重装了这个系统，然后安装了MRtrix3，准备研究下这个软件，下面把安装过程及我遇到的坑讲述一下，提供参考。我的系统：双系统，其中ubuntu 20.04，电脑型号：联想Y7000P先说下ubuntu的安装，我的电脑有独显，所以安装ubuntu的过程不太顺利，因为Linux与N卡有冲突。坑：用U盘作引导安装，刚开始就碰到了进不去安装界面，一直处于花屏状态，解决方法是：重启，在grub界面（就是开机的引导界面）用小键盘的箭头选择ubuntu，然后

富人俱乐部表示一些少数的重要节点（hub，又称枢纽）相互之间表现出更强更紧密的连接，并且构成1个结构核心和功能枢纽。之前对这个总是不理解，看定义也是说from 1 to node-1，当我用48个节点算出来47个系数时，问题来了，这47个混合着数字和NaN的是呈啥意思，是什么连接什么，代表什么，没搞清楚。一直在知网和PubMed上寻找答案，当看到rich-club的公式时，我才有点恍然大悟的感...

度的分布（degree distribution）：反映网络容易受到侵犯的特征之一。具有幂律度分布（power-law degree distribution）的复杂网络对逐渐随机恶化具有弹性，但容易受到高度中心节点的中断。既往研究显示一些网络具有局部行为类似幂律度分布，这被认为是弹性的有效标记。分类系数（assortativity coefficient）：是连接（link）两端的所有节点的度...

现阶段主攻脑结构网络的研究，最近买了一本《introduction to graph theory》，准备系统了解下图论理论，进行个扫盲。感觉还缺本《fundamentals of brain network analysis》，目前还在寻找资源中，预计近期可以搞到电子版。在这里记录下现阶段我理解的网络拓扑属性的含义：1、链接的性质：链接有二进制链接和加权链接，前者表示连接的有或无，后者表示...

这两天在学习上遇到了瓶颈，不论是学习，还是科研，还是生活，都进入了停滞不前的地步，所以趁着马上元旦了，停下来好好反思下自己，也对明年的生活规划下。今年算是一个急速蜕变的一年。仍记得年初的时候，还幼稚不堪，生活除了规培、看医学书，就没有了其他。总觉得有点空虚。后来在沛姐的提醒下，找师兄说想和他学习科研，即核磁分析技术，当时还有一番心理思想争斗，因为自己的旧笔记本cpu落伍了，需要配台新电脑，又不好...

结构像的template：1、jh 182×218×182 90，125，712、ixi_aging_template 老化，未用3、ixi_orient_template 128×128×128 1.42 1.7 1.42 0，0，04、IIT_mean_tensor_256 256×256×256 ...

I take notes of steps of the network analysis of DTI data in here for myself , and hope you will get something from here .一. Preprocing_DTIdataPreparing the data,which format is IMA and the file n...

follow this step to install freesurfer .firstuntar the file ‘freesurfer-Linux-centos64…tar.gz’than copy to the directory you want .sudo cp -r /home/clancy/Downloads/freesurfer-Linux-centos64.../fr...

这里纯属记录代码，该文章来源于其他博主。1，创建挂载文件sudo mkdir /home/clancy/Downloads/matlab进入文件目录cd /home/clancy/Downloads/matlab-linux/开始挂载sudo mount -o loop R2018a_glnxa64_dvd1.iso /home/clancy/Downloads/matlab/...

上一篇写的计算FA值，有点错误，校正的步骤不对。最近听师兄的意见，用dtitk计算每个被试的tensor，然后可以计算出每一个病人的FA，再带入tbss第三步统计计算。在用dtitk的过程中，涉及到用matlab调用load_untouch_nii函数，而这个函数属于AFNI的，所以今天搞定了AFNI的安装，记录一笔。声明：以下步骤均来自AFNI官网，建议大家直接去AFNI官网看安装步骤，h...

sudo apt-get install mricron哎，最近的进展很不顺利，用tbss，用dtitk，都遇到一些障碍。更甚者按照官网的教程，解压压缩包mricron，都打不开mricron，感觉我都要崩溃了。不知道什么原因，最近运气极差，数据在手，还没算出来，原计划这个数据至少得十月底算出来，然后十一月份写文章，现在估计要延后。很烦躁，很焦虑，每天都焦虑。想说一点，网上非官网，真的...

一、安装下载dtitk的安装包解压，然后重命名为dtitk，并移动至/usr/local/然后设置路径，打开bash，输入：export DTITK_ROOT=/usr/local/dtitkexport PATH=${PATH}:${DTITK_ROOT}/bin:${DTITK_ROOT}/utilities:${DTITK_ROOT}/scripts然后重新打开终端，输入wh...

今天分享linux下安装 网易云音乐+FLASH。最近刚转到linux，用的是ubantu，感觉到与win有很大的不同。因为现在要学习fMRI，所以要让自己习惯linux，今天先实现在linux下听音乐和看B站。我的版本是ubantu19.0，与网上一些教程有点点不一样。以下转载自知乎专栏 Linux漫游之旅一、安装网易云在foxfire百度搜索网易云音乐，点linux版本压缩包，点...

两天以安装软件为主。今天是ubuntu19.04下安装freesurfer申明：我自己也是刚入这个领域，我的经验都是在网上搜的，我只是把我的过程记录下来，我自己是小白，我都能安装成功，所以你们肯定行，我会列出我自己踩过的坑。但是，以下知识点属于网上别人的，不属于我的，我只是在别人的基础上加了点自己的经验，且禁止用于商业途径。一、下载安装包搜索freesurfer，去官网下载linux版本...

最近每天都在勤奋的敲代码。。。。慢慢的常用的linux command也背熟了。。。昨晚弄好来SPM、DPABI，最后再来一个AFNI，就基本结束了第一个阶段（软件熟悉与安装），下一个阶段就是看这几个软件的manual，以及网上别人的学习心得，整理整理。有感兴趣的同学可以关注我，我绝对是事无巨细的把每一步都写上了。我这是针对没有任何基础的跟我一样的刚进这个领域的临床医学生，高手可以忽略。以...

fMRI主要用于研究脑的功能。全程：functional magnetic resonance imaging原理：基于神经元功能活动对局部氧耗量和脑血流影响程度不匹配所导致的局部磁场性质变化的原理。总结，就是rest状态下，局部氧耗量（含氧血红蛋白变成脱氧血红蛋白的过程）与脑血流作为磁场信号基线，当tesk状态下，两者信号差变大，就形成了fMRI，而差值变大的原因就是脑神经元耗氧量明显增加...

现在欢迎使用Markdown编辑器你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。新的改变我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你用它写博客：全新的界面设计 ，将会带来全新的...