linux怎么查看一个bam文件,Samtools（CentOS Linux）安装及常用命令详解

Samtools(CentOS Linux)安装及常用命令详解

Samtools(CentOS Linux)安装及常用命令详解

序列比对(将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对)是高通量测序数据分析中最重要的一环，无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件，例如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件。

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件不可或缺的神器！

1.下载安装包

http://www.htslib.org/download/

2. 安装依赖

yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel

3.编译安装tar xvf samtools-1.9.tar.bz2

cd samtools-1.9

./configure--prefix=/opt/samtools1.9

make

make install

4.配置环境变量gedit~/.bashrc

#Samtools1.9

exportPATH=/opt/samtools1.9/bin:$PATH

source~/.bashrc

5.运行：samtools

samtools常用命令详解

1. view

view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。

bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。Usage:samtools view[options]|[region1[...]]

默认情况下不加region，则是输出所有的region.

Options:-b       output BAM

默认下输出是SAM格式文件，该参数设置输出BAM格式

-h       print headerforthe SAM output

默认下输出的sam格式文件不带header，该参数设定输出sam文件时带header信息

-H       print header only(no alignments)

-S       input is SAM

默认下输入是BAM文件，若是输入是SAM文件，则最好加该参数，否则有时候会报错。

-u       uncompressed BAM output(force-b)

该参数的使用需要有-b参数，能节约时间，但是需要更多磁盘空间。

-cInsteadof printing the alignments,only count them and print the

total number.Allfilter options,such as‘-f’,‘-F’and‘-q’,

are taken into account.

-1fast compression(force-b)

-x       output FLAG in HEX(samtools-C specific)

-X       output FLAG in string(samtools-C specific)

-c       print only the count of matching records

-L FILE  output alignments overlapping the input BED FILE[null]

-t FILE  list of reference names and lengths(force-S)[null]

使用一个list文件来作为header的输入

-T FILE  reference sequence file(force-S)[null]

使用序列fasta文件作为header的输入

-o FILE  output file name[stdout]

-R FILE  list of read groups to be outputted[null]

-f INT   required flag,0forunset[0]

-F INT   filtering flag,0forunset[0]

Skipalignmentswithbits present in INT[0]

数字4代表该序列没有比对到参考序列上

数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上

-q INT   minimum mapping quality[0]

-l STR   only output reads in library STR[null]

-r STR   only output reads in read group STR[null]

-s FLOAT fraction of templates to subsample;integer part as seed[-1]

-?longer help

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