RNA-seq分析：Step10（Cytoscape制作蛋白质互作网络及寻找核心基因）

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分类专栏： 转录组(RNA-seq) 文章标签： 学习方法 windows
于 2023-09-09 22:33:14 首次发布
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本文介绍了如何使用Cytoscape 3.7.1构建蛋白质互作网络并计算HUB基因。通过Cytoscape的CytoHubba插件，利用拓扑分析算法找出网络中的关键节点，为植物生长发育调控、抗逆性研究等领域提供重要参考。
摘要由CSDN通过智能技术生成

目录

前记

一、Cytoscape3.7.1的下载

二、输入文件的预览

三、蛋白质互作网络的绘制

四、HUB基因的计算和查找

后记

前记

Cytoscape是一种常用的生物信息学软件，可以用于制作蛋白质互作网络并寻找核心基因。通过Cytoscape，我们可以将大量的蛋白质互作数据进行可视化展示，以便更好地理解蛋白质之间的相互作用关系。

在制作蛋白质互作网络时，我们需要先从公开数据库或者文献中获取蛋白质相互作用数据，将其输入Cytoscape软件，然后进行网络构建和可视化展示。最终，我们可以得到一个复杂的蛋白质互作网络图，其中节点表示蛋白质，边表示蛋白质之间的相互作用关系。

在寻找核心基因时，我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具，如度中心性、介数中心性、紧密度等指标，来计算网络中各节点的重要性，并筛选出具有重要作用的核心基因。这些核心基因可以是网络中连接度高的节点，也可以是介于不同模块之间的桥梁节点，或者是参与多种生物学过程的多功能蛋白质。

总之，Cytoscape可以帮助我们更加深入地了解蛋白质互作网络，并寻找其中的核心基因，为后续的功能研究和临床应用提供重要参考。

一、Cytoscape3.7.1的下载

Cytoscape是一个生物信息学工具，用于可视化和分析分子相互作用

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