GSEA和Cytoscape的安装都需要java环境,所以首先要搭建好java环境。在搭建java环境之前新建一个虚拟环境,将java环境与外部环境隔绝起来。我使用的是conda建立的虚拟环境:conda create -n ja_va
我的系统是ubuntu,ubuntu终端命令行安装:
1. sudo dpkg -l | grep openjdk 可以看到好几个可供安装的java(如图一).
图1
2. 我之前安装了openjdk-8-jre-headless,但这个环境不能安装GSEA和Cytoscape。所以要将其删除。命令: sudo apt-get remove openjdk-8-jre-headless(如图2)
图2
3. 安装non-headless 的java.命令:sudo apt-get install openjdk-8-jre(图3)
图3
4. 安装结束之后java -version查看java的版本,如果出现如下图就表示安装成功。
图4<