探序基因肿瘤研究院 整理
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip
unzip gatk-4.1.5.0.zip
解压缩后,文件夹里有个可执行文件gatk,还有gatk-package-4.1.5.0-local.jar
/soft/gatk-4.1.5.0/gatk AddOrReplaceReadGroups -I /xxx.sort.rmdup.bam -O /xxx.sort.rmdup.add.bam -LB library1 -PL illumina -PU pl1 -SM xxx