R语言使用 ggscidca包优雅的绘制竞争风险模型决策曲线

DCA(Decision Curve Analysis)临床决策曲线是一种用于评价诊断模型诊断准确性的方法，在2006年由AndrewVickers博士创建，我们通常判断一个疾病喜欢使用ROC曲线的AUC值来判定模型的准确性，但ROC曲线通常是通过特异度和敏感度来评价，实际临床中我们还应该考虑，假阳性和假阴性对病人带来的影响，因此在DCA曲线中引入了阈概率和净获益的概念。

据我所知目前R语言官网CRAN上（github上没有查过），能做竞争风险模型决策曲线的R包非常少，除了dcurves包，几乎就是目前我写的ggscidca包了。在新版的ggscidca包支持竞争风险模型决策曲线绘制，咱们使用下面代码安装ggscidca包，安装了旧版本的在安装一次就可以更新到新版本。

install.packages("ggscidca")

下面我来演示一下怎么使用ggscidca包进行竞争风险模型决策曲线绘制，一共需要3步，我自认为还是相对简单的。ggscidca包对于竞争风险模型生存概率的计算依赖于cmprsk包
我们先导入R包和数据，数据使用ggscidca自带的df_surv数据

library(survival)
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(ggscidca)
library(cmprsk)
df_surv<-df_surv

这个数据我简单介绍一下，cancer_cr是结局变量，diagnosed with cancer是死于癌症，dead other causes表示死于其他原因，算是竞争因素了，censor
表示生存，ttcancer表示生存时间，其他的是一些协变量 。刚才我说了，绘制竞争风险模型需要3步，
第一步就是整理数据，建立生存分析模型，整理数据中最重要的一步就是把结局变量变成0，1，2形式，0表示生存，1表示你感兴趣的结局，2表示竞争风险。这步不做就没法分析，你原先就是0，1，2形式的不用改，直接下一步就行

df_surv$cancer_cr<-ifelse(df_surv$cancer_cr=="diagnosed with cancer",1,
                          ifelse(df_surv$cancer_cr=="dead other causes",2,0))

改好后就是建立生存分析模型，这里因为有两个结局变量，因此咱们要选取自己感兴趣的结局变量。

cox_model <- coxph(Surv(ttcancer, cancer_cr==1) ~ age + famhistory + marker, data = df_surv)

建立好模型后，第一步完成，第二部就是把模型转成竞争风险模型类型

cox_model1<-newcrr(cox_model)

这样第二部也完成了，第三步直接绘图就行，和生存分析一样，timepoint不填入的话就自动选择中位数生存时间，这里我选择1.5年

scidca(cox_model1,timepoint=1.5,newdata = df_surv)

这样就绘制完成啦，还算比较简单的把，如果你需要验证集的决策曲线，newdata这里填入验证集的数据就可以了。
还有一些调整，可以参看既往文章《R语言使用 ggscidca包优雅的绘制随机森林决策曲线》，例如加上虚线

加上阈值

scidca(cox_model1,timepoint=1.5,newdata = df_surv,threshold.line = T,threshold.text = T)

表明在模型6%-87%这个阈值是获益的，位置还可以调，我这里就不调了。来个普通决策曲线也是可以的

scidca(cox_model1,timepoint=1.5,newdata = df_surv,colbar = F)

普通的决策曲线也是可以加阈值的

scidca(cox_model1,timepoint=1.5,newdata = df_surv,colbar = F,threshold.text = T)

然而对于df_surv这个数据，ggscidca包绘制的竞争风险决策曲线和dcurves包是不一样的，下图左边是dcurves包，右边是ggscidca包

对于不同的结果， ggscidca包的结果是根据决策曲线发明者大佬AndrewVickers博士提供的stdca.R函数生成结果的，stdca.R函数其实是可以进行竞争风险模型分析的，但是stdca.R单独生成结果有点小问题（其实不算问题，应该认知不同），我稍微修改了一点，让它更易于分析竞争风险模型（核心代码没有动），我反复比对了stdca.R的代码原理和数据生成的结果，认为没有错，那只能是dcurves包错了。

欢迎斧正。