scitable包轻松复现SCI论文中的多模型亚组表格

在SCI文章中，交互效应表格（通常是表五）能为文章锦上添花，增加文章的信服力，增加结果的可信程度，还能进行数据挖掘。什么是亚组，通常就是特殊类型人群，比如男女，种族等，就是说你的数据放入特殊人群中结果还可靠吗？如果在各个特殊人群中，你的结果很稳定，说明你的结论很可靠。如果亚组的结论和你的数据数据结论相反，你可以拿来做个新论题。还可以比较不同亚组之间有无区别，比如做了心脏支架和没做支架的区别，可以发现很多新思路，易于数据挖掘。

本次以视频和代码呈现：

scitable包轻松复现sci论文中的多模型亚组分析

library(scitable)
library(survival)
setwd("E:/r/yanshi")
bc<-read.csv("zaochan.csv",sep=',',header=TRUE)
bc <- na.omit(bc)
str(bc)
dput(names(bc))

allVars <-c("age", "lwt", "smoke", "ptl", "ht", "ui", "ftv", "bwt","low" )  #所有变量
fvars<-c("smoke","ht","ui")   #所有变量中的分类变量
x<-"age"    #你研究的变量
y<-"low"    #你的结局变量
cov3<-c( "smoke", "ptl", "ht", "ui", "ftv") #你的协变量，不包含X和y
family<-"glm"   #你的研究类型
username = "test"
token = "476f2b199d886d92"

#############
out<-organizedata(data = bc,allVars = allVars,x=x,y=y,fvars=fvars,cov3=cov3,family=family,
                  username=username,token=token)
data<-out[["data"]]
fit<-out[["fit"]]
fit[["formula"]]  #查看模型
cov3<-out[["cov"]]
fvars<-out[["factorvarout"]]
#######
cov2<-"smoke"
cov3<-cov3
Interaction<-c("ui","ht","smoke")  #注意分层变量不能连续变量，x和y不能再分层变量里面
tb3.b<-scitb3b(data=data,x=x,y=y,Interaction=Interaction,cov2 = cov2,cov3=cov3,family=family,username=username,token=token)


####COX回归模型
library(foreign)
bc <- read.spss("E:/r/test/Breast cancer survival agec.sav",
                use.value.labels=F, to.data.frame=T)
bc <- na.omit(bc)
names(bc)
str(bc)
##########
allVars <-c("age", "pathsize", "er", "histgrad","pr",  "pathscat","ln_yesno","status","time")  #所有变量，包含x和y
fvars<-c("er","histgrad","pr","pathscat","ln_yesno","status")   #所有变量中的分类变量
x<-"age"    #你研究的变量
y<-"status"   #
cov3<-c("age", "pathsize", "er", "histgrad","pr",  "pathscat") #你的协变量，不包含X和y
family<-"cox"   #你的研究类型
time<-"time"
########
###整理数据
out<-organizedata(data = bc,allVars = allVars,x=x,y=y,fvars=fvars,cov3=cov3,time=time,family=family,
                  username=username,token=token)
data<-out[["data"]]
fit<-out[["fit"]]
fit[["formula"]]  #查看模型
cov3<-out[["cov"]]
fvars<-out[["factorvarout"]]
####
cov2<-c("ln_yesno","pathsize")
cov3<-cov3
Interaction<-c("er","histgrad","pr","ln_yesno")

###无调整模型
tb5.a1<-scitb5a(data=data,x=x,y=y,Interaction=Interaction,cov = NULL,family=family,time = time,
               username=username,token=token)

###微调整模型
tb5.a2<-scitb5a(data=data,x=x,y=y,Interaction=Interaction,cov = cov2,family=family,time = time,
               username=username,token=token)

###全调整模型
tb5.a3<-scitb5a(data=data,x=x,y=y,Interaction=Interaction,cov = cov3,family=family,time = time,
                username=username,token=token)

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