antiSMASH安装与使用

antiSMASH本地安装

简要：

antiSMASH的本地安装需要安装很多的依赖包，本文章使用conda辅助安装

参考：

官方：https://docs.antismash.secondarymetabolites.org/install/
文章：http://blog.sciencenet.cn/blog-3416913-1240614.html

创建antiSMASH虚拟环境（不是必须但非常建议）

# 创建
conda create -n antiSMASH python=3.5
# 激活
conda activate antiSMASH
# 退出当前环境
conda deactivate antiSMASH
# 查看conda环境
conda-env list

依赖包下载

conda install -y diamond=0.8.36
conda install -y fasttree=2.1.9
conda install -y glimmerhmm=3.0.4
conda install -y hmmer=2.3.2
conda install -y hmmer=3.1b2)
conda install -y meme=4.11.2
conda install -y muscle=3.8.31
conda install -y blast=2.6.0
conda install -y prodigal=2.6.3
conda install -y java-jdk

括号中的hmmer3.1b2 在后面执行antiSMASH时发生错误，只下载hmmer=2.3.2就好

下载antismash

建议下载：5.2.0版本
5.1.2版本和和更新后Bio模块冲突

下载地址：https://dl.secondarymetabolites.org/releases/5.2.0/antismash-5.2.0.tar.gz

解压安装
$ tar -zxf antismash-5.2.0.tar.gz
$ pip install antismash-5.2.0

数据库下载

官方下载命令
$ download-antismash-databases
下载慢的话就参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-3416913-1240614.html

验证：
$ antismash --check-prereqs
输出：All prerequisites satisfied即完成安装

执行：
antismash streptomyces_coelicolor.gbk