R语言GO富集分析报错求助

在R Studio中运行GO富集分析代码时遇到错误:Term similarity matrix not available. 更新R包后问题依旧。代码段涉及enrichGO函数,出现错误的位置包括barplot、bubble图、circos图及Enrichment Map的绘制。寻求解决此问题的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R studio运行别人共享的关于差异基因GO富集分析作图的代码,报错如图。检索网页后未找到解决办法,更新R包到最新版后依然报错。请前辈们支招,谢谢!

报错:

Error in has_pairsim(x) : 
  Term similarity matrix not available. Please use pairwise_termsim function to deal with the results of enrichment analysis.

出错部分:

> for(i in c("BP","CC","MF")){
+     #GO???????
+     kk=enrichGO(gene = gene,OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff =1, qvalueCutoff = 1, ont=i, readable =T)
+     GO=as.data.frame(kk)
+     GO=GO[(GO$pvalue<pvalueFilter & GO$qvalue<qvalueFilter),]
+     write.table(GO,file=paste0(i,".txt"),sep="\t",quote=F,row.names = F)                 #???渻????
+     showNum=30
+     if(nrow(GO)<30){
+         showNum=nrow(GO)
+     }
&

  • 0
    点赞
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
你可以使用R语言中的GOplot包来进行富集分析气泡图的绘制。GOplot是一个用于绘制基因本体富集分析结果的R包,可以根据富集分析的结果生成气泡图。 下面是一个使用GOplot包绘制富集分析气泡图的示例代码: 首先,确保已经安装了GOplot包和其他所需的依赖包: ```R install.packages("GOplot") install.packages("ggplot2") install.packages("dplyr") ``` 接下来,加载所需的包: ```R library(GOplot) library(ggplot2) library(dplyr) ``` 然后,准备富集分析结果数据。假设你已经进行了基因本体富集分析,并获得了如下的结果数据: ```R # 示例富集分析结果数据 enrichment_results <- data.frame( GO_term = c("GO:0006954", "GO:0008150", "GO:0003674"), Description = c("Inflammatory response", "Biological process", "Molecular function"), p_value = c(0.001, 0.005, 0.01), gene_count = c(100, 200, 150), query_count = c(500, 500, 500) ) ``` 接下来,使用GOplot包中的`plotGOBubble`函数绘制气泡图: ```R # 绘制气泡图 plotGOBubble( enrichment_results, col = "p_value", size = "gene_count", title = "GO Enrichment Analysis Bubble Plot", x = "Description", y = "GO_term", shading = "p_value", x_text_size = 4, y_text_size = 4, text_color = "black", text_col = "black" ) ``` 这段代码将根据富集分析结果数据绘制出气泡图,气泡的大小表示基因数量,颜色表示显著性水平。 请注意,这只是一个示例代码,你需要根据你自己的富集分析结果数据进行相应的调整。另外,你可能还需要调整气泡图的样式和其他参数,以满足你的需求。
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值