代码+视频，手把手教你R语言使用scitb包绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差图

什么是倾向性评分匹配？倾向评分匹配（Propensity Score Matching，简称PSM）是一种统计学方法，用于处理观察研究（Observational Study）的数据，在SCI文章中应用非常广泛。在观察研究中，由于种种原因，数据偏差（bias）和混杂变量（confounding variable）较多，倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响，以便对实验组和对照组进行更合理的比较。

为什么需要做倾向评分匹配？
我们知道RCT的证据力度高，是因为对患者进行了严格的筛选。我们的回顾性研究都是过去的数据，很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料，但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选，把基线资料相近的患者进行匹配，得到近似RCT的效果。
应用场景
 1.基线资料不平
 2.开展病例对照研究病阳性例数较少，如罕见病研究
 3.将众多混杂因素变为一个变量：倾向值
以下为一个实例，没进行匹配前两组患者基线资料相差很大，进行倾向评分匹配后，基线资料近似一致了

标准化平均差SMD是什么?
而在医学研究中，SMD最常用的地方可能是在随机对照试验中，或进行倾向性评分匹配或加权前后，来评估两组组间基线资料的均衡性。

在评估组间的均衡性时，SMD<0.1通常表示均衡性较好，可以认为研究组之间的差异很小。

Scitb包在更新1.7版本后，就可以生成标准化平均差（Standardized mean difference SMD）值了，这样让它多出了一个小技能，绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差（Standardized mean difference SMD）可视化图。
下面我来演示一下，先导入数据和R包

library(Matching)
library(scitb)
rhc<-read.csv("E:/r/test/rhc.csv",sep=',',header=TRUE)

这是一个右心导管介入治疗的数据，主要是介绍了心导管治疗后的生存数据，这里我就不一一介绍了，公众号回复：右心导管数据，可以获得这个数据。我们需要先看一下这个数据的基线情况，先要定义全部变量，分类变量，分层变量
定义全部变量，就是咱们要观察的所有变量

vars <- c("age","sex","race","edu","income","ninsclas","cat1","das2d3pc","dnr1",
          "ca","surv2md1","aps1","scoma1","wtkilo1","temp1","meanbp1","resp1",
          "hrt1","pafi1","paco21","ph1","wblc1","hema1","sod1","pot1","crea1",
          "bili1","alb1","resp","card","neuro","gastr","renal","meta","hema",
          "seps","trauma","ortho","cardiohx","chfhx","dementhx","psychhx",
          "chrpulhx","renalhx","liverhx","gibledhx","malighx","immunhx",
          "transhx","amihx")

定义全部变量中的分类变量

fvars<-c("sex","race","income","ninsclas","cat1","dnr1",
         "ca","resp","card","neuro","gastr","renal","meta","hema","seps","trauma","ortho")

定义分层变量

strata<-"swang1"

生成数据的基线表,基线表生成的操作详见上一篇文章《R语言使用scitb包10分钟快速绘制论文基线表》，这里注意一下，参数smd = T一定要有，因为等下咱们要使用smd来绘制

out<-scitb1(vars=vars,fvars=fvars,strata=strata,data=rhc,statistic=T,smd = T)

上图咱们可以看到，基线表已经生成了，有很多变量的smd很高，有些P值小于0.05。接下来咱们进行倾向性评分匹配，具体操作可以看文章《R语言基于Matching包进行倾向评分匹配（PSM）》，这里咱们就简单过一下代码了
变量转成因子

rhc$swang1 <- factor(rhc$swang1, levels = c("No RHC", "RHC"))

生成预测模型

psModel <- glm(formula = swang1 ~ age + sex + race + edu + income + ninsclas +
                 cat1 + das2d3pc + dnr1 + ca + surv2md1 + aps1 + scoma1 +
                 wtkilo1 + temp1 + meanbp1 + resp1 + hrt1 + pafi1 +
                 paco21 + ph1 + wblc1 + hema1 + sod1 + pot1 + crea1 +
                 bili1 + alb1 + resp + card + neuro + gastr + renal +
                 meta + hema + seps + trauma + ortho + cardiohx + chfhx +
                 dementhx + psychhx + chrpulhx + renalhx + liverhx + gibledhx +
                 malighx + immunhx + transhx + amihx,
               family  = binomial(link = "logit"),
               data    = rhc)

生成预测概率，有些文章直接就用预测概率来匹配了，我这里用另一种方法来匹配

rhc$pRhc <- predict(psModel, type = "response")

生成没有发生结局的概率

rhc$pNoRhc <- 1 - rhc$pRhc

进行倾向评分匹配

listMatch <- Match(Tr       = (rhc$swang1 == "RHC"),      # Need to be in 0,1
                   ## logit of PS,i.e., log(PS/(1-PS)) as matching scale
                   X        = log(rhc$pRhc / rhc$pNoRhc),
                   ## 1:1 matching
                   M        = 1,
                   ## caliper = 0.2 * SD(logit(PS))
                   caliper  = 0.2,
                   replace  = FALSE,
                   ties     = TRUE,
                   version  = "fast")

匹配成功后提取匹配的数据

rhcMatched <- rhc[unlist(listMatch[c("index.treated","index.control")]), ]

生成匹配后数据的基线表,可以看到匹配后P值变大，smd明显变小

绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差（Standardized mean difference SMD）可视化图，vars这里填入你所有的基线资料的变量，Unmatchdata这里填入未匹配前的数据，matchdata这里填入匹配后的数据

plotsmd(vars = vars,unmatchdata = out,matchdata = out1)

上图可以清晰的看到没匹配后的smd明显小于匹配前的，匹配效果非常好，我设置默认参考线在0.1这个位置，咱们还可以更改一下

plotsmd(vars = vars,unmatchdata = out,matchdata = out1,refline=0.05)

也可以对标题和X轴，Y轴进一步修改

plotsmd(vars = vars,unmatchdata = out,matchdata = out1,refline=0.05,
        title="SMD比较图",xlab='SMD值',ylab='变量')

配套视频

代码+视频，手把手教你R语言使用scitb包绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差图