走进脑计划（四）：linux下安装SPM、DPABI

最近每天都在勤奋的敲代码。。。。慢慢的常用的linux command也背熟了。。。昨晚弄好来SPM、DPABI，最后再来一个AFNI，就基本结束了第一个阶段（软件熟悉与安装），下一个阶段就是看这几个软件的manual，以及网上别人的学习心得，整理整理。

有感兴趣的同学可以关注我，我绝对是事无巨细的把每一步都写上了。我这是针对没有任何基础的跟我一样的刚进这个领域的临床医学生，高手可以忽略。

以下安装，系统是linux ubuntu19.04

SPM12的安装

之前我在windows10下用SPM12简单的跑过几个被试，自我感觉windows下比较简单，容易理解。现在转到了linux，发现其实也很简单，非常基础，过程如下：
1、下载SPM12安装包
我的百度网盘有SPM12，但是我懒得分享地址了，我就教大家怎么下载，推荐用window下载，再用U盘拷贝到linux下（没错，拥有2台电脑，没有用虚拟机的人就是我，就喜欢原汁原味的感觉），因为window有一些好用的下载软件，过程不容易断，如果你直接用linux进行网页下载也可以，完全没问题，这个点就不啰嗦了。
百度搜SPM，进官网，downloads压缩包，应该是zip后缀。
2、开始安装
进入压缩包的位置，然后把文件解压到matlab的toolbox里。因为我是下载到了Downloads文件夹，而且我的压缩包是SPM12，所以我输入的是：

cd Downloads
sudo unzip SPM12 -d /usr/local/MATLAB/R2018a/toolbox/spm12

（PS：注意你自己的压缩包的名字的大小写）
配置环境：

sudo gedit /etc/bash.bashrc

输入：

#SPM
export SPM_PATH=/usr/localMATLAB/R2018a/toolbox/spm12

然后save，关闭。
然后打开matlab，因为我没弄桌面图形，所以我是敲代码打开matlab（就是我懒）。
你可以打开新的终端，输入：

/usr/local/MATLAB/R2018a/bin/matlab

在出来的界面，上面中间偏右处，点 set path , 点 add with subfolders ,然后自己点开添加toolbox下的spm12文件夹进去，文件夹在/usr/local/MATLAB/R2018a/toolbox里。
这里它warning我permission denied，我想是我的权限不够，点否，不保存操作，关闭matlab。先重新打开终端，进入root权限，可以输入:su root 可以输入:su clancy
我的用户名是clancy，你需要换成你自己的用户名。不懂的小白就直接学我，输入：

sudo -s

然后输入登录密码，就会看到平常输命令的$变成了#，就说明进入了root模式，再重新打开matlab，然后再在set path里添加spm12文件夹，过程如上，我就不赘述了。

DPABI的安装
DPABI的安装与SPM一模一样，因为都是matlab下的工具，都是windows和linux同用，会了SPM，就可以忽略这部分了，实在是不会的同学，就可以继续看我这部分。
百度搜DPABI，进官网，下载压缩包，我的包是DPABI_V4.0_190305
解压到toolbox

sudo unzip DPABI_V4.0_190305 /home/clancy/Downloads -d /usr/local/MATLAB/R2018a/toolbox

Tips：输入DPABI，再按tab，会自动补充完文件名，很方便，强烈建议学会。另外记得别直接复制代码，把里面的一些东西换成自己的。最好自己敲，边敲边理解。
配置环境

sudo gedit /etc/bash.bashrc

输入

#DPABI
export DPABI_PATH=/usr/local/MATLAB/R2018a/toolbox/DPABI_V4.0_190305

然后进入root权限，打开matlab，点set path添加DPABI文件夹就行了。

按这么走下来是完全可以运行的，如果报错，看看报错的说明，如果是文件夹没有，自己打开路径看看，然后改成自己的正确的文件名。

完结

本来昨晚还计划安好AFNI的， 也很简单，但是昨晚校园网爆炸了，下载1GB的AFNI压缩包，速度5kb每秒，崩溃到不行，换用windows下也是20kb，哎，等我下好了压缩包，安装好了，明天再写AFNI。其实AFNI的官网有教你ubuntu18以上版本的安装过程，建议自己看，我也只是转达人家的意思，自己去看官网更原汁原味一点。
下一阶段就是学习软件用法，看视频，看manual，再practice，try to realize each step。希望自己能一年搞定熟练，然后安全毕业，搞个优秀毕业论文。在陌生的网络里，给自己加油打气。