Cytoscape

[参考] http://bioinformatics.dxy.cn/bbs/topic/19532835?tpg=13&age=0

 

想对网络节点涂上不同的颜色，老师说手动涂，70多个节点, 情何以堪？我觉得软件的设计者，肯定考虑到这样的情况，一定有办法的，于是就去查找资料，做试验，终于成功了，其实很简单。

Cytoscape里面，利用File --> Import -->Network from table(Text/MS Excel)只能导入边的属性，即边的两个端点，边的类型等等，不可以导入顶点属性，如果要给顶点涂不同颜色，肯定是针对点属性的。

1、构建了一个简单的小网络文件dat.sif，内容如下：

node1 pp node2 node3 node4
node2 pp node3 node5 node8
node4 pp node6 node8
node7 pp node8

表示 1与2,3,4相连，2与3,5,8相连，4与6,8相连，7与8相连，中间用空格隔开（默认的分隔符，是\t 即tab键）

导入， File --> Import -->Network(multiple file types) --> Local 选择文件-->Import，出现一个简单的图，改变一下布局，选择 Layout -->Cytoscape Layouts --> Spring Embedded，ok，图好看一点了。

2、导入node的属性，构建一个node.txt文件，内容如下：

node1 1
node2 0
node3 0
node4 1
node5 1
node6 0
node7 1
node8 0

表示 1,4,5,7是一类，其他为另一类，node与标记中间用空格隔开，选择File-->Import-->Attribute from table(Text/Ms Excel)-->选择文件，并勾选Show text File Import Options 勾选 Space，点击Import，好了属性导入进去了。
选择Visual Mapping Browser 中Node Visual下 Node Color， MappingType 选Discrete Mapping， 0 右边选蓝色， 1右边选红色，好了，颜色变了，见下图。^_^

 

最后将图片导出，选择File --> Export -->Current Network View as graphics --> Format 选jpeg 确定--> Zoom 填200%-->OK