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大概是因为KEGG数据库更新了,因此clusterProfiler也要使用最新版本的(4.6.2)
对于更新包呢,试了一些方法,未果,因此直接去Bioconductor - clusterProfiler下载打包好的
选择的是source包:
使用 R CMD INSTALL clusterProfiler_4.6.2.tar.gz
进行安装
当然,会提示你依赖的一些包也需要更新,于是乎用同样的方法安装了 DOSE_3.24.2
、HDO.db_0.99.1
、GOSemSim_2.24.0
。
其中GOSemSim_2.24.0
用source包还报错了。。。于是乎选择了windows binary包直接解压到R library(.libPaths()
)里即可:
或许以上包都可以用这种binary包直接安装
安装好依赖包后,再安装clusterProfiler就能成功了,enrichKEGG也是成功运行了。。。
总之就是一个大无语