RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

化学信息学中有许多网络结构化数据。例如分子，分子相似图和MMP等。

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件

基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图。

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py2cytoscape安装

pip install py2cytoscape

 

cyjupyter安装

pip install cyjupyter
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix cyjupyter

 

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图

导入库

import os
import numpy as np
import igraph
from py2cytoscape import util
from cyjupyter import Cytoscape
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import DataStructs
from