提取Pfamscan分析后文件中满足clusterfinder输入文件格式的内容

• clusterfinder分析软件文件输入格式
  

• Pfamsan分析软件输出文件格式
  需要提取的内容：
  chain gene genestart genestop pfamstart pfamstop pfamID

import re


def deal_file(input_file,out_file):
    """
    提取pfamscan分析后的文件（input_file）中满足clusterfinder输入文件格式的内容，函数返回clusterfinder输入文件（out_file）

    chain    gene    genestart    genestop    pfamstart    pfamstop    pfamID

    0                    1         2            8            9           5
    """
    ip_file = open(input_file,"r+")
    ot_file  = open(out_file,"a+")

    lines = ip_file.readlines()
    ip_file.close()

    for line in lines:
        line =re.split(r"[ ]+",line.strip())  # 正则表达式 n个空格字符串分割

        cen_list = []  # 存储需要内容，为后续存入文件做准备
        chain = line[0]
        gene = "##"     # gene自己命名
        genestart,genestop = line[1],line[2]
        pfamstart,pfamstop = line[8],line[9]
        pfamID = line[5]

        cen_list.append(chain)
        cen_list.append(gene)
        cen_list.append(genestart)
        cen_list.append(genestop)
        cen_list.append(pfamstart)
        cen_list.append(pfamstop)
        cen_list.append(pfamID)

        content = "\t".join(cen_list)+"\n"
        ot_file.write(content)


if __name__ == '__main__':
    deal_file("results .txt","out_file.txt")

满足要求的文件格式：