SRA数据下载

常用下载方法

• SRA Toolkit：prefetch
• Aspera
• wget

prefetch

安装

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gztar -zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压缩echo 'export PATH=$PATH:$HOME/sratoolkit.2.11.2-ubuntu64/bin ' >> ~/.bashrc # 配置环境变量source .bashrcvdb-config --interactive # 配置（按X退出后即可正常使用）

使用

# 单个
prefetch SRR**
# 批量
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

Aspera

安装

conda install -c hcc aspera-cli -y

使用

NCBI 公共账号： anonftp 
EBI 公共账号：era-fasp

~/.aspera/connect/bin/ascp  -QT \
 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-k1 -l 300m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ 

ftp网址为
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/*删除*nr.gz
需要改为：
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.*删除*gov:/blast/db/FASTA*删除*/nt.gz

sra数据的ftp网址获取

SRA-explorer

fastq数据

sra数据

EMBL-EBI数据库

检索

下载连接

wget

wget -nc ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR128/024/SRR12898324