tcga标本命名_开放式标本简化了生物标本数据的管理

最新推荐文章于 2024-09-14 18:46:05 发布

cumo3681

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文章标签： java 人工智能大数据 python 区块链

原文链接：https://opensource.com/health/15/3/OpenSpecimen-biobank-informatics

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OpenSpecimen是一个开源的生物银行信息学平台，用于收集和管理高质量的生物样本数据。它最初由美国国家癌症研究所开发，现由Krishagni Solutions维护和支持。OpenSpecimen支持多种疾病和标本类型，采用最新Web技术，如Angular JS和Java Spring。社区的发展和市场扩展使其成为全球25多家生物库的选择，未来计划支持更多语言和定制化扩展。

摘要由CSDN通过智能技术生成

tcga标本命名

获得高质量的人类生物标本（例如血液，唾液，血浆，DNA和RNA）对于增进对疾病的了解以及先进的分子技术，临床试验研究，个性化医学研究和临床实践至关重要。

生物库在此方面起着至关重要的作用，它可以收集，处理，存储和跟踪各种各样的生物样本。但是，如果没有高质量的基于标准的临床和病理注释，这些标本将无用。注释的类型和范围因研究重点，疾病和地理位置而异，因生物库而异。

什么是开放标本？

OpenSpecimen是一个开放源代码生物银行信息学平台，允许用户输入和检索有关生物样本收集，存储，质量保证和分配的数据。它最重要的功能是能够收集针对疾病或一组研究要求的高质量，基于标准的数据。

在GitHub上查看

OpenSpecimen ，以前称为caTissue，最初是在caBIG计划下由美国国家癌症研究所资助开发的。当caBIG计划在2011年关闭时，Krishagni Solutions在保持产品开源特性的同时，继续开发和支持caTissue。 2014年，Krishagni将产品重命名为OpenSpecimen，以表明该产品可以支持任何疾病（即不仅癌症）和任何标本类型（即不仅组织）。重命名过程涉及从入围名单中进行社区投票。

在技术方面，OpenSpecimen v2.0利用最新的Web技术。用户界面是使用超级英雄的Angular JS，响应式Bootstrap，HTML5和CSS3开发的。用Java Spring和REST API实现的内核。使用Sprint测试框架，JUnit，用于内核和Jasmine的DBUnits，以及用于测试Web UI的Protractor和Grunt，新的代码库将具有近100％的代码覆盖率。

开放标本社区发展

当国家癌症研究所资助caTissue的开发时，它还管理着社区，维护了代码，文档和论坛。当资金被撤出并由Krishagni接管时，社区中存在相当大的不确定性和动荡。

一些采用者失去了信心并转向其他选择，而另一些采用者不确定该项目的未来。重建信任和信心并非易事，特别是作为一家印度小型软件公司时。

随着Krishagni开始在产品的性能，可用性，新功能和错误修复方面做出重大贡献，caTissue的采用者开始看到了升级到新版本“ caTissue Plus”的价值。这是社区的重要贡献开始流入发展的时候。华盛顿大学，新南威尔士大学，莱斯特大学和新加坡综合卫生局的生物库为可用性和性能增强以及新功能提供了资金。

尽管如此，大多数社区贡献都是以功能请求，报告错误，输入，测试和产品宣传的形式。原有的代码质量使外部人员难以轻松理解和修改代码。借助OpenSpecimen v2.0，这种情况将在不久的将来发生巨大变化，它将具有更高的代码质量并使用最新的Web技术和设计范例。

2014年12月，第一次年度社区会议 OSCon2014在密苏里州圣路易斯的华盛顿大学举行。来自美国，英国，新加坡，埃及，印度和加拿大的20个中心的40多位生物银行家参加了会议。与会者讨论了几个有趣的主题，例如发布计划，痛点，愿望清单和治理。现在将是每年一次的活动。

开放标本市场

Krishagni希望使采用者和其他供应商可以轻松扩展OpenSpecimen。每个生物库都有其自己的工作流程和数据收集需求，我们了解一种规模并不适合所有人。开源使您可以访问源代码并灵活地对其进行更改，但同时也带来了一些风险。本地自定义的最大风险是您与主流产品疏远了，升级到较新的版本将变得昂贵，费时且容易出错。

为了解决此问题，OpenSpecimen v2.0遵循平台方法。例如，为iOS和Android平台开发了数百个新应用，而没有对iOS或Android进行任何更改。采用OpenSpecimen平台，采用者可以开发“扩展”以紧密模仿本地工作流程。这样可以快速输入数据并增强用户友好性。这样开发的扩展不仅可以升级，而且开发人员还可以与社区共享，甚至可以从中获利。到2015年底，Krishagni将为此类扩展程序提供在线市场。

开放样本的全球采用

如今，OpenSpecimen已在十个不同国家的25多家生物库中使用。 Krishagni还致力于开放标本的国际化，从中文和西班牙文版本开始。我们的采用者通过OpenSpecimen的Transifex项目提供翻译，作为其社区贡献的一部分。

在2014年的年度社区会议上，来自全球的生物银行家都承认OpenSpecimen满足了生物银行业的关键需求。作为Krishagni的创始人和2004年加入该项目的首批开发人员之一，我相信OpenSpecimen的下一代体系结构将彻底改变生物银行信息学。随着采用率的提高，Krishagni希望建立一个更大，充满活力的全球采用者社区（学术和私人生物银行），分销商，集成商和商业IT供应商，以开发强大的支持生态系统。该路线图包括开发OpenSpecimen的变体，以满足各种类型的生物库，本地移动应用程序和新功能的需求。