生物信息学
文章平均质量分 63
Chenhu7
这个作者很懒,什么都没留下…
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SRA数据下载
【代码】SRA数据下载。原创 2024-05-18 22:22:21 · 500 阅读 · 0 评论 -
mapping、bam结果提取、覆盖率、数据深度、序列拼接
提取比对到参考序列结果samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam配对比对samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F.bam#bam排序samtools sort *.bam -o *.bambam转fqbedtools bamtofastq -i * -fq *_1.fq -fq2 *_2.fqsamtools fastq NOf41_human-mapped.bam > NOf41_human_test.f原创 2021-07-25 22:53:44 · 3759 阅读 · 0 评论 -
双歧杆菌基因组序列批量下载、基因组注释、antiSMASH合成基因簇挖掘、核心基因的同源性比较。
双歧杆菌基因组序列批量下载、基因组注释、antiS合成基因簇挖掘、核心基因的同源性比较文章目录双歧杆菌基因组序列批量下载一、双歧杆菌基因组信息检索及下载1.PATRIC数据库检索双歧杆菌(Bifidobacterium) 并下载序列信息csv文件二、基因组序列批量下载python脚本代码prokka基因组注释一、prokka的安装二、prokka使用三、结果antiSMASH安装及使用一、antiSMASH简介二、antiSMASH安装与使用1.安装2.使用结果核心基因的同源性比较一、提取核心基因AA序原创 2021-02-01 19:52:34 · 3681 阅读 · 9 评论 -
Prokka原核生物基因组注释centos安装
安装https://github.com/tseemann/prokka问题Prokka不会生成所有文件,但是在直接从命令行运行时可以正常工作错误日志显示 Bio::SearchIO: hmmer3 cannot be found解决cpanm Bio::SearchIO::hmmer原创 2020-12-19 17:40:12 · 1803 阅读 · 1 评论 -
提取Pfamscan分析后文件中满足clusterfinder输入文件格式的内容
import redef deal_file(input_file,out_file): """ 提取pfamscan分析后的文件(input_file)中满足clusterfinder输入文件格式的内容,函数返回clusterfinder输入文件(out_file) chain gene genestart genestop pfamstart pfamstop pfamID 0 1原创 2020-11-20 19:11:25 · 490 阅读 · 0 评论