常用下载方法
- SRA Toolkit:prefetch
- Aspera
- wget
prefetch
安装
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gztar -zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压缩echo 'export PATH=$PATH:$HOME/sratoolkit.2.11.2-ubuntu64/bin ' >> ~/.bashrc # 配置环境变量source .bashrcvdb-config --interactive # 配置(按X退出后即可正常使用)
使用
# 单个
prefetch SRR**
# 批量
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
Aspera
安装
conda install -c hcc aspera-cli -y
使用
NCBI 公共账号: anonftp
EBI 公共账号:era-fasp
~/.aspera/connect/bin/ascp -QT \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-k1 -l 300m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./
ftp网址为
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/*删除*nr.gz
需要改为:
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.*删除*gov:/blast/db/FASTA*删除*/nt.gz
sra数据的ftp网址获取
SRA-explorer
fastq数据
sra数据
EMBL-EBI数据库
检索
下载连接
wget
wget -nc ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR128/024/SRR12898324